Ingénieur-e développement de logiciels d'analyse numérique

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'unité de recherche « Génétique physiologie et systèmes d'élevage (GenPhySE)» est rattachée aux départements de Génétique animale et de Physiologie animale et systèmes d'élevage. Le laboratoire regroupe des compétences larges en biologie, physiologie, génomique, génétique, statistiques et bioinformatique. Les recherches développées dans l'unité ont pour objectif de mieux comprendre la biologie des animaux domestiques et d'exploiter ces connaissances pour améliorer leur élevage. Une grande partie de ces recherches sont axées sur l'étude du déterminisme génétique des caractères. D'une part, il s'agit d'identifier les polymorphismes génétiques associés aux caractères et leurs effets fonctionnels sur l'expression des génomes. D'autre part, il s'agit d'utiliser cette information pour améliorer les schémas de sélection génétique en particulier en exploitant les technologies de génotypage et de séquençage haut-débit.
L'équipe « Dynamique évolutive des génomes » (Dynagen) regroupe des chercheurs et ingénieurs avec des compétences en génétique des populations, en génétique quantitative, en statistique et en bioinformatique. Elle a récemment été associée à de nombreux projets nationaux et internationaux, de séquençage et d'analyse de la diversité des génomes des espèces d'élevage (porc, vache, poulet, chèvre). Elle participe aux analyses intégratives de données fonctionnelles haut-débit produites par plusieurs projets nationaux et internationaux pour, à la fois, mieux annoter les génomes des espèces d'élevage et mieux comprendre le fonctionnement de ces génomes et leur évolution. Elle développe aujourd'hui des travaux sur la détection de traces de sélection, l'étude de l'histoire démographique des populations, la caractérisation de la variabilité structurelle des génomes et l'annotation fonctionnelle des génomes.
Vous devrez développer des outils collectifs de soutien aux équipes de recherche dans le domaine de la génétique animale en développant des solutions logicielles pour :
1) contribuer à implémenter efficacement des méthodes d'analyse issues de la recherche méthodologique,
2) mettre en place des pipelines d'analyse pour permettre leur exécution sur des infrastructures de calcul haute-performance et assurer la reproductibilité des résultats,
3) mettre en place des solutions facilitant la soumission de travaux d'analyse standardisés par les équipes de recherche du laboratoire et du département.

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste ou de chef de projet selon expérience.

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Vous serez rattaché-e au CATI CTIG.

Formations et compétences recherchées

Vous êtes ingénieur-e en développement logiciel, capable de porter des projets collectifs et participer à l'encadrement de personnels techniques ou scientifiques. Vous devrez assurer que les outils mis en place participent à la démarche de recherche reproductible des équipes de recherche. Vous devrez développer des solutions alliant infrastructure de calcul, systèmes d'information pour les services d'analyse de données collectifs et assurer l'interface depuis la production de données jusqu'à la diffusion et la communication des résultats d'analyse.
- Méthodologie de conduite de projet (connaissance approfondie).
- Génie logiciel (connaissance approfondie).
- Concepts et architectures du système d'information et de communication.
- Maîtrise de deux langages de programmation (C ou fortran et python).
- Méthodes, outils, normes et procédures de la qualité (connaissance approfondie).
- Techniques de management.
- Anglais technique.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.