Expert-e en calcul scientifique en intelligence artificielle

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'unité "Mathématiques et Informatique Appliquées Toulouse" (MIAT) a pour mission de développer des méthodes mathématiques et/ou informatiques pour résoudre des problèmes identifiés avec nos collaborateurs biologistes et agronomes. L'unité est composée de deux équipes, SaAB et SCIDYN, et de deux plateformes, la plateforme GENOTOUL-bioinfo et la plateforme RECORD.
Vous serez accueilli-e au sein de l'équipe Statistiques et Algorithmique pour la Biologie (SaAB).
Une partie importante de l'activité de l'équipe SaAB est menée en intelligence artificielle (IA) pour les sciences du vivant. L'équipe SaAB est composée de 10 personnes (DR, CR, IR et IE). Sur la thématique de l'IA, l'équipe SaAB mène des travaux en optimisation discrète (dans les modèles graphiques) et programmation par contraintes depuis plus de vingt ans. Elle intègre ses travaux dans la plateforme open-source toulbar2. Plus récemment, elle développe des travaux hybrides à l'interface de l'optimisation et du machine learning, notamment avec l'arrivée d'une CR en 2018 et commence à investir le thème des réseaux de neurones profonds.
L'équipe collabore en IA au niveau régional (Institut d'Intelligence Artificielle de Toulouse, Université Paul Sabatier, CNRS), national (MIA Paris, Universités de Caen, Marseille et Montpellier et Télécom Paris) et international (Universités de Aalto, Barcelone, Cork, Heidelberg, Hong-Kong et Prague). Les fruits de ses travaux en IA sont appliqués en génétique (unité GenPhySE), en métabolomique (Télécom Paris, Université de Aalto, INRIA), en réseaux de gènes (unité LIPME) et en design de protéines (Toulouse Biotechnology Institute, Duke University, KU Leuven). Par le passé, des applications en agronomie (planification/conception, SCIDYN, unité Écodéveloppement) ont également été abordées.
Pour les applications d'intérêt, vous aurez le rôle de responsable opérationnel-le et d'interface avec nos partenaires. Vous aurez en charge la mise en oeuvre de la modélisation, des méthodes et leurs expérimentations pour permettre aux chercheurs de l'équipe d'apporter de manière plus efficace leur expertise sur les questions finalisées et continuer à développer la méthodologie.
Vous interviendrez de façon plus spécifique en appui au développement de code en IA. Notamment, le code source de toulbar2 est en C++ pour des raisons d'efficacité et une interface (ou package) en Python est ajoutée pour faciliter la réutilisation du programme. Vous développerez des solutions pour l'optimisation de code et la parallélisation (GPU). Vous contribuerez à pérenniser les résultats des travaux de recherche de l'équipe et à avoir une science ouverte avec la diffusion de logiciels libres de qualité, performants, extensibles et fédérateurs. La maîtrise des outils d'intégration et de livraison continue (CI/CD) doit vous permettre d'y contribuer.

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste ou de chef de projet selon expérience.

Ce poste ouvre le droit à la prime informatique et vous contribuerez au CATI PROSODIe.

Formations et compétences recherchées

Des connaissances approfondies en algorithmique sont indispensables. Vous avez de bonnes notions sur au moins l'un des domaines IA de l'équipe (Recherche Opérationnelle (RO) / programmation par contraintes ou apprentissage automatique / réseau de neurones).
Pour assurer vos missions, vous avez des compétences avérées en développement logiciel, notamment avec le langage de programmation C++. Une expérience d'une API GPU type CUDA/OpenCL serait appréciée. Idéalement, vous avez déjà démontré votre capacité à concevoir des logiciels diffusables via CI/CD (gitlab, github,...).
Enfin, vous avez des qualités relationnelles affirmées pour travailler en équipe, une rigueur scientifique, de solides facultés d'organisation, de bonnes compétences pédagogiques et la capacité à vous adapter. Des qualités rédactionnelles en anglais sont indispensables.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.