Ingénieur-e en génomique des populations

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Le "Centre de biologie pour la gestion des populations" (CBGP) est composé d'environ 85 agents permanents d'INRAE, de l'IRD, du CIRAD et de l'Institut Agro-Montpellier. Les recherches qui y sont menées s'inscrivent dans le cadre des nombreuses menaces liées aux arthropodes phytophages ou vecteurs de pathogènes attaquant les cultures ou les forêts, aux espèces envahissantes et aux réservoirs de zoonoses qui pèsent sur la sécurité alimentaire, la biodiversité et la santé. De nombreux projets reposent sur l'utilisation de méthodes computationnelles développées dans l'unité pour répondre à deux objectifs principaux : (1) inférer les dynamiques démographiques et évolutives des populations étudiées pour en comprendre les déterminants (modes et vitesse de dispersion, routes d'invasion, réponses adaptatives à des environnements changeants) ; (2) prédire les trajectoires démographiques et évolutives les plus vraisemblables. Répondre à ces deux objectifs dans des modèles populationnels réalistes nécessite de recourir à des approches basées sur des simulations intensives, couplées à des méthodes d'apprentissage (forêts aléatoires, calcul bayésien approché, réseaux de neurones profonds) à même de pouvoir analyser des jeux de données hétérogènes (génomiques, démographiques et écologiques) de très grande dimension.
Au sein de l'axe « Écologie et génétique évolutive des populations » du CBGP, vous participerez au développement et à l'application d'approches d'inférence et de prédiction en génomique des populations en étroite collaboration avec un collectif de chercheurs possédant des compétences fortes en apprentissage statistique (calcul bayésien approché et forêts aléatoires, en particulier) appliquées à la génomique des populations. Vous apporterez à ce collectif votre expertise dans l'utilisation des méthodes et des outils de l'intelligence artificielle (IA), en particulier des réseaux de neurones profonds. Vous exploiterez vos connaissances et assurerez une veille sur cette thématique en rapide évolution pour concevoir et implémenter les architectures de réseaux les plus adaptées à un problème biologique particulier dans des projets collaboratifs mais aussi dans vos propres projets. Vous mettrez également en oeuvre vos compétences en calcul scientifique, algorithmique, optimisation et parallélisation de code informatique pour développer des algorithmes de simulation efficaces permettant de générer des données d'apprentissage en grande quantité. Vous contribuerez à diffuser et maintenir les outils développés dans le respect des bonnes pratiques du codage informatique afin de répondre aux enjeux d'une science ouverte et reproductible. Vous serez le-la porteur-euse des enjeux du calcul scientifique et de l'IA au CBGP en interaction avec différents réseaux locaux et nationaux.
Vos activités consisteront plus spécifiquement à :
- concevoir, implémenter et tester des méthodes d'IA permettant d'estimer des paramètres démographiques, écologiques ou évolutifs de populations d'intérêt ;
- concevoir, implémenter et tester des méthodes d'IA permettant de prédire les dynamiques éco-évolutives futures de populations d'intérêt ;
- concevoir, implémenter et tester des codes visant à simuler les dynamiques éco-évolutives de populations d'intérêt ;
- appliquer, en collaboration et de manière autonome, les méthodes développées à des espèces d'intérêt ;
- assurer une veille scientifique et un appui pour les nouvelles approches d'IA, en particulier sur les réseaux de neurones profonds ;
- assurer une veille scientifique et un appui pour l'optimisation algorithmique et le calcul scientifique ;
- mettre en place des formations sur l'IA à différents niveaux (unité, réseaux locaux et nationaux).

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste ou de chef de projet selon expérience.

Travail sur écran

Formations et compétences recherchées

Diplôme d'ingénieur en mathématiques appliquées, calcul scientifique ou intelligence artificielle.
- Intérêt marqué pour la simulation, le calcul intensif et l'apprentissage.
- Connaître les principaux langages de programmation et en maîtriser certains parmi C, C++, Fortran, Python, Julia et R.
- Maîtriser la méthodologie statistique en général, notamment les concepts d'estimation et de prédiction.
- Maîtriser les concepts et les outils de l'intelligence artificielle (réseaux de neurones profonds).
- Définir et piloter un projet en autonomie.
- Rédiger des documents (français / anglais).
- Travailler en équipe dans un contexte interdisciplinaire.
- Comprendre les concepts biologiques.
- Maîtriser des outils de recherche reproductibles et de qualité.
Une expérience dans l'application des mathématiques aux sciences du vivant, en particulier dans un laboratoire de recherche, serait très appréciée.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.