Ingénieur-e imagerie 3D multiéchelle

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'unité mixte de recherche "Physique et Physiologie Intégratives de l'Arbre en environnement Fluctuant" (PIAF) étudie les réponses des arbres à trois facteurs physiques de l'environnement (thermique, hydrique et mécanique) en lien avec la crise climatique. Une soixantaine d'agents permanents la composent, distribués également sur deux sites distants de 6 km : le site INRAE de Crouël d'une part et le site Université Clermont Auvergne des Cézeaux d'autre part. L'Unité est structurée en quatre équipes de recherches thématiques (FolEau, SurEau, MEA, MECA) et deux équipes transversales (Ingénierie informatique, Végépôle).
Vous serez impliqué-e dans (i) le développement de stratégies de gestion des données 3D, de reconstruction de structures 3D et surtout de calcul fonctionnel sur ces structures pour en extraire des paramètres physiques et biologiques pertinents ; (ii) le développement d'approches de combinaison multiéchelle de structures avec des modes d'interpolation par homogénéisation à partir d'un échantillonnage d'images aux petites échelles ; (iii) la caractérisation de la cinématique 3D de ces structures pour comprendre leur plasticité phénotypique ; (iv) la participation avec notre ingénieur en modélisation et avec les chercheurs concernés au développement de nouveaux modèles de fonctionnement à structure 3D dynamique.
Vous animerez l'équipe transversale « Ingénierie Imagerie Informatique Automatique et Modélisation » (I3AM) en encadrant un groupe d'ingénieurs et de techniciens (4 permanents + CDD). A ce titre, vous interagirez aussi fortement avec les scientifiques et la direction de l'unité ainsi qu'avec les réseaux imagerie d'INRAE et de INRIA. Vous contribuerez à l'essor d'une chaîne d'analyse 3D combinant imagerie tissulaire (Nanotomographie 3D RX et/ou SPIM) et à la caractérisation de la structure de l'organe ou de la plante (par vision 3D et/ou LIDAR terrestre) pour des applications de thermique, de mécanique et d'hydraulique des plantes.
Vous serez donc chargé-e de piloter et de contribuer aux activités de l'UMR PIAF relatives aux développements numériques et à l'analyse en imagerie 3D. Vous viendrez en conseil et collaboration auprès des scientifiques dans le choix des méthodes numériques sur des problèmes de modélisation 3D et en soutien sur la mise en oeuvre pratique de ces méthodes. Vous serez inséré-e dans les réseaux d'animation autour de l'imagerie 3D et pourrez aussi participer à des projets collectifs hors unité. En effet, notre équipe d'ingénierie transversale est ouverte à de telles approches mutualisées.
L'animation de l'équipe transversale I3AM revêt une importance stratégique pour l'UMR en développant un mode de fonctionnement mutualisé entre les équipes et en collaboration avec les collègues extérieurs mais aussi avec les scientifiques et la direction de l'unité.
Enfin, vous serez impliquée-e fortement dans les animations du département « Agronomie et sciences de l'environnement pour les agroécosystèmes » (AgroEcoSystem) autour de l'imagerie 3D, dans le « Partage d'expérience et de pratiques en informatique » (PEPI) et « Mathématiques appliquées et calcul scientifique » (MACS).

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste ou de chef de projet selon expérience.

Travail sur les deux sites de l'unité, site de Crouël et site des Cézeaux.

Formations et compétences recherchées

Formation souhaitée en Modélisation Mathématique, Image et Simulation.
Compétences en analyse mathématique et modélisation des Images 3D de l'échelle de la cellule végétale à celle du couvert végétal.
Compétences attendues :
- Rigueur, esprit d'équipe, organisation du temps.
- Capacité d'encadrement d'une équipe transversale d'ingénierie.
- Maîtrise de l'anglais.
- Maîtrise des outils de bureautique (Word, Excel, Powerpoint) et d'environnement de programmation (IDE).
- Maîtrise de langages de programmation Python3, C++, Java, etc.).
- Pratique de la science ouverte, codes partagés, versionnement, forges logicielles.
- Pratique des moyens de calcul à haute performance de type cluster de calculs.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.