Chargé-e de recherche en modélisation et assimilation de données pour les sciences du vivant

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité au sein de l'unité Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement (MaIAGE) située dans le centre de Jouy-En-Josas et l'Université Paris Saclay. L'unité comporte quatre équipes de recherche et une plateforme de bioinformatique. Vous rejoindrez l'équipe Dynenvie (9 permanents) qui développe des recherches en modélisation dynamique et en statistique pour les écosystèmes, l'épidémiologie et l'agronomie, avec un intérêt particulier pour les phénomènes dynamiques spatio-temporels intégrant des échelles allant de l'intra-hôte à la métapopulation. Ses travaux méthodologiques se déclinent selon trois axes : la modélisation pour ces phénomènes, le développement de méthodes d'inférence adaptées à l'hétérogénéité et la structure de dépendance des données collectées, et le développement de travaux originaux à l'interface de la modélisation et des statistiques. Vous vous intègrerez tout particulièrement dans les premier et le dernier axes.
La construction et l'estimation de paramètres pour des modèles dynamiques complexes, non linéaires de grande dimension, à partir de données expérimentales est un enjeu méthodologique fort, qui nécessite le développement d'une recherche à l'interface entre modélisation mécaniste, statistiques et apprentissage (y compris profond).
Vous êtes un.e spécialiste de la modélisation (EDO, EDP, modèles hybrides déterministes/ stochastiques) avec un fort intérêt pour l'analyse, l'estimation et l'intégration de données pour ces modèles. Vous contribuerez au développement de modèles dynamiques et de méthodes d'inférence et d'assimilation adaptées, dans un contexte de données souvent de grande dimension et hétérogènes. Le cadre conceptuel pourra être celui de l'estimation bayésienne, des approches à base de métamodèles (splines, processus gaussiens, réseaux de neurones profonds), combinées avec des résolutions de problèmes inverses ou de filtrage. Vous pourrez aussi contribuer au développement d'approches originales de prétraitement et réduction de données, en vue de leur assimilation dans des modèles. Enfin vous contribuerez à ou piloterez des projets à l'interface dans des domaines d'intérêt pour INRAE comme la microbiologie, l'épidémiologie ou l'agroécologie, en particulier pour participer au développement de jumeaux numériques.
Au sein de MaIAGE, vous serez en charge de :
- développer des méthodes originales permettant l'analyse, l'estimation et l'intégration de données pour des modèles dynamiques ;
- développer les algorithmes associés ;
- collaborer avec des chercheurs en modélisation, en science des données et d'autres disciplines (microbiologie, épidémiologie, agroécologie par exemple) ;
- suivre et contribuer aux évolutions de l'état de l'art dans votre domaine de spécialité.
Le contexte scientifique francilien est très dynamique. Vous prendrez part à cette dynamique, nouant des collaborations pertinentes pour construire votre projet de recherche. Vous développerez votre propre réseau de collaborations, nationales et internationales, nécessaires à votre projet de recherche.
A votre arrivée, vous participerez à des projets en cours dans votre équipe, par exemple un projet à l'interface avec la microbiologie ou un autre sur la thématique des jumeaux numériques en collaboration avec Inria. Vous serez force de proposition pour en construire de nouveaux, pertinents pour appuyer vos recherches. Vous développerez vos compétences en assimilation de données en vous investissant dans l'animation scientifique de l'interface entre modélisation et sciences des données dans l'équipe et plus largement dans l'unité.

Formations et compétences recherchées

Concours ouvert aux candidat-e-s titulaires d'un doctorat (ou équivalent). Une spécialisation en mathématiques appliquées, particulièrement en modélisation et calcul scientifique (EDO, EDP), est vivement recommandée.
Vous avez une acquis une expertise en assimilation de données ou estimation de paramètres (statistiques bayésiennes, méthodes à base de métamodèles comme le krigeage, les splines ou les réseaux de neurones, filtrage, problèmes inverses) et de très bonnes compétences en programmation. Vous faites preuve de curiosité scientifique, de capacité d'adaptation et de volonté d'ouverture à des travaux à l'interface entre modélisation et statistiques et modèles hybrides déterministes/stochastiques. Une appétence pour les applications et la recherche finalisée est fortement recommandée. Une capacité à échanger et construire avec des spécialistes des disciplines appliquées sera attendue.
Vous avez le goût du travail en équipe et un très bon relationnel. Vous faites preuve d'initiative, d'autonomie et d'un dynamisme certain.
La maîtrise de l'anglais est souhaitée ainsi qu'une expérience internationale de longue durée : les lauréat-e-s qui n'en auraient pas encore eue devront réaliser un séjour à l'étranger à l'issue de l'année de stage.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE

#LI-FG1

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats 2026 pdf - 3.59 Mo
2. Je note le numéro du profil CR26-MathNum-3
3. Je postule Espace d'inscription