Chargé-e de recherche en modélisation épidémiologique multi-échelle des maladies infectieuses animales

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’unité BIOEPAR contribue par ses recherches à répondre aux enjeux de prévention de la santé animale dans son acception globale, de réduction d’usage de médicaments anti-infectieux, et d’adaptation de la gestion de la santé aux évolutions des systèmes d'élevage. Ses objectifs sont de comprendre et d’agir sur les déterminants et la transmission des maladies animales infectieuses par une approche multidisciplinaire et multi-échelles. En intégrant l’équipe DYNAMO de l’unité BIOEPAR, et en collaborant notamment avec les équipes d’épidémiologie observationnelle (PEPS) et de virologie/immunologie (IMMUNOCARE), vous contribuerez à des travaux de modélisation mécaniste originaux qui visent à mieux comprendre et prévoir la propagation et la maîtrise d’agents pathogènes dans les populations animales à large échelle (ex : bassins de production, pays). Parmi les maladies étudiées, les maladies vectorielles présentent des enjeux spécifiques : souvent zoonotiques et à fort risque d’émergence ou de circulation plus intense en Europe du fait des changements globaux (climat, occupation des sols, mouvements des hôtes), elles forment un corpus de maladies où le lien entre santés animale, humaine et environnementale est particulièrement prégnant. Cependant, les processus infectieux multi-échelles, intégrant les interactions entre réponse de l’hôte à l’infection, dynamique virale intra-vecteur et dynamique épidémique, sont peu étudiés en santé animale et pour beaucoup de zoonoses. Les dynamiques intra-individuelles sont généralement représentés de manière simplifiée dans les modèles épidémiologiques par la communauté scientifique internationale, la variabilité interindividuelle étant négligée. Cela met en péril la robustesse et la précision des prévisions des modèles épidémiologiques et leurs interprétations en termes de besoins de surveillance, prévention et maîtrise des maladies.

Vos activités de recherche

Pour infirmer ou confirmer l’hypothèse simplificatrice majeure et récurrente que la réponse de l’hôte et la dynamique virale intra-vecteur peuvent être négligées, vous développerez un cadre de modélisation multi-échelles. Vous comparerez plusieurs formalismes mathématiques pour représenter la dynamique d’infection intra-individu (hôte ou vecteur) et caractériser son hétérogénéité entre individus, en considérant les besoins inhérents à un futur passage à l’échelle des méthodes proposées. Vous étudierez comment la prise en compte des dynamiques intra-individus dans les modèles épidémiologiques conduit - sous certaines conditions - à des prévisions différentes des modèles classiques, et pourrait permettre une meilleure anticipation et maîtrise des épidémies. Pour cela, en collaboration étroite avec des virologistes, vous caractériserez les situations en termes de traits d’histoire de vie des agents pathogènes et des hôtes qui requièrent un cadre de modélisation multi-échelles.

Vous travaillerez en premier lieu sur les arboviroses, notamment la fièvre de la vallée du Rift et la fièvre du Nil occidental, deux zoonoses dont le risque d’émergence ou de circulation plus intense augmente en Europe du fait des changements globaux. Des connaissances sur les processus aux différentes échelles (intra-individuelle - pour les hôtes et les vecteurs - et populationnelle), des données associées et des moyens de calcul et de fonctionnement sont déjà mobilisables sur ces maladies dans le cadre d’un projet européen en cours (www.wiliman-id.eu).

Vous contribuerez à renforcer les interactions entre sciences formelles et sciences du vivant, pour que les solutions choisies en termes de formalisme mathématique soient adaptées aux questions biologiques tout en permettant un passage à l’échelle, un verrou courant en modélisation multi-échelles.
Vous contribuerez enfin à la formation à et par la recherche en modélisation mécaniste et biomathématiques, voire à la formation initiale dans ces disciplines.

Votre équipe vous en dit plus sur votre futur job

Formations et compétences recherchées

Concours ouvert aux candidats titulaires d’un doctorat (ou équivalent).

Une spécialité ou une expérience en modélisation mécaniste à plusieurs échelles est souhaitée, si possible appliquée à la dynamique d’un système biologique.

Posséder une expérience de recherche à l’interface entre biomathématique et biologie fondamentale est un atout. Avoir développé un réseau académique en biomathématique renforcera le réseau de collaborations de l’équipe en sciences formelles.
La maîtrise de l’anglais est indispensable. Une expérience internationale de longue durée est souhaitée : les lauréats qui n’en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à l’étranger à l’issue de l’année de stage.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE