Chargé-e de recherche en biologie cellulaire - Rôle fonctionnel des vésicules extracellulaires dans les interactions plante-champignon

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’Unité de Recherche BIOGER développe des approches pluridisciplinaires (génomique, biologie moléculaire, biochimie, biologie cellulaire, génétique, génétique des populations, évolution, épidémiologie, modélisation) et multi-échelles (du gène au paysage) sur les maladies fongiques des plantes cultivées d’importance agronomique majeure. Nos recherches génèrent des connaissances scientifiques à la fois fondamentales et opérationnelles qui nous permettent de répondre aux attentes de la société et de différentes filières agricoles sur une gestion efficace et durable des maladies fongiques des plantes de grandes cultures selon les concepts actuels de l’agroécologie, pour minimiser l’utilisation des pesticides tout en maintenant qualité et rendement des cultures. BIOGER se compose de 23 chercheurs et ingénieurs permanents, 22 personnels d’appui, 10 doctorants et post-doctorants. L’unité est située au cœur de la 1ère université française, l’Université Paris-Saclay, et dispose de bâtiments et d’infrastructures de tout premier ordre.
Un axe de recherches majeur de l’unité est consacré a? la caractérisation fonctionnelle des effecteurs de la pathogénie fongique : petites protéines secrétées, métabolites spécialisés et petits ARN. Cependant, les mécanismes par lesquels les cellules fongiques transfèrent ces effecteurs dans celles de leur hôte restent largement méconnus. Des travaux récents chez des mammifères et végétaux ont montré que des vésicules extracellulaires (EV) assurent la communication intercellulaire en transportant des molécules bioactives. A ce jour, seules des EV fongiques formées in vitro ont pu être isolées, ce qui implique qu'elles ne contiennent pas l'ensemble des facteurs de virulence produits uniquement en présence de la plante. Ainsi, de nombreuses questions clés sont posées : Comment les EV fongiques se forment-elles ? Quelles molécules cargo transportent-elles pendant l'infection de la plante ? Leur composition change-t-elle a? différents stades de l'infection ? Comment traversent-elles la paroi du champignon ? Comment sont-elles absorbées par les cellules végétales ?
L'équipe d’accueil a isole? des EV de cultures axéniques de Colletotrichum higginsianum et a obtenu leur protéome. Pour poursuivre, vous développerez des biomarqueurs des EV fongiques permettant (i) leur purification sélective a? partir de plantes infectées et ainsi (ii) l'analyse de leur contenu en protéines, métabolites et ARN, (iii) leur suivi par des techniques d'imagerie de pointe, de leur biogenèse a? leur sécrétion puis absorption dans les cellules végétales. Vous poursuivrez les travaux initiés sur C. higginsianum puis vous pourrez les transposer aux autres modèles d'ascomycètes étudiés a? BIOGER. En développant ce front de science, votre projet contribuera a? faire de BIOGER un centre de référence sur les EV fongiques et a? concevoir de nouvelles méthodes de contrôle, par exemple ciblant la sécrétion des EV.

Formations et compétences recherchées

Concours ouvert aux candidats titulaires d'un doctorat (ou équivalent) en biologie cellulaire.

Expertise en biologie cellulaire et microscopie indispensable. Expérience sur les vésicules extracellulaires souhaitable. Expérience sur la biochimie des protéines et/ou des lipides et/ou sur les ARN appréciée. La connaissance des interactions plantes/agents pathogènes serait un avantage mais n’est pas indispensable.

La maîtrise de l'anglais est souhaitée ainsi qu'une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n'en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour a? l'étranger a? l'issue de l'année de stage.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE