Ingénieur-e en analyse d'images

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous travaillerez sur la plateforme "Phénotypage par Imagerie in/eX vivo de l'ANImal à la Molécule" (PIXANIM, https://www6.val-de-loire.inrae.fr/pixanim) implantée sur le centre INRAE Val de Loire (Nouzilly) et hébergée par l'unité mixe de recherche "Physiologie de la reproduction et des comportements" (UMR PRC). PIXANIM offre des locaux et des équipements pour la pratique de la chirurgie cérébrale et génitale et est susceptible d'accueillir et d'assister toute équipe qui souhaite travailler dans son propre domaine de compétences chirurgicales.
L'originalité de PIXANIM réside dans sa capacité à élargir les champs d'investigation du phénotypage animal à l'analyse de l'ensemble de ses niveaux d'organisation depuis l'individu entier jusqu'à la molécule (protéines, lipides). Ainsi, la combinaison de stratégies multi-échelles (individu, organes, tissus, cellules) et multimodales permet de caractériser finement des phénotypes animaux. PIXANIM est une infrastructure de recherche qui se démarque également grâce à ses moyens d'hébergement / expérimentation et ses outils en imagerie et analyses moléculaires présents sur un seul site qui forment un ensemble cohérent et unique en France. Grâce à des outils d'investigations par imagerie in vivo et/ou ex vivo, PIXANIM fournit une connaissance approfondie de l'anatomie, des structures et des fonctions de l'animal.
La plateforme PIXANIM participe à différents réseaux et infrastructures à l'échelle nationale et européenne. PIXANIM fait partie du réseau de l'institut Carnot France futur élevage (consortium FINDMED) qui ouvre l'accès à des partenaires privés du secteur vétérinaire/pharmaceutique. PIXANIM est membre du réseau européen VetBionet qui regroupe 28 institutions publiques et privées travaillant dans le secteur de la santé animale. Elle est labellisée par l'Infrastructure biologie santé (GIS IBiSA) (rubrique animalerie, exploration fonctionnelle) et s'inscrit directement dans le fonctionnement de l'infrastructure nationale Ressources agronomiques pour la recherche et l'enseignement (RARe).
Le personnel affecté à la plateforme constitue une équipe pluridisciplinaire en périchirurgie, en biophysique (spectroscopies IRM, à rayons X, acoustique, spectrométrie de masse, imagerie microscopique et moléculaire), en biochimie (protéines, lipides), en bioséparation (chromatographie liquide, électrophorèse) et en bioinformatique (traitement du signal, « big data omique », statistiques).
Au sein d'une équipe de 7 ingénieur-e-s et technicien-ne-s spécialisé-e-s en acquisition et traitement d'images biologiques, sous la responsabilité de la direction de la plateforme, vous mènerez les missions suivantes :
- Réaliser des travaux d'analyse d'image de type prestation de service, projet de collaboration ou de développement/innovation.
- Développer de nouvelles méthodologies d'analyse d'image (analyse multimodale et multi-échelle) en collaboration avec les ingénieurs de la plateforme PIXANIM et les autres plateformes de l'UMR-PRC (Plateforme d'imagerie cellulaire (PIC) et la plateforme SRISE (Support et réflexion en informatique scientifique)).
- Participer à la mise en place et à la réalisation de formations proposées par la plateforme (école chercheur, ateliers).
Votre projet débutera par le traitement de l'imagerie unimodale puis à terme, le développement de l'analyse d'image issues de deux modalités ou plus, puis la reconstruction en 3D des structures biologiques aboutissant à la définition de nouveaux phénotypes.

Formations et compétences recherchées

Vos compétences :
- Connaissances approfondies en analyse d'image (segmentation, alignement d'images, quantification).
- Bioinformatique et programmation avec logiciels scientifiques (R, Matlab, Python).
- Bio-statistiques (calculs scientifiques).
- Langue anglaise : B2 à C1.
- Capacité de travail en équipe.
- Capacité d'adaptation pour répondre aux besoins variés des partenaires de la plateforme provenant d'horizons différents : organisme de recherche, université, milieu hospitalier, société pharmaceutique.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.