Chargé-e de recherche en génétique systémique translationelle

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l'unité mixte de recherche Génétique, Physiologie et Systèmes d'Elevage (GenPhySE, 136 permanents) dont les recherches visent à faire évoluer les systèmes de production animale par des innovations génétiques, nutritionnelles et de conduite d'élevage, dans une perspective de production durable. Vous exercerez vos missions dans l'équipe Génétique et Epigénétique moléculaires des espèces animales utilisées en croisement. Cette équipe recherche et caractérise les différentes sources d’information moléculaire transmises entre générations et qui contribuent à la variabilité des caractères observée chez les animaux domestiques.

Les études génétiques basées sur des analyses d’association pangénomiques ont permis, dans les espèces d’élevage, d’identifier des milliers de régions génomiques contribuant à la variabilité de caractères complexes. Exploiter au mieux ces résultats pour appréhender plus finement les mécanismes biologiques qui sous-tendent les caractères reste un défi majeur. C’est l’objectif des approches de génétique systémique, qui visent à établir le lien entre génome et phénome en exploitant l’information sur les phénotypes moléculaires intermédiaires via l’utilisation de diverses méthodes (génétique de liaison et/ou association, réseaux de co-expression, voire utilisation de modèles d’apprentissage…). Cette stratégie bénéficie des données -omiques produites en quantité grâce à l’essor des technologies de séquençage haut-débit et des démarches de science ouverte, qui rendent ces données accessibles pour diverses espèces.

Vous développerez une approche de génétique systémique translationnelle, en analysant et transférant des connaissances obtenues chez différentes espèces, pour décortiquer finement les relations génome-phénome dans les espèces d’élevage étudiées dans l’équipe. Dans un premier temps, vous mettrez en place cette stratégie chez le porc afin d’améliorer les connaissances sur l’architecture moléculaire d’un caractère complexe d’intérêt agronomique. Vous disposerez pour cela de jeux de données génétique et génomique, épigénomique et transcriptomique. Puis, vous élaborerez une approche translationnelle pour tirer parti des connaissances d’autres espèces via l’utilisation optimale des données publiques. A plus long terme, vous étendrez cette démarche pour explorer le déterminisme de caractères nouveaux et peu connus, comme les comportements qui peuvent contribuer aux capacités adaptatives des animaux et à leur bien-être. Dans ce cas, l’acquisition de données phénotypiques et de facto de données moléculaires -omiques est un facteur limitant, et une plus-value est attendue des approches de génétique systémique translationnelle.

Vous travaillerez en collaboration directe avec les scientifiques de l’équipe abordant les domaines de l’épigénétique transgénérationnelle, de la régulation des génomes, de l’analyse de déterminismes génétiques complexes. Vous serez également amené(e) à collaborer avec les membres des autres équipes de l’unité travaillant sur des problématiques similaires et ayant des compétences en génétique des populations et génétique quantitative. Par ailleurs, vous bénéficierez pour vos travaux d’infrastructures technologiques de pointe regroupées au sein du GIS GENOTOUL. Vous vous appuierez sur les réseaux de collaborations déjà établis par l’équipe d’accueil et contribuerez à l’enrichir aux niveaux local, national et international.

Formations et compétences recherchées

Concours ouvert aux candidats titulaires d’un doctorat (ou équivalent).

Titulaire d’un doctorat (ou équivalent) en génétique et génomique, vous avez un fort intérêt pour la biologie computationnelle et les problématiques liées au renouvèlement des conditions d’élevage. La maitrise des jeux de données multi-omiques et des approches de biologie systémique sont un plus. Des connaissances sur les bases de données utiles à vos futurs travaux sont souhaitées.

La maîtrise de l’anglais est souhaitée ainsi qu’une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n’en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à l’étranger à l’issue de l’année de stage.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE