Chargé-e de recherche en statistique, apprentissage automatique et modélisation appliquées à l'écologie de la santé

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'unité Biostatistique et processus SPatiaux (BioSP) à INRAE (Avignon) développe des travaux en statistique, en systèmes dynamiques, en écologie-épidémiologie avec un intérêt particulier pour les questions spatiales et spatio-temporelles. Les domaines d'application de ces travaux sont avant tout l'écologie, l'épidémiologie, l'agriculture, l'environnement et les risques climatiques. Vous serez intégré-e dans l’équipe Recherche de l’unité et contribuerez à au moins deux de ses priorités scientifiques : « statistique pour l’épidémiologie prédictive » et « observer et modéliser les distributions d’espèces ». Pour mener vos recherches, vous pourrez bénéficier de l'expertise des chercheur-e-s et ingénieur-e-s de l'unité (en statistique spatio-temporelle, systèmes dynamiques, apprentissage automatique, calcul scientifique, épidémiologie quantitative), de sa plateforme de calcul et de ses nombreux liens avec diverses équipes de recherche méthodologique et appliquée, à INRAE et au-delà.

Les données de diversité représentent un corpus d'information massif et majeur pour comprendre les interactions complexes entre les processus écologiques, épidémiologiques et biophysiques en jeu en santé et en agroécologie. Ces données doivent par exemple permettre de mieux comprendre et anticiper les émergences d'agents pathogènes ou de résistances aux produits de protection des plantes dans les systèmes multi-hôtes contraints par les changements globaux, ou encore de mieux comprendre et anticiper la régulation ou la conservation des micro- et macro-espèces dans des réseaux trophiques complexes contraints par les interventions humaines. Les données de diversité sont de plus en plus résolutives, fréquentes spatialement et temporellement, plurielles en termes de niveaux d'organisation et de groupes d'espèces, et hétérogènes. De telles données sont typiquement collectées par diverses équipes de recherche au département Santé des Plantes et Environnement (SPE) d’INRAE et à l'international, et ce pour divers micro- et macro-organismes constitutifs des phytobiomes (systèmes incluant les plantes, leur environnement et les communautés d'organismes associées). Vous contribuerez à relever les nouveaux défis méthodologiques associés à ces données de diversité en dépassant la vision généralement statique des approches actuelles. Vous mènerez ainsi des recherches en écologie des communautés avec une visée méthodologique (stratégies d’échantillonnage, réduction de la dimensionnalité, processus spatio-temporels, méthodes d'inférence et de prédiction, couplage de données hétérogènes de diversité, de l'échelle moléculaire à l'échelle des espèces et de leurs fonctions) afin de représenter et caractériser les dynamiques spatio-temporelles de communautés, et de les prédire sous divers scénarios de contrôle. Vous développerez ainsi une vision spatio-temporelle et multi-échelle des communautés avec en arrière-plan l'objectif d'élucider les conditions favorisant, par exemple, la régulation des bioagresseurs, la durabilité des résistances, l'évitement des émergences, la conservation de la biodiversité.

Votre équipe vous en dit plus sur votre futur job

Formations et compétences recherchées

Concours ouvert aux candidat-e-s titulaires d'un doctorat (ou équivalent) soit en statistique ou data science, soit en écologie-épidémiologie quantitative.
Des connaissances en écologie des communautés, analyse de données de diversité, processus ponctuels, réseaux probabilistes ou apprentissage profond sont des atouts.
La maîtrise de l'anglais est souhaitée ainsi qu'une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n'en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour a? l'étranger a? l'issue de l'année de stage avec un soutien financier de l’unité BioSP.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE