Chargé-e de recherche en microbiologie fonctionnelle

Retour à la liste des postes de la campagne

Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous travaillerez au sein de l'unité 'Santé et Agroécologie du Vignoble' (SAVE), située sur le centre de recherche INRAE de Villenave d'Ornon, à proximité de Bordeaux (France). L'unité porte des projets de recherche d'envergure sur la transition agroécologique en viticulture, en étroite collaboration avec les professionnels de ce secteur et du biocontrôle. Elle fait partie de l'Institut des Sciences de la Vigne et du Vin (ISVV), un institut reconnu mondialement pour ses activités de recherche, de formation et de transfert. 

Au sein de l'unité SAVE, vous ferez partie de l'équipe Microbiote qui s'intéresse au rôle protecteur du microbiote de la vigne contre les maladies aériennes. Les objectifs de l'équipe incluent l'identification et la caractérisation fonctionnelle des micro-organismes qui protègent l'holobionte-vigne, afin de développer des stratégies de biocontrôle microbien et de favoriser une viticulture sans pesticide. 

Votre mission principale consistera à analyser le rôle protecteur du microbiote contre le mildiou de la vigne. Vous testerez si la diversité fonctionnelle microbienne réduit le potentiel d'invasion des tissus foliaires par ce pathogène. Pour étudier la relation entre diversité et potentiel d'invasion, vous concevrez des expérimentations in vitro impliquant des communautés microbiennes synthétiques (SynComs). 
Vous utiliserez des approches multi-omiques (métagénomique shotgun, méta-transcriptomique et métabolomique) pour caractériser la diversité fonctionnelle microbienne et élucider les interactions métaboliques responsables de l'effet protecteur. Vous pourrez compter sur des collaborations fortes avec des modélisateurs de l'INRIA et du département MathNum de l'INRAE sur l'analyse des réseaux métaboliques microbiens. Vous collaborerez également avec des agronomes et des écologues pour identifier les pratiques agroécologiques, à l'échelle de la parcelle et du paysage, qui favorisent la diversité microbienne fonctionnelle et les fonctions microbiennes protectrices que vous aurez mises en évidence. Vos résultats permettront de développer le biocontrôle microbien par conservation, dont vous évaluerez l'efficacité en combinaison avec d'autres méthodes de lutte (prophylaxie, variétés résistantes). Vous bénéficierez des compétences et des équipements de la plateforme de biocontrôle BC2Grape de l'unité SAVE pour tester, au laboratoire et au vignoble, les solutions de biocontrôle issues de vos résultats.

Formations et compétences recherchées

Concours ouvert aux candidats titulaires d'un doctorat (ou équivalent). Une spécialisation en microbiologie ou en écologie microbienne est souhaitée, ainsi qu'une expérience des approches multi-omiques.
Une expérience en pathologie végétale est un atout.
La maîtrise de l'anglais est souhaitée ainsi qu'une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n'en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à l'étranger à l'issue de l'année de stage.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE