Ingénieur-e en analyses biostatistiques et bioinformatiques

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Le poste s'intègre dans l'Unité mixte de recherche (UMR0454) Microbiologie, Environnement Digestif, Santé (MEDIS) du centre INRAE Clermont-Auvergne-Rhône-Alpes (CARA). L'UMR est composée d'une soixantaine d'agents (titulaires et non-titulaires) répartis sur deux sites, (i) Theix (affectation principale), et (ii) le site de Dunant (Université Clermont Auvergne, faculté de médecine/pharmacie).
En mission principale, vous aurez en charge l'analyse de données omiques issues des travaux de recherche de l'unité. Vous interviendrez notamment sur des projets de séquençage massif en (méta)génomique et (méta)transcriptomique ayant des objectifs de caractérisation des microbiotes (structures et fonctions) humains, d'animaux (ruminants, rongeurs) et des matrices alimentaires dans les contextes d'études en intersection avec les axes de recherche MEDIS, principalement PAZ et FM2D. Vous interviendrez également sur l'analyse et le traitement des données de (méta)protéomique et métabolomique en lien avec la caractérisation fonctionnelle des microbiotes ou de bactéries isolées. Il s'agira de développer et mettre en oeuvre des pipelines d'analyses bioinformatiques et biostatistiques de données génomiques, protéogénomiques, transcriptomiques et protéomiques pour l'interprétation des données. En coordination avec les biologistes du laboratoire, vous apporterez votre expertise dans la mise en place des plans d'expérience, la mise en forme et le stockage des données, ainsi que leur traitement bioinformatique et biostatistique.
Vous participerez aux traitements biostatistiques et bioinformatiques de données omiques, à leur analyse et à leur exploitation, en particulier des données de génomiques et métagénomiques microbiennes, ainsi que de transcriptomiques et protéomiques. Il s'agira notamment de participer au traitement des données de séquençage ADN pour des analyses comparatives à des bases de données (agents zoonotiques, facteurs de virulence et de colonisation, voies métaboliques, résistances aux antibiotiques) par plusieurs méthodes statistiques pour évaluer la validité des résultats sous la supervision d'un chargé de recherche écologiste microbien et bioinformaticien. Vous serez associé à des travaux de recherche dans les domaines des zoonoses, écologie microbienne, génomique bactérienne et évolutive, de la sécurité alimentaire et de la santé humaine. Vous aurez en charge la gestion de données de séquençages de nouvelle génération (NGS) (e.g. PacBio, Nanopore, Illumina) notamment dans le cadre d'analyses de génomes bactériens (dont le méthylome), métataxonomiques (16S metabarcoding) et métagénomique (shotgun sequencing). Il s'agira de traiter les données de séquencage, de les analyser statistiquement, d'interpréter et de rendre les résultats. Vous travaillerez sous un environnement bash, Linux, Galaxy. Certaines données seront traitées sur des logiciels liés au langage de programmation R et sur des serveurs externes (mésocentre, plateforme MIGALE), voire à déployer des outils.

Déplacements éventuels. Obligation de respecter le secret statistique ou professionnel dans le cadre législatif existant.

Formations et compétences recherchées

Techniques (bio-)statistiques et (bio-)informatiques de collecte et de traitement de données
Langages de programmation (R, idéalement Perl ou Python)
Systèmes de gestion de base de données
Contrôler la qualité des données

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez  :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Ce poste est à pourvoir par voie de concours internes

Ces concours sont ouverts aux agents (fonctionnaires et contractuels en CDD/CDI) des 3 versants de la fonction publique (État, territoriale, hospitalière), des établissements publics qui en dépendent, aux militaires, aux magistrats, aux agents en fonction dans une organisation internationale intergouvernementale ou qui justifient d’une durée de services accomplis dans une administration, un organisme ou un établissement d’un État membre de la Communauté européenne ou d’un État partie à l’accord sur l’Espace économique européen.

Les candidats doivent être :
- en fonction à la date de clôture des inscriptions ;
- et remplir les conditions d'ancienneté requises (voir guide des candidats).