Ingénieur-e en ingénierie logicielle

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l'unité GeT-PlaGe sur le centre INRAE de Toulouse Auzeville, et vous travaillerez à distance à hauteur de 20% de votre temps pour l'unité EPGV située à Evry dans les locaux du Génoscope sur des missions communes.
GeT-PlaGe (https://get.genotoul.fr/la-plateforme/get-plage/) est une plateforme technologique de séquençage, constituée en unité de service d'une trentaine de personnes. Elle propose ses services en génomique à l'ensemble de la communauté scientifique nationale en agronomie, environnement et écologie. Membre de France Génomique (PIA), elle est labellisée infrastructure collective INRAE et fait partie de l'infrastructure de recherche de génomique.
L'unité GeT-PlaGe a fait le choix depuis plusieurs années de se positionner sur des technologies de pointe. Les technologies et méthodologies développées sont parmi les 1ère disponibles en France dans le domaine. Une équipe informatique de 2 personnes administre et développe un système d'information (SI) qui vient en support pour la gestion de la plateforme de séquençage. Ce SI doit accompagner le dynamisme de la plateforme en intégrant les nouveaux appareils, types de données et applications et en permettant la gestion de quantités de données toujours plus importantes qu'il faut sécuriser, tracer et éventuellement mettre à disposition des collaborateurs.
L'unité EPGV en tant que plateforme de génomique produit un important volume de données qu'il est important de tracer pour répondre aux besoins de nos partenaires, de la FAIRisation des données et de la science ouverte. Localisée au Genoscope, l'EPGV bénéficie de son système de traçabilité tout comme l'unité GeT-PlaGe de Toulouse.
Accueilli-e au sein de ses équipes informatiques, en interaction forte avec les équipes bioinformatique et séquençage, vous participerez au maintien et au développement du SI. Vous serez placé-e sous la responsabilité directe du responsable de l'équipe informatique et sous la responsabilité hiérarchique de la directrice d'unité de GeT-PlaGe. Vous participerez à la mise en place et la configuration de briques logicielles permettant de gérer la traçabilité des expériences de séquençage haut-débit au laboratoire jusqu'au dépôt des données dans les entrepôts publics du domaine, accompagnant ainsi notre démarche de FAIRisation des données. L'outil NGL sélectionné est principalement développé par l'institut de génomique (CEA, Evry). Vous serez donc amené-e à collaborer avec son équipe de développement et à prendre part activement à l'évolution de NGL. Vous participerez à l'ensemble du processus de la mise en place de solutions logicielles (capture des besoins des utilisateurs biologistes de l'unité, conception, implémentation de la solution logicielle et la formation des utilisateurs). Sur le plan technique, NGL repose sur le framework play, java, angular et mongoDB. Vous serez aussi amené-e plus ponctuellement à faire évoluer des briques logicielles déjà existantes dans le SI, basées sur les technologies java/perl/postgreSQL. L'ensemble des sources du SI est suivi au sein de la forge logicielle gitlab (https://forgemia.inra.fr). Les données et les applications du SI sont hébergées sur l'infrastructure de la plateforme bioinformatique. Vous serez donc amené-e à intéragir avec ses agents.
En mission complémentaire, vous participerez à la gestion des comptes utilisateurs et des postes informatiques de GeT-PlaGe (application de procédures établies).

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste.

Formations et compétences recherchées

Formation : licence 3 informatique
Compétences techniques idéales recherchées :
- Langages : javascript, java, Perl, PHP, Python, HTML, shell
- Frameworks : play, AngularJS, JQuery, Hibernate
- Bases de données : PostGreSQL, MySQL, MongoDB
- Serveur d'applications : apache, Glassfish
- Système d'exploitation : Linux, Windows
Savoirs généraux :
- Maîtrise de l'IDE ECLIPSE et le gestionnaire de source de git
- Maîtrise d'une suite bureautique
- Maîtrise de l'anglais technique
Savoir-être :
- Intérêt fort pour les sciences du vivant
- Curiosité et aptitude à la veille technologique dans le domaine de compétence
- Aptitude et goût du travail en équipe
- Capacité à interagir avec des utilisateurs
- Rigueur et conscience professionnelle
- Dynamique

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.