Ingénieur-e statisticien-ne en analyse omique

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous travaillerez au sein de l'unité mixte de recherche sur les herbivores (UMRH, entre INRAE Phase/EcoSocio et VetAgro Sup). L'UMRH conduit des recherches pour un élevage d'herbivores multi-performant, mobilisant les leviers de l'agroécologie. L'unité est organisée en 5 équipes de recherche qui regroupent 120 agents permanents, dont 74 chercheurs et ingénieurs, et accueille 70 non permanents par an (dont une vingtaine de doctorants). L'unité collabore avec des plateformes de génomique, protéomique et métabolomique ainsi qu'avec des infrastructures de calculs locales et nationales.
Vous travaillerez au sein de l'équipe Digestion, nutrition, aliments, métabolisme, microbes (DINAMIC) dont la mission est de comprendre les mécanismes d'ingestion, digestifs et métaboliques contrôlant la nutrition de ruminants. Les finalités de l'équipe sont d'améliorer l'efficacité d'utilisation des aliments, l'équilibre services/dys-services des ruminants (incluant les rejets de méthane entérique et d'azote), le confort digestif et la qualité de produits. Un des axes de recherche de l'équipe vise à comprendre la contribution des différents microbiomes du ruminant à l'expression de ces traits phénotypiques. L'analyse des microbiomes et leurs effets sur les phénotypes de l'animal repose sur l'acquisition et l'exploitation de données massive de nature différente et multidimensionelles.
Dans un premier temps vous utiliserez et adapterez des méthodes existantes basées sur la réduction de dimension, les méthodes bayésiennes, et la similarité. Vous apporterez également votre expertise pour développer les méthodes de machine et deep learning. Votre liberté de développement d'algorithmes et d'outils au service des thématiques scientifiques de l'équipe sera important. Dans un deuxième temps, vous proposerez des méthodologies de préparation, de normalisation et de pondération des données (remplacements de données manquantes, de pondération des données par la variabilité technique...). Enfin, vous appliquerez les méthodes développées à des jeux de données massifs composés de données nutritionnelles, de performances zootechniques, de paramètres physiologiques et de données multi-omiques pour comprendre la contribution de la composition microbienne et de ses fonctions dans l'expression des phénotypes « faible émetteur de méthane » et « métabolisme efficace ». Vous aurez une belle liberté de développement d'algorithmes et/ou de création d'outils.
Au niveau local, vous serez amené-e à collaborer avec des scientifiques fédérés par le réseau «Aubi-Auvergne Bioinformatique» avec une forte expertise en génomique, épigénomique et métagénomique. Vous pourriez aussi interagir avec des scientifiques du laboratoire d'ingénierie pour les systèmes complexes qui développent des méthodes quantitatives pour comprendre les différents moteurs de la dynamique des communautés. Au niveau national, vous intègrerez le réseau de mathématiciens des unités INRAE GABI (Génétique animale et biologie intégrative), du département MathNum et hors INRAE, de l'institut mathématiques de Toulouse ou de l'INRIA. Enfin, des laboratoires partenaires des projets européens actuellement en cours vous permettront de construire votre réseau à l'international. Les perspectives à moyen terme de vos activités sont de proposer des méthodes qui génèrent des connaissances nécessaires pour le décryptage multi-échelles des fonctions du vivant, l'un des objectifs du métaprogramme DIGIT-BIO.

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste ou de chef de projet selon expérience.

Formations et compétences recherchées

Titulaire d'un diplôme de Master [idéalement, mais pas exclusivement du M2 GENIOMHE (Genomics Informatics and Mathematics for Health and Environment ; Université d'Evry)] ou équivalent ingénieur et/ou d'un doctorat en mathématique et modélisation est souhaitable.
Expérience en statistiques et production d'algorithmes pour la biologie et connaissance :
- des méthodes mathématiques et informatiques pour intégrer des données de biologie,
- de la conduite et du pilotage de projets (analyse des besoins, modélisation/conceptualisation, développement, documentation fonctionnelle et technique, mise en place de tests),
- des techniques de protéomique, transcriptomique et autres -omiques pour être force de proposition pour l'analyse des données et leur valorisation.
Très bonne connaissance/expertise des méthodes mathématiques, bonne capacité de rédaction d'articles scientifiques, bonne maîtrise de l'anglais, intérêt pour la biologie, qualités relationnelles, grande rigueur et autonomie.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.