Chargé-e de recherche en bio-informatique génomique spécialiste des génômes des plantes

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli.e dans l'Unité Mixte de Recherche IRHS (Institut de Recherche en Horticulture et Semences) regroupant 260 agents d'INRAE, de l'Université d'Angers et de l'Institut Agro-Rennes-Angers. Vous exercerez votre activité de recherche au sein de l'équipe VALEMA composée de 4 scientifiques (1 Maitre de Conférence, 1 Chargée de recherche et 2 Ingénieures), de 2 Technicien.nes et 2 PhD. Les membres de l'équipe, ainsi que leurs collaborateurs inter/nationaux, travaillent sur cette thématique novatrice sur plantes pérennes avec des approches aussi bien en bioinformatique qu'en génomique et des expérimentations en laboratoire et en vergers/serres.

Vous caractériserez la diversité génétique des génomes de plantes pérennes (modèle Malus) avec un focus particulier sur les Eléments Transposables (ET). L'exploitation des données génomiques vous conduira à proposer des hypothèses quant aux effets de l'insertion récente d'ET (naturelle ou provoquée en laboratoire) à proximité des gènes, en particulier sur leur niveau d'expression et de méthylation, et in fine sur l'évolution du phénotype des plantes en lien avec des stress abiotiques et biotiques. En parallèle, en exploitant des données générées à partir d'échantillons de pommiers sauvages, vous contribuerez à identifier et caractériser des sites d'insertion d'ET ayant conféré des avantages sélectifs dans des environnements contrastés. Enfin vous contribuerez à l'implémentation d'une nouvelle méthode d'amélioration variétale basée sur l'exploitation de ce mécanisme de transcription et d'insertion d'ET dans le but de contribuer activement à l'adaptation des variétés fruitières aux futures contraintes multistress lors de leur plantation au verger. En collaboration avec les autres membres de l'équipe de recherche, vous serez en charge de la réflexion et de l'écriture de projets de recherche, ainsi que de la planification des expérimentations et de leur mise en œuvre. Vous serez également chargé d'exploiter les données génomiques produites, via des outils bioinformatiques existants ou que vous développerez dans le cadre de votre recherche. Enfin vous serez chargé de l'interprétation des données et de la valorisation des résultats sous la forme de publications scientifiques et de présentations dans des colloques nationaux et internationaux. 

Cette thématique de recherche centrée sur l'impact des ET sur l'évolution du génome du pommier ayant déjà débuté dans l'équipe d'accueil, vous serez amené dans un premier temps à contextualiser les résultats acquis ces dernières années. Vous serez dans un second temps amené à développer des approches conduisant à l'induction de la transcription des ET dans des milieux contrôlés de type in vitro dans le but de pouvoir multiplier à la fois les types de stress et combinaisons de stress à investiguer, mais aussi dans l'objectif d'augmenter la probabilité d'obtenir des plants dont les néo-insertions d'ET auront conduit à l'émergence de nouveaux phénotypes. En utilisant des approches de type pan-génomiques, vous aurez également à développer des connaissances sur la diversité en ET dans les populations sauvages et cultivées de pommier, cette source de diversité génétique n'ayant pour l'instant jamais fait l'objet d'investigations. L'ensemble de ces recherches contribuera à la fois à augmenter nos connaissances fondamentales sur le rôle des ET sur l'adaptation des plantes et l'expression de leurs caractères, mais aussi à développer une nouvelle stratégie d'amélioration des plantes pérennes qui contribuera à améliorer la résilience des cultures.

Formations et compétences recherchées

Doctorat en bioinformatique appliqué à la génomique des plantes. Connaissances souhaitées en évolution des génomes des plantes 
Vous devrez avoir de fortes compétences en génomique (génomique comparative, génomique structurale et génomique évolutive) et en bioinformatique. Vous serez amené à manipuler de très grands jeux de données génomique sous la forme de séquences de génomes. Étant donné la particularité des séquences d'ET, une expérience en analyses de ce type de séquences est souhaitée. 
Vous devrez avoir de bonnes aptitudes au travail en équipe et afin de contribuez à son esprit collectif de par votre créativité, votre sens de l'innovation et la formulation d'objectifs communs.
La maîtrise de l'anglais est attendue, une expérience internationale est souhaitable.

Votre futur poste expliqué en vidéo


 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE