Ingénieur-e en phénotypage des processus infectieux

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'activité s'exercera au sein de l'Unité d'infectiologie expérimentale rongeurs et poissons (IERP) à l'INRAE de Jouy en Josas, Université Paris Saclay. Cette unité développe des services ouverts à une large communauté scientifique pour réaliser des expérimentations en infectiologie in vivo, appuyées par des technologies de pointe pour modéliser les interactions hôtes, pathogènes, comprendre la virulence des pathogènes, les réponses immunitaires et cribler des candidats thérapeutiques. L'unité est organisée en 3 secteurs : pisciculture expérimentale, animalerie rongeur et plateau d'imagerie et regroupe 16 agents. Pour ses missions, l'unité produit et élève des animaux à statut génétique et sanitaire contrôlés, réalise des challenges infectieux et développe des stratégies innovantes pour le phénotypage par imagerie des animaux en expérimentation. Les projets de l'unité regroupent des projets propres pour les activités de R&D, des prestations de services, des collaborations et des partenariats avec les industriels.
La pisciculture expérimentale est le seul dispositif en Ile de France doté de zones d'élevage et d'expérimentation en confinement de niveau 2 pour l'étude in vivo de maladies infectieuses, animales et/ou humaines. L'accès privilégié au plateau d'imagerie idéalement situé en proximité des animaux infectés permet le suivi des processus infectieux par des approches d'imagerie in vivo non invasives (stéréomicroscopes à fluorescence et Sp8 2photon Leica/ IVIS Spectrum, Perkin). En 2022, l'unité s'est dotée d'un COPAS (Biometrica), cytomètre de flux original dédié à l'analyse et au tri d'objets biologiques complexes tels que la larve de poisson zèbre. Aucun appareil équivalent n'est disponible au sein de l'Université Paris Saclay. Son positionnement stratégique en milieu confiné (NSB2) renforce l'offre de services d'IERP ainsi que les dispositifs expérimentaux de la région dédiés à l'étude des maladies infectieuses par des approches à haut débit. L'utilisation de cet instrument nécessite une expertise et un savoir-faire peu représentés au sein d'IERP (infectiologie/cytométrie/analyse-traitement de données).
Vous travaillerez au sein du plateau d'imagerie de l'unité IERP pour renforcer une petite équipe constituée d'une chercheuse, d'ingénieurs et d'étudiants. Ses missions principales seront :
- le support technique/logistique de l'équipement de cytométrie et la gestion des programmations d'expériences ;
- le développement des activités de cytométrie via la montée en puissance des activités d'analyses à haut débit (processus infectieux/ criblage de molécules thérapeutiques) ;
- la mise en place d'un plateau d'analyses transcriptionnelles au sein d'IERP (rtqpcr) pour combler le besoin identifié et compléter l'offre de service rongeurs et poissons de l'IERP ;
- le soutien aux agents du plateau d'imagerie pour le développement de nouveaux modèles d'études/ de technologies dédiées à l'imagerie des processus infectieux (multi-échelles et multi-espèces) ;
- le soutien aux agents du secteur piscicole pour la production de poissons zèbres dédiés aux expérimentations ;
- la gestion du laboratoire de recherche (organisation du stock/ commandes...) ;
- l'encadrement technique des utilisateurs et étudiants de l'unité pour le développement de modèles poissons zèbres, la cytométrie et le phénotypage par imagerie des rongeurs et poissons.

Vous serez au service des utilisateurs de l'IERP (INRAE, laboratoires académiques, entreprises privées) qui travaillent avec des agents pathogènes varié-es transmissibles à l'animal ou/et à l'homme par des approches multi-échelles et multi-espèces.
Travail fréquent en milieu confiné de niveau 2.
Travail à l'interface entre les utilisateurs et les agents de l'IERP.

Formations et compétences recherchées

Formation en biologie, expérimentation animale.
Vos compétences en imagerie, cytométrie en flux et biologie moléculaire vous conduiront à développer une étude multi-approche de la dynamique du processus infectieux in vivo. Spécialisations souhaitées en infectiologie, imagerie, cytométrie, manipulation du modèle poisson zèbre et biologie moléculaire.
Compétences opérationnelles : analyse de données en imagerie à fluorescence, en bioluminescence, en cytométrie et en analyse statistique ; planifier les activités de la plateforme en tenant compte des contraintes et des échéances, capacités de synthèse et de présentation des résultats (rédaction de comptes rendus, de rapport, ...).
Compétences comportementales : qualités de communication et d'écoute, aptitudes relationnelles, créativité et innovation, travailler en équipe, autonomie et sens de l'initiative, réactivité, rigueur, organisation.
Bonne pratique de l'anglais (lu, parlé, écrit).

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.