Ingénieur-e en microscopie et imagerie

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'Unité mixte de recherche biologie de la reproduction, environnement épigénétique et développement (UMR BREED), comprend environ 90 personnes réparties en 5 équipes de recherche. L'objectif scientifique de l'UMR est de comprendre et maîtriser les mécanismes de programmation épigénétique au cours de la vie anténatale conduisant à la naissance d'un individu en bonne santé, fertile et robuste, capable de s'adapter aux changements de son environnement. Les travaux menés dans l'unité ont recours principalement à des modèles animaux (embryons ou adultes). Depuis quelques années, la démarche scientifique s'appuie aussi sur le développement d'organoïdes ciblés sur différents types de tissus. Les techniques de microscopie et d'imagerie multidimensionelle (microscopie : classique, confocale, feuille de lumière, MET; imagerie in vivo : échographie, endoscopie; scanner de lames) sont des outils de choix pour mener à bien le projet de l'unité et satisfaire à la règle des 3R. Ces approches génèrent de grandes quantités de données images (plus de 100 To par an) dont la gestion et l'analyse sont un défi important au sein des plateaux techniques de microscopie et imagerie du laboratoire.
L'UMR BREED est un membre de l'infrastructure scientifique collective MIMA2 (https://www6.jouy.inrae.fr/mima2) du centre INRAE de Jouy-en-Josas, qui dispose de plusieurs équipements de microscopie et imagerie multidimensionnelle ouverts à la communauté scientifique (2 vidéo-microscopes, 2 confocals, 1 microscope à feuille de lumière, 1 MET et 1 MEB, 3 échographes, 1 endoscope). Les données générées par ces systèmes sont stockées sur des supports connectés au réseau dont une baie serveur et plusieurs NAS spéficiques. La plateforme MIMA2 et l'unité BREED sont situées dans le périmètre de l'université Paris-Saclay, au sein du campus INRAE de Jouy-en-Josas, qui inclut notamment l'unité MAIAGE spécialisée en calcul scientifique et sa plateforme informatique MIGALE. La plateforme MIMA2 est intégrée dans les réseaux thématiques France BioImaging (Noeud IDF Sud) et le RMUI.
Vous travaillerez au sein du pôle de Microscopie et imagerie des micro-organismes animaux et aliments (MIMA2) de l'unité BREED, sous la responsabilité d'un ingénieur de recherche et vous serez amené-e à interagir avec les personnels de MIMA2 des autres unités. Vos missions seront de :
- Prendre en charge la gestion opérationnelle des systèmes de stockage de données images de la plateforme MIMA2.
- Mettre en place un plan de gestion des données d'imagerie.
- Développer les méthodologies nécessaires pour l'analyse des données images, en se basant sur les ressources en place.
- Maintenir et faire évoluer l'architecture logicielle de la plateforme MIMA2.
- Mettre en place des routines de traitement d'images à l'issue des systèmes d'imagerie et jusqu'au stockage et la sauvegarde des images analysées, dans une optique d'hygiène numérique.
- Communiquer et promouvoir les techniques d'analyse d'image dans la communauté scientifique, notamment du campus de Jouy-en-Josas, dans le cadre de Paris-Saclay et les réseaux thématiques.
- Prendre en charge les projets d'analyse d'image des utilisateurs en s'appuyant sur l'équipe MIMA2.
- Acquérir une expertise pour le traitement des données images.
- Etablir une veille scientifique et technologique dans le domaine de compétences requis.
- Appliquer et faire appliquer en situation de travail les réglementations du domaine, en matière d'éthique, d'hygiène et de sécurité.
- Participer à la gestion courante de la plateforme et aux réunions.

Vous serez amené-e à travailler avec des serveurs qui peuvent se situer au sein du data center INRAE IDF (Bruyère-Le-Chatel)

Formations et compétences recherchées

Domaine de formation souhaité : filière informatique
- analyse d'images,
- gestion de système informatiques de données,
- expérience en microscopie ou imagerie médicale souhaitée,
- expérience éventuelle en biologie, biochimie ou biophysique.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.