Chargé-e de recherche en méthodologie de la sélection pour des mélanges d'espèces cultivées

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli(e) au sein de l'Unité de Recherche Pluridisciplinaire Prairies et Plantes Fourragères (UR P3F) d'INRAE, basée à Lusignan (86), qui mobilise des compétences en génétique et en écophysiologie végétale pour analyser le fonctionnement des prairies et gazons semés et proposer des solutions pour les adapter aux enjeux de la transition agro écologique dans un climat changeant. L'Unité est composée de 36 agents dont 13 scientifiques et accueille tous les ans une soixantaine de personnel temporaire. Elle dispose de moyens expérimentaux importants permettant des expérimentations au champ, en serre et chambres de culture, des analyses chimiques et du marquage moléculaire en lien avec différentes plateformes. Les variétés fourragères sont des synthétiques abritant une diversité non négligeable et sont de plus en plus semées en mélanges comprenant différentes espèces. Ceci permet d'obtenir une meilleure valeur agronomique et assure une meilleure stabilité de la production dans des environnements changeants. L'optimisation des variétés dans de tels mélanges reste un challenge afin d'assurer le maintien des différentes espèces dont en particulier la balance entre graminées et légumineuses. L’objectif du projet de recherche est de développer des méthodes de sélection innovantes pour ces espèces fourragères sachant qu’elles vont être utilisées en mélange. Les recherches à développer relèveront du questionnement de la génétique quantitative mais s’appuieront sur une compréhension mécaniste de la dynamique des mélanges portée par les chercheurs d’écophysiologie de l’URP3F ainsi que sur des concepts d’écologie. Elles comprendront une part de développements théoriques, mais s’appuieront aussi sur l’expérimentation pour documenter/valider des modèle théoriques et contribuer à initier des projets de sélection pilotes. Les principaux objectifs initiaux du projet de recherche seront les suivants :

(i) Le CR recruté devra chercher à établir le lien entre le modèle statistique de la génétique quantitative construit pour la sélection en mélange d’espèces (Sampoux et al. 2020) et les approches mécanistes de l’écophysiologie développées au sein de l’unité. Cette approche individu-centrée doit en effet donner les moyens de modéliser la valeur de mélanges à partir de la distribution multi-traits pour chaque espèce. Ainsi les traits fonctionnels essentiels pour la productivité et la stabilité des mélanges inter-spécifiques sur lesquels les schémas de sélection devront concentrer leurs efforts seront identifiés. Pour chaque espèce du mélange, la distribution nécessaires pour ces traits (mono- / pluri-modale, moyennes des modes et leur variance : diversité intraspécifique planifiée) sera déterminée en fonction des composants du mélange. Puis le CR évaluera dans quelle mesure ces traits pourraient être sélectionnés de façon indirecte en peuplement mono-spécifique ou en plantes espacées où les interactions entre plantes sont faibles.

(ii) Le CR développera des modèles de prédiction génomique des traits fonctionnels importants pour les mélanges d’espèces afin de limiter l’effort expérimental demandé pour une sélection pour la valeur en mélange d’espèces, ceci étant d’autant plus nécessaire que le nombre d’espèces dans le mélange est important (typiquement plus de deux espèces pour les mélanges prairiaux diversifiés).

(iii) Il choisira une cible finalisée (prairie fourragère diversifiée en espèces, couvert prairial pérenne complexe pour cultures de rente annuelles, …) et contribuera au développement d’un programme de sélection pour cette cible. Ces travaux pourront inclure des graminées (ray-grass anglais, dactyle, fétuques) et des légumineuses (luzerne, trèfles) pérennes habituellement utilisées en sélection fourragère mais aussi d’autres espèces prairiales moins utilisées. Ce programme de sélection lui fournira des données expérimentales pour documenter ses approches théoriques et pourra à terme avoir valeur de preuve de concept afin d’évaluer au champ et dans des systèmes de culture les progrès réalisés sur les services rendus. Ce programme de sélection sera développé en étroite collaboration avec FERLUS et éventuellement avec des obtenteurs (Agri-Obtentions, Cérience, autres entreprises de sélection de l’ACVF) ou de partenaires académiques étrangers connus pour leur motivation sur ce type de questions (ILVO).

Formations et compétences recherchées

Concours ouvert aux candidats titulaires d’un doctorat (ou équivalent).

Les compétences scientifiques recherchées sont celles de la Génétique quantitative. Une très bonne connaissance de cette discipline est nécessaire. La personne recrutée devra avoir une bonne connaissance de la théorie de la sélection en amélioration des plantes (connaissance des différentes méthodes de sélection, maîtrise des concepts et outils permettant d’évaluer et de comparer les schémas de sélection). Elle devra maîtriser l’utilisation des modèles linéaires mixtes permettant de prédire la valeur génétique des génotypes candidats à la sélection (notamment les modèles de prédiction génomique). Une formation de base en agronomie serait souhaitable, avec de bonnes notions en écophysiologie végétale et si possible en écologie fonctionnelle. Il devra savoir utiliser différents langages de programmation comme R et Python.

Il serait d’autre part nécessaire de connaître les principes du génotypage haut-débit et des outils bio-informatiques associés permettant la détermination des variants alléliques (nécessaire pour l’étude de modèles de sélection génomique).

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE