Chargé-e de recherche en analyse fonctionnelle des consortia microbiens dans les bioprocédés

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

INRAE recrute un chercheur en poste permanent au sein du laboratoire Toulouse Biotechnology Institute (TBI).et en particulier dans l’équipe SYMBIOSE.

Le laboratoire TBI, accueille des chercheurs en Sciences du Vivant et Sciences de l’Ingénieur, développant des approches scientifiques multi-échelles, multi-disciplinaires et interdisciplinaires, cherchant à relever les défis de la bioéconomie. Avec plus de 300 personnes, TBI développe depuis plus de 40 ans une expertise reconnue internationalement et connectée à un important réseau de collaborateurs nationaux et internationaux, publics et privés. TBI mène des activités de recherche en catalyse et ingénierie enzymatique, biologie systémique et synthétique, fermentation, génie des procédés et éco-conception.

Un des enjeux majeurs du projet de laboratoire et de l’équipe SYMBIOSE est de concevoir des assemblages microbiens efficaces, en sélectionnant des consortia et développant des fonctions d’intérêt. Aujourd’hui, ces fonctions peuvent être suivies par des indicateurs chimiques et métaboliques et ainsi permettre la compréhension et l’orientation maitrise du métabolisme des consortia microbiens en bioréacteur.

Les recherches de l’équipe SYMBIOSE s’inscrivent dans la stratégie du département TRANSFORM d’INRAE. Celle-ci a pour objectif de développer de nouveaux procédés utilisant des consortia microbiens naturels (ou communautés mixtes de micro-organismes) et permettant de transformer des ressources renouvelables en produits d’intérêts éco-conçus et biosourcés.

Dans un contexte d’adaptation au changement climatique, les voies microbiennes de valorisation des résidus, aussi bien solides (biodéchets, biomasse lignocellulosique, déjections animales), liquides (effluents urbains, industriels), ou gazeux (CO2, CO, etc.) sont au cœur du développement de la bioéconomie. Ces bioprocédés s’inscrivent dans les filières de production agricole, de traitement des eaux usées ou des déchets organiques, et visent à produire de l’énergie (méthane) ou des molécules d’intérêts (acides organiques, alcools, polymères microbiens, etc.).

En tant que nouveau ou nouvelle recruté.e, vous renforcerez les compétences de l'équipe en génie des réacteurs biologiques en vous appuyant sur l’analyse des voies et flux métaboliques, les bilans énergétiques des voies microbiennes. Vous développerez des outils de détection dynamique pour les bioréacteurs, et aurez la liberté d’explorer toute nouvelle approche permettant de maîtriser la sélection et l’orientation fonctionnelle des consortia microbiens pour la production de molécules.
Dans votre laboratoire d’accueil, vous disposerez d’un ensemble de moyens techniques (9 plateformes et plateaux techniques) à l’état de l’art, voire au-delà. En particulier, vous aurez accès à la plateforme MetaToul. Cette plateforme nationale possède plus de 15 ans d’expérience dans le domaine de l’analyse métabolomique et fluxomique appliquée aux microorganismes. Equipée de la Spectrométrie de Masse Haute Résolution (HRMS), la Résonance Magnétique Nucléaire (RMN), la robotique ou la bio-informatique et opérée par des professionnels expérimentés, MetaToul est unique en France.

Pour initier vos travaux, vous pourrez prendre part au projet PEPR B-Best qui démarre sur la production de molécules d’intérêt. Ces modèles de production permettront d’approfondir l’analyse des voies métaboliques des consortia et les compétitions entre des populations majoritaires.

TBI étant hébergé par l’école d’ingénieur INSA de Toulouse, vous aurez la possibilité (si vous le souhaitez) d’effectuer des heures de vacations dans la formation Génie de Procédés, Eau, Energie, Environnement et/ou Génie Biologique.

Votre premier cercle de collaboration au sein de l’équipe SYMBIOSE est composé de chercheurs possédant des compétences en modélisation, des expertises en caractérisation fonctionnelle des organismes, caractérisation physico-chimique et fonctionnelle des bioproduits, analyses méta-omique et microbiologique. Vous bénéficierez également de collaborations établies par l’équipe à l’échelle nationale et internationale : Technical University of Delft (TU Delft), Danish Technical University (DTU), Gent University, Université La Sapienza, Université de Santiago de Compostela, Université de Brisbane et pourra effectuer une mobilité dans ces équipes partenaires.

Enfin, intégré-e au sein du département TRANSFORM d’INRAE, vous bénéficierez d’aides financières proposées par INRAE pour les nouveaux recrutés.

Votre équipe vous en dit plus sur votre futur job

Formations et compétences recherchées

Concours ouvert aux candidats titulaires d’un doctorat (ou équivalent).

Vous possédez un doctorat en génie biologique ou génie des bioprocédés (ou une autre discipline très proche). Vous possédez des compétences en modélisation cinétique, métabolique et énergétique cellulaire des consortia.

Vous maîtrisez l'anglais et possédez une longue expérience (<1 an) professionnelle internationale. Les lauréat-e-s qui n’auraient pas cette expérience devront réaliser un séjour postdoctoral a? l'étranger après leur recrutement.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE