Assistant-e ingénieur-e en génomique et microbiologie

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

GenPhySE est une unité créée en 2014 par la fusion de trois unités du centre INRAE Occitanie-Toulouse. Elle regroupe environ 200 agents. L'activité scientifique de GenPhySE est dédiée à faire évoluer les systèmes de production animale par des innovations génétiques, nutritionnelles et de conduite d'élevage, dans une perspective de production durable.
L'objectif général de l'équipe « Nutrition et écosystèmes digestifs » (NED) de l'UMR1388 GenPhySE est d'optimiser l'action du microbiote digestif sur la physiologie de son hôte (immunité, efficacité alimentaire). Afin de progresser, il convient désormais d'identifier ces espèces microbiennes, de les cultiver pour à terme construire les assemblages microbiens pertinents pour améliorer la santé et l'efficacité digestive. L'objectif finalisé serait de contrôler l'implantation précoce des communautés de microbes intestinaux pour des effets santé et efficacité digestive chez leur hôte.
Sous l'autorité du responsable d'équipe, vous serez en charge de l'identification et de la culture des espèces microbiennes des microbiotes digestifs dont l'action sur l'hôte est avérée par les porteurs de projet de l'équipe.
Pour l'identification des microbes des communautés, vous serez amené-e à mettre en oeuvre les techniques de séquençage de dernière génération (long read) en partenariat avec la plateforme GeT PLAGE.
Afin d'isoler et de disposer de ces espèces d'intérêt, vous devrez optimiser les différents milieux de culture et méthodes de conservation.
Vous devrez également mettre en place un système de traçabilité par code barre pour assurer le suivi des réalisations et des échantillons.
Dans le cadre de votre travail, vous interagirez avec l'ensemble des porteurs de projet de l'équipe pour l'évaluation des effets des microbes et/ou consortia microbiens in vitro sur les modèles organoïdes existants dans l'équipe puis validation in vivo par inoculation chez le jeune animal en installation expérimentale locale.

Formations et compétences recherchées

Vous avez une formation en biologie, biochimie, biotechnologies. Une compétence en microbiologie serait un plus. Le poste nécessite une bonne pratique de l'anglais afin de pouvoir échanger avec les techniciens de maintenance des matériels dont vous aurez la charge.
Compétences :
- Utiliser des matériels d'analyse et d'expérimentation en biologie
- Utiliser les logiciels spécifiques à l'activité
- Rédiger des procédures techniques
- Encadrer
- Transmettre des connaissances
- Sens relationnel
- Sens de l'organisation
- Sens critique
Formation recommandée :
- Solide formation en biologie et microbiologie
- Connaissance en microbiologie moléculaire
- Connaissance en technique de séquençage serait un plus
- Réglementation en matière d'hygiène et de sécurité
- Cadre légal et déontologique
- Informatique appliquée
- Langue anglaise : B1 à B2 (cadre européen commun de référence pour les langues)

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.