Chargé-e de recherche en dispersion microbienne aérienne à longue distance

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l'Unité Pathologie Végétale (PV) dont l'objectif est de développer des méthodes respectueuses de l'environnement pour la protection de cultures contre divers bioagresseurs. Un objectif important de nos activités de recherche consiste en l'adaptation de la surveillance pour une meilleure anticipation et gestion des risques épidémiologiques pour la santé des plantes. Dans ce contexte, la compréhension des mécanismes et des conséquences de la dispersion de micro-organismes pathogènes à longue distance (DLD) par voie aérienne représente un enjeu majeur. Nos travaux pionniers dans ce domaine, en collaboration avec l'unité Biostatistiques et Processus Spatiaux (BioSP), ont permis d'estimer des réseaux de connectivité entre sites, d'inférer les trajectoires probables de dissémination (transport) et de mettre en évidence le processus de dépôt au niveau du sol par voie humide et/ou sèche pour différents agents pathogènes (Pseudomonas syringae, Botrytis cinerea, Sclerotinia sclerotiorum). 

Un nouveau front de science consiste à connaitre les conditions biotiques et abiotiques favorables à la dispersion de micro-organismes et à estimer l'efficacité de cette DLD.
Vous mènerez des travaux de recherche pour : 
i) identifier les sources probables d'émission de micro-organismes par des approches complémentaires de mesures physiques directes et de modélisation des flux microbiens ascendants, 
ii) déterminer les combinaisons de propriétés microbiologiques aérodynamiques et de conditions abiotiques permettant la viabilité, le transport et le dépôt des micro-organismes,
iii) d'optimiser le calcul de réseaux de connectivité en intégrant les connaissances générées sur les sources probables, et sur les propriétés aérodynamiques et abiotiques permettant une DLD efficace. 

Vos travaux permettront ainsi d'adapter efficacement les stratégies de surveillance et d'anticipation des risques épidémiologiques pour la santé des plantes. Vous bénéficierez de l'expertise scientifique et technique des membres de l'unité et de ressources ouvertes (modèle PLAnET ; données FluxNet, https://fluxnet.org/data/ et ERA5, https://cds.climate.copernicus.eu/datasets) pour la simulation de flux microbiens. Pour la mesure directe de flux, des échantillonneurs permettant la collecte d'échantillons d'air et des sondes pour la mesure de conditions abiotiques sont disponibles. Au sein de l'unité PV, vous aurez accès à des collections de souches microbiennes, à des laboratoires de microbiologie et à la plateforme PROPHYLE (serres et chambres climatisées, microscopes). Vous aurez accès à la plateforme locale de biologie moléculaire, et vous pourrez interagir avec les membres des plateformes de géomatique (GeOpen4s, https://ecologie-des-forets-mediterraneennes.paca.hub.inrae.fr/nos-ressources/geopen4s), et d'épidémiosurveillance en santé du végétal (ESV, https://plateforme-esv.fr/). Vous aurez également accès au cluster de calcul présent dans l'unité BioSP. 

Vous bénéficierez d'un réseau local de personnes collaboratrices déjà impliqués dans plusieurs projets d'étude de la DLD pour divers modèles (champignons, bactéries, virus et insectes vecteurs), dans l'estimation de réseaux de connectivité (unité BioSP) et dans l'analyse de données d'usage des terres (unité Ecodéveloppement) et agroclimatiques (unité Agroclim). Vous aurez accès à un réseau de collaborations national et international (réseau MILAF - https://bioice.wordpress.com/).

Formations et compétences recherchées

Concours ouvert aux personnes titulaires d'un doctorat (ou équivalent).
Formation appréciée en i) biophysique (notamment de l'atmosphère) avec des connaissances en modélisation mathématique, programmation (e.g. R, MATLAB), et idéalement une expérience en écologie microbienne et/ou aéromicrobiologie, ou en ii) écologie microbienne et/ou aéromicrobiologie avec des compétences en biophysique, modélisation et programmation. 
La maîtrise de l'anglais est souhaitée ainsi qu'une expérience internationale de longue durée : les personnes lauréates qui n'en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à l'étranger à l'issue de l'année de stage.

Découvrez votre futur poste en vidéo !

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats CRCN 2025 pdf - 3.72 MB
2. Je note le numéro du profil CR-2025-SPE-2
3. Je m'inscris Inscription