Développeur-se d'outils d'analyse et de prédiction

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l'unité mixte de recherche INRAE/AgroParisTech Génétique animale et biologie intégrative (GABI), dont les recherches visent à comprendre et exploiter la variabilité génétique des animaux pour analyser la construction des phénotypes d'intérêt en élevage, les interactions avec les écosystèmes microbiens et l'environnement au sens large, dans un contexte de transition agroécologique.
L'unité GABI compte environ 115 permanents. Elle est implantée sur le centre INRAE de Jouy-en-Josas, situé à 20 km environ au Sud-Ouest de Paris. L'unité s'appuie sur un réseau de partenariat développé, avec les organismes professionnels de l'élevage, des centres de ressources, des plateformes technologiques et des unités expérimentales. GABI est rattachée à l'Université Paris-Saclay et est membre de l'Institut Sciences Animales Paris-Saclay.
Vous rejoindrez l'équipe Génétique pour la durabilité de l'élevage bovin (GBOS), l'une des 7 équipes de GABI, dont les recherches visent à contribuer à la durabilité de la production bovine dans ses dimensions économiques, sociétales et environnementales. Pour atteindre ces objectifs, des informations phénotypiques et biologiques, de plus en plus fines et abondantes, sont accessibles et se révèlent être des outils essentiels pour comprendre le déterminisme génétique des caractères offrant des opportunités pour améliorer les méthodes de prédiction génomique. L'équipe s'appuie sur des informations collectées à très grande échelle en élevages commerciaux, dans des réseaux de fermes, ainsi qu'en élevage expérimental INRAE. L'équipe héberge également une unité mixte technologique associant INRAE à Idele et Eliance.
Vous aurez pour mission d'identifier et vous approprier les outils/logiciels existants et de développer les outils manquants permettant d'intégrer les nouvelles données génomiques dans l'analyse du déterminisme génétique des caractères et l'évaluation génomique des populations à des fins de recherche. Disposer de bons outils/logiciels utilisables à grande échelle pour l'estimation des interactions génotype x milieu et pour intégrer l'information de l'annotation des variants, du microbiote et des méthylations seront les deux premières priorités. A votre arrivée, vous aurez à votre disposition les données de marques de méthylation acquises en masse via une puce d'épigénotypage dans le cadre du projet européen H2020 RUMIGEN. Vous aurez à charge d'implémenter une évaluation génomique prenant en compte les informations issues de cette puce et d'évaluer l'apport de ces données sur la précision des prédictions génomiques.
Vous collaborerez avec les 13 chercheurs et 4 cadres techniques de l'équipe couvrant des activités diversifiées allant de l'analyse du génome à l'étude de la variabilité génétique des caractères ainsi que la gestion des populations.

Formations et compétences recherchées

Vous avez de solides compétences en génétique quantitative théorique et/ou en génétique statistique et en développement logiciel dans un langage informatique (C, fortran...) ou avec des logiciels statistiques (R, SAS, ...). Une bonne connaissance des approches méthodologiques actuelles (modèle linéaire mixte) pour estimer les paramètres génétiques des caractères et réaliser des analyses d'association ou des évaluations génomiques est indispensable. De bonnes aptitudes à s'insérer dans des collectifs (équipes, groupes de travail) et à interagir avec des partenaires sont importantes. Une maitrise de la langue anglaise est recommandée.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez  :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Ce poste est à pourvoir par voie de concours internes

Ces concours sont ouverts aux agents (fonctionnaires et contractuels en CDD/CDI) des 3 versants de la fonction publique (État, territoriale, hospitalière), des établissements publics qui en dépendent, aux militaires, aux magistrats, aux agents en fonction dans une organisation internationale intergouvernementale ou qui justifient d’une durée de services accomplis dans une administration, un organisme ou un établissement d’un État membre de la Communauté européenne ou d’un État partie à l’accord sur l’Espace économique européen.

Les candidats doivent être :
- en fonction à la date de clôture des inscriptions ;
- et remplir les conditions d'ancienneté requises (voir guide des candidats).

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats pdf - 2.24 MB
2. Je note le numéro du profil IR25-GA-2
3. Je m'inscris Inscription