Assistant-e ingénieur-e en microscopie

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Votre activité s'exercera au sein de l'unité Diversité, Génomes & Interactions Microorganismes-Insectes (DGIMI), localisée sur le campus Triolet de l'Université de Montpellier. Cette unité, sous co-tutelle INRAE, département Santé des plantes et environnement (SPE) et Université de Montpellier, compte une quarantaine de personnes, dont 14 chercheurs et enseignant-chercheurs et 16 ingénieurs et techniciens, réparties en trois pôles de recherche. Ses programmes de recherche portent sur les interactions entre les lépidoptères phytophages, leurs pathogènes (parasitoïdes, virus, bactéries, nématodes) et leurs plantes hôtes, et nécessitent régulièrement le recours à la microscopie. Sous la responsabilité directe du directeur-trice d'unité, vous interagirez avec différents membres de l'unité.
Votre première mission sera d'assurer l'analyse par Microscopie électronique à transmission (MET) d'échantillons préparés à partir des insectes étudiés à DGIMI, et des échantillons de virus spécifiques des insectes (polydnavirus, densovirus). Vous appuierez tout particulièrement les projets de recherche en virologie des insectes, qui requièrent la mise en oeuvre de cette technologie d'imagerie à très haute résolution pour observer les interactions entre les virus et les cellules. A partir d'échantillons biologiques qui vous seront fournis, vous aurez en charge leur préparation (colorations négatives dans le cas des virus ; fixation et inclusion, puis réalisation des coupes ultrafines à l'aide d'un microtome et coloration dans le cas de tissus ou de cellules d'insectes) et leur observation au MET. Vous serez amené-e à suivre les évolutions techniques de la microscopie électronique et à développer des protocoles en fonction des besoins des projets de recherche (immunomarquage, par exemple).
Vous vous investirez également dans le développement et la mise en oeuvre d'une technique puissante et robuste, révélée en 2015 et aujourd'hui en plein essor dans le domaine de la biologie cellulaire, la microscopie d'expansion (ExM). Basée sur une méthode de préparation des échantillons consistant à dilater physiquement l'échantillon plutôt qu'à contrôler le microscope ou les données acquises, la ExM permet d'observer des structures biologiques à l'échelle nanométrique, tout en ayant recours à de la microscopie optique conventionnelle. Dans un premier temps, vous mettrez au point et développerez la ExM pour l'étude des interactions entre des virus spécifiques d'insectes et des tissus ou cellules d'insectes. Vous serez ensuite amené-e à mettre au point la ExM pour l'étude d'autres types d'interactions étudiées dans l'unité (insectes-bactéries, nématodes-bactéries, etc).
Dans le cadre de vos missions, vous aurez en charge l'élaboration et la mise au point de protocoles adaptés pour l'imagerie dans les différents modèles d'insectes, les analyses et l'exploitation des données. Vous serez amené-e à former aux différentes techniques de microscopie le personnel de l'unité qui en fera la demande.
Pour vos missions, vous aurez accès à l'équipement nécessaire à la préparation aux échantillons disponible au laboratoire (notamment microtome). Vous utiliserez les équipements de microscopie électronique (transmission) et les équipements de microscopie photonique (épifluorescence et microscopie confocale) mis à disposition par les plateformes montpelliéraines : la plateforme Microscopie Electronique et Analytique (https://mea.edu.umontpellier.fr) et la plateforme régionale Montpellier Ressources Imagerie (https://www.mri.cnrs.fr/fr). Ces plateformes, localisées sur le même site que l'unité DGIMI, disposent également de plusieurs stations d'analyse d'images.

Vous serez amené-e à manipuler des insectes, dont certains sont de quarantaine, des lignées cellulaires d'insectes, des virus entomopathogènes et des bactéries. Vous serez également amené-e à manipuler sur une plateforme confinée permettant l'expérimentation sur insectes de quarantaine.

Formations et compétences recherchées

Vous avez une connaissance générale dans le domaine des sciences de la vie.
Vous avez une formation en microscopie optique et électronique et en imagerie, une expérience en techniques de préparation d'échantillons pour la microscopie.
Vous possédez des compétences en l'utilisation des logiciels d'analyse d'images (acquisition et traitement) et des logiciels bureautiques de base.
Vous avez une forte curiosité technique et un esprit d'innovation.
Vous êtes autonome et possédez un esprit d'initiative.
Vous avez le sens de la rigueur et de l'organisation.
Vous avez de bonnes qualités relationnelles, la capacité à vous adapter aux besoins des utilisateurs, à gérer différents projets sur différents modèles biologiques et dans des délais précis.
Vous connaissez l'anglais oral et écrit pour communiquer avec les utilisateurs non francophones.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.