Chargé-e de recherche en génomique structurale pour l’étude de la diversité génétique de la vigne

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l’équipe DAAV (Diversité, adaptation et Amélioration de la vigne; 11 scientifiques et 7 agents techniques) associée à l’UMT GenoVigne au sein de l'UMR AGAP (300 permanents dont 180 chercheurs). Les activités seront réalisées en synergie avec le plateau de bioanalyse d’AGAP et en lien avec la plate-forme de bioinformatique Southgreen (https://www.southgreen.fr/).

Au cœur du dispositif d’analyse fine du pangénome de la vigne, le/la chercheur.e interagira à la fois avec les collègues du Centre de rressources génétiques Vigne, les scientifiques impliqués dans l’étude des bases génétiques de caractères d’intérêt, les scientifiques impliqués dans la physiologie et la génomique fonctionnelle et la prédiction génomique, de DAAV et des autres équipes du groupe Vigne du Département BAP.

Mission:

Vous déveloperez un projet de recherche visant à l’identification des polymorphismes au niveau du génome entier pour définir le ‘Pangénome’ de Vitis vinifera i.e. identifier les gènes appartenant aux parties « Cloud & shell » du pangénome, enrichies pour des fonctions « bénéfiques » (défenses, développement, adaptation; Gordon et al, 2017), des gènes liés aux stress abiotiques et contrôlant la floraison (Tranchant-Dubreuil et al, 2019), ou participant à des voies métaboliques spécifiques (exemple / soja : biosynthèse des acides gras ; Liu et al, 2020) et leur diversité. Une attention particulière sera aussi apportée aux polymorphismes de type « Presence-Absence » (PAV) et « Copy Number Variation » (CNV) qui ont été une source importante de variation génétique au cours de la domestication (Lye & Purugganan, 2019, Zhou et al 2019) et aux éléments mobiles (transposons et rétroéléments) et leur impact sur l’adaptation et la résilience.

Activités:

Les travaux débuteront sur la base de données des séquences complètes (assemblage haplotypique) de génomes disponibles dans l’équipe (Cabernet Franc, Chenin, Madeleine Noire des Charentes, Merlot, Pinot) et des données disponibles dans les bases de données internationales. Nous envisagerons ensuite le séquençage profond Pacbio des core-collections de Vitis vinifera (panel 279, core C4) choisies pour présenter un fort gradient environnemental ou sur lesquelles des données phénotypiques précises seront disponibles soit dans le cadre du CRB Vigne soit de projets de recherche en cours (G2WAS) ou à venir (implantation du panel 279 sur le domaine expérimental de Pech Rouge).

En lien avec d’autres chercheurs de l’équipe et grâce notamment aux données phénotypiques accumulées au domaine de Vassal, il sera possible de rechercher des corrélations entre les polymorphismes au niveau du génome entier ou de gènes candidats et les caractères impactés par le changement climatique (1er caractère travaillés = phénologie et qualité). Les données phénotypiques qui seront recueillies sur le panel 279 au champ avec répétitions et traitement hydrique différencié seront également très intéressantes pour cet objectif.

L’étude de la diversité génétique à cette échelle fine, permettra également d’identifier des cibles potentielles pour validation fonctionnelle par édition et éclairera les programmes de création variétale et les outils de prédiction génomique en prenant mieux en compte, en plus de la diversité SNP, les autres types de variation du génome : PAV, CNV, éléments transposables. En collaboration avec d’autres équipes d’AGAP et du groupe vigne, l’étude des marqueurs épigénétique pourra également être réalisée (petits ARNs, méthylation, … ).

Permis de conduire recommandé

Formations et compétences recherchées

Concours ouvert aux candidats titulaires d'un doctorat (ou équivalent).
Doctorat en génomique structurale, avec des compétences en génomique et génétique des populations et des compétences solides en bio-informatique.

De bonnes connaissances en statistiques, notamment en statistiques bayésiennes et concepts de programmation et logiciel R sont également demandées.

Une connaissance préalable de la diversité de la vigne (ampélographie) serait un plus.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE