Ingénieur-e en biostatistique

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l'unité mixte de recherche INRAE/AgroParisTech Génétique animale et biologie intégrative (UMR GABI) dont les recherches visent à comprendre et à exploiter la variabilité génétique des animaux pour analyser la construction des phénotypes d'intérêt en élevage, les interactions avec les écosystèmes microbiens et l'environnement au sens large, dans un contexte de transition agroécologique. L'UMR GABI compte environ 115 permanents et est implantée sur le centre INRAE Ile-de-France - Jouy-en-Josas-Antony, situé à 20 km environ au Sud-Ouest de Paris. L'UMR GABI est membre de l'institut Sciences animales Paris-Saclay (SAPS, https://www6.inrae.fr/saps-paris) et de l'Université Paris-Saclay (https://www.universite-paris-saclay.fr).
L'UMR GABI a démontré ces dernières années sa forte capacité à porter des projets d'envergure et front de science, aussi bien au niveau local, national qu'international (ANR, Europe, etc.). Ces projets génèrent des corpus de données massives de grande dimension, hétérogènes dans leur type, leur origine et leur structure, ayant pour but d'améliorer les connaissances sur les relations entre le génome et le phénome, en prenant en compte les mécanismes génétiques et non génétiques contrôlant la variabilité des caractères.
Vous rejoindrez l'équipe GIBBS « Génomique, Biodiversité, Bioinformatique, Statistique », composée de 9 chercheurs et enseignants-chercheurs, et 5 ingénieurs. Cette équipe, au travers de son pôle BioStatInfo apporte son appui en biostatistiques et bioinformatique aux autres équipes de l'unité GABI, notamment pour l'analyse de données hétérogènes et complexes.
Vous aurez à conduire, d'une part une activité de recherche méthodologique en statistique, et d'autre part une activité de conseil et d'appui auprès des biologistes de l'unité ; ces deux activités étant liées par des questions scientifiques communes. Votre domaine de recherche concernera des aspects de développement méthodologique pour proposer des approches innovantes dans le domaine de l'intégration de données de natures très diverses (e.g., données multi-omiques, potentiellement avec une structuration spatio-temporelle) en vue d'une meilleure compréhension et caractérisation de phénotypes d'intérêt. Un front de science particulièrement prometteur dans ce domaine concerne la formalisation des connaissances biologiques a priori (e.g., annotations fonctionnelles, voies de signalisation) en vue d'une prise en compte explicite dans les analyses.
Votre mission de conseil et d'appui portera sur les aspects statistique et science des données lors de la conception et l'élaboration des projets de recherche auprès des biologistes de GABI et plus largement du département Génétique animale et de SAPS, ainsi que sur l'analyse statistique adaptée et approfondie des données produites. Ces données sont diverses et couvrent tout l'éventail des données omiques (génomiques, transcriptomiques, épigénétiques, protéomiques, métabolomiques) et des méta-données associées. Elles posent des problèmes statistiques riches et variés du fait de leur taille, de leur hétérogénéité, et de leur appariement complexe. Leur analyse demande une excellente connaissance d'un vaste panel de méthodes statistiques et le recours à des méthodes de pointe dans le domaine de la statistique inférentielle, des modèles prédictifs, de l'analyse multidimensionnelle et des modèles bayésiens. Vous interviendrez pour la mise à disposition de pipelines d'analyses statistiques et contribuerez à la conception et mise en place des formations à l'utilisation de ces outils pour les biologistes de l'unité. Vos activités de recherche et d'appui se nourriront mutuellement, l'appui vous donnant des perspectives d'application des méthodes que vous développerez en amont.

Formations et compétences recherchées

Vous avez une formation en biostatistique, science des données ou mathématiques appliquées et des compétences de programmation avancées en R ou Python.
Une connaissance approfondie des méthodes statistiques (modèle linéaire, approches multivariées, machine learning) est nécessaire.
Une expérience en analyse de données omiques serait souhaitée ainsi qu'une connaissance des outils d'analyse pour données omiques (e.g. packages R/Bioconductor ou Python).
Une bonne maîtrise de l'anglais (lu, parlé, écrit) est requise.
Vous devez être capable de travailler en équipe, en partenariat avec les biostatisticiens et bioinformaticiens de l'équipe GiBBS ainsi que des scientifiques d'autres disciplines ; vous devrez savoir faire preuve de pédagogie pour présenter de manière vulgarisée votre travail.
Un goût pour les sciences appliquées est nécessaire.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.