Chargé-e de recherche en écologie des communautés virales appliquée aux céréales

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Au sein de l’unité mixte de recherches Biologie du Fruit et Pathologie, vous serez accueilli(e) dans l’équipe de Virologie des plantes, composée de 14 chercheurs et ingénieurs, 9 techniciens, et de 8 thésards, post-doctorants et personnels contractuels. L’équipe rassemble des compétences en métagénomique virale, virologie moléculaire, biochimie des interactions entre protéines, biologie cellulaire et moléculaire, imagerie et génétique de la résistance aux potyvirus et se concentre presque exclusivement sur les virus à ARN, qui représentent environ 80% des virus de plante. L'équipe de Virologie a acquis une visibilité internationale dans l'étude du métagénome phytoviral et de ses applications a? l'étiologie, au diagnostic et a? l'écologie virale. Si elle possède de solides compétences en diversité virale, l'équipe doit stratégiquement renforcer ses compétences en écologie virale ou en écologie des communautés pour pouvoir aborder plus efficacement l'étude des populations et des communautés de phytovirus.

Vous viendrez compléter ce collectif par l'apport de compétences alliant métagénomique et écologie des communautés et contribuerez au développement d'un nouveau projet de recherche collectif centré sur les viroses des céréales à paille. Intégré(e) sein d'une petite équipe fonctionnelle (1 DR, 1 IR, 1 IE (à 50%), 2 techniciens, personnels non permanents), vous développerez un projet centré sur la compréhension de la structure et du fonctionnement des populations virales responsables de maladies (jaunisses transmises par pucerons) sur les plantes de grande culture avec un fort focus sur les céréales à paille. Vos approches pourront mixer une activité de terrain a? l'exploitation des jeux de données existants ou à? développer. Vous contribuerez à l'analyse des données pluriannuelles obtenues dans le cadre du Programme Prioritaire de Recherche "Deep Impact" et générerez, en partenariat (Instituts techniques, Unités INRAE), de nouvelles données métagénomiques sur les populations virales circulant dans les cultures de céréales à paille, dans les adventices et dans les pucerons vecteurs. Afin de dépasser les limites des approches métagénomiques actuelles, vous développerez également des approches de barcoding permettant simultanément la caractérisation des populations virales (PCR genre-spécifique) et celle des hôtes végétaux ou des pucerons vecteurs afin de pouvoir amplifier la puissance des analyses par la multiplication des points de données. Un premier objectif sera de générer une vision large de la circulation des différents virus appartenant au complexe d'espèces B/CYDV responsables de la jaunisse nanisante sur céréales à paille ainsi que dans les plantes réservoirs et les insectes vecteurs à partir des données de métagénomique et de leur analyse (diversité virale, phylogénomique, phylogéographie). Sur le moyen terme, vous développerez un questionnement scientifique en écologie virale centré sur l'analyse des conséquences sur les populations virales et sur leur impact, de l'évolution des modes de conduite ou des stratégies agroécologiques visant à réduire l'utilisation des pesticides ou des autres intrants en agriculture. En fonction des moyens obtenus et des partenariats tissés, il sera également possible, sur la durée, d'étendre ces questionnements à d'autres virus biologiquement proches et tout aussi problématiques sur d'autres grandes cultures (betterave, protéagineux, colza) mais aussi éventuellement à d'autres viroses qui émergeraient sous l'effet du changement global ou de l'évolution des pratiques culturales et des espèces cultivées.

Votre équipe vous en dit plus sur votre futur job

Formations et compétences recherchées

Concours ouvert aux candidat-es titulaires d'un doctorat (ou équivalent).
Formation recommandée en écologie des communautés ; expérience souhaitée en métagénomique et/ou en écologie virale. Une expertise en analyses bioinformatiques et en biostatistique des données de métagénomique sera un plus.
D'excellentes compétences de communication et une capacité à développer des réseaux de collaborations avec des partenaires publics et privés en France et à l'international sont attendues.
La maîtrise de l'anglais est souhaitée ainsi qu'une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n'en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à? l'étranger a? l'issue de l'année de stage

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE