Ingénieur-e en ingénierie logicielle

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Le domaine d'activité historique du LABoratoire d'Etude des Résidus et Contaminants dans les Aliments (LABERCA) est celui de la sécurité chimique des aliments, dans une démarche globale et intégrée de caractérisation des expositions, depuis l'agrofourniture jusqu'à l'Homme et sa descendance. L'UMR s'attache ainsi à caractériser à la fois l'exposition externe (alimentaire) du consommateur et son exposition interne (indicateur d'imprégnation) au regard des mêmes paramètres, de leurs métabolites dans les fluides et tissus biologiques. L'UMR contribue également à la caractérisation des dangers, en particulier pour les substances perturbatrices du système endocrinien, par la génération de marqueurs d'effets relatifs au métabolome. Elle étudie enfin le lien entre exposition chronique à ces substances chimiques et santé humaine. L'UMR est partie prenante dans plusieurs mouvements structurants au niveau régional (Biogenouest), national (infrastructures de recherche France-Exposome et MétaboHub), européen (infrastructure de recherche ESFRI EIRENE, Horizon Europe PARC, Horizon Europe ICEBERG, DN Marie Curie MOBILITRAIN), et international (LIA INRAE/Oniris/McGill), contribuant à un changement d'échelle des besoins dans ce domaine de l'exposomique.
Ce changement d'échelle est également induit par les nouvelles approches de profilage chimique non ciblée et à large échelle (suspect et non-targeted screening). Les grands volumes de données générées par ces approches imposent aujourd'hui une approche semi-automatisée basée sur des ressources bio-informatiques avancées pour un traitement à la hauteur des attentes. Plus précisément, de tels outils bio-informatiques sont requis pour passer des données brutes aux données annotées, pour attribuer une structure puis une identité chimique aux signaux détectés. Si plusieurs outils de traitement des données de ce type sont aujourd'hui disponibles, aucun n'intègre l'intégralité des événements nécessaires depuis la donnée brute jusqu'à l'établissement d'un rapport de résultats interprétables. Ceci justifie un travail de fond visant à bâtir un socle robuste et in fine un outil qui diffusera au sein de la communauté internationale. Ce besoin en compétences bio-informatiques expertes et pérennes représente indubitablement l'une des pierres angulaires de notre projet. L'atteinte des objectifs affichés dans nos projets de recherche (e.g. FRM, ANR, Horizon Europe) et la réussite des structurations à l'échelle française et européenne dans lesquelles nous nous sommes engagés seront aussi conditionnés par l'intégration d'un profil de bio-informaticien dans l'équipe.
Vous interviendrez principalement en appui des plateformes du LABERCA en charge de la génération de données de type suspect et non-targeted screening (marqueurs d'exposition et marqueurs d'effet) via la mise en place d'un workflow de traitement complet des données depuis leur version brute jusqu'à leur version annotée et interprétable. Vous vous baserez pour cela sur un ensemble de ressources pour partie existantes (développées au sein de l'unité, e.g. logiciel Haloseeker, ou disponibles au sein de la communauté, e.g. Galaxy, bases de données) pour consolider un outil agrégeant les différentes sous-composantes associées à ce travail d'annotation des données omiques. Vous ferez évoluer cet outil en fonction des évolutions technologiques de l'instrumentation (spectrométrie de masse haute résolution, mobilité ionique), des spécificités des différentes applications/projets conduits au sein du LABERCA et en fonction des attendus des partenaires internes/externes.Le nombre de projets et d'échantillons à analyser est en croissance constante et vous devrez prendre en compte ces changements d'échelle dans les solutions informatiques mises en oeuvre. Vous vous assurerez également des nécessaires points d'harmonisation relatifs à ces développements et mises en oeuvre au regard des dynamiques et des standards dans ce domaine au niveau international

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste.

Pas de conditions particulières d'exercice si ce n'est celles afférant à une structure sous Management de la Qualité et assujettie aux exigences des référentielles ISO liées à ses activités.

Formations et compétences recherchées

Vous avez une formation d'ingénieur en bio-informatique et a minima une expérience dans le domaine de la programmation. Une expérience dans le domaine de la bio-informatique appliquée à la bio-analyse et idéalement au traitement de données omiques serait appréciée. Votre curiosité scientifique et technique sera un atout pour ce poste.
Maîtrise des langages R ou Python pour le traitement et l'analyse de données.
EXPERIENCES :
- développement et maintenance de scripts et packages
- outils de gestion de code (GitLab, GitHub)
CONNAISSANCES :
- workflows automatisés de traitement de données (Galaxy,..)
- infrastructure et gestion de serveurs (déploiement, administration de workflows (serveurs, machines virtuelles,..),la virtualisation, conteneurisation (Conda, Docker,..)
- création et gestion de base de données (SQLite,..)
- outils et méthodes statistiques de base
- bonnes pratiques de développement logiciel (CI/CD, documentation)
- exigences RGPD, FAIR

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez  :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Ce poste est à pourvoir par voie de concours internes

Ces concours sont ouverts aux agents (fonctionnaires et contractuels en CDD/CDI) des 3 versants de la fonction publique (État, territoriale, hospitalière), des établissements publics qui en dépendent, aux militaires, aux magistrats, aux agents en fonction dans une organisation internationale intergouvernementale ou qui justifient d’une durée de services accomplis dans une administration, un organisme ou un établissement d’un État membre de la Communauté européenne ou d’un État partie à l’accord sur l’Espace économique européen.

Les candidats doivent être :
- en fonction à la date de clôture des inscriptions ;
- et remplir les conditions d'ancienneté requises (voir guide des candidats).

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats pdf - 2.24 MB
2. Je note le numéro du profil IE25-ALIMH-2
3. Je m'inscris Inscription