Ingénieur-e en modélisation des systèmes limniques

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L’unité mixte de recherche (UMR) CARRTEL coordonne l’infrastructure OLA (Observation au long terme et expérimentation sur les écosystèmes Lacustres). Cette infrastructure fournit un support essentiel aux recherches en limnologie pour comprendre l’évolution et le fonctionnement des lacs soumis aux pressions locales et climatiques. Les données à long terme (indicateurs physiques-chimiques-biologiques variés) fournies par OLA sont organisées dans un système d’information (SI) de type Open data. De nombreuses activités de recherche en limnologie mobilisent ce dispositif et les données bancarisées. La pérennité de ce SI mais aussi l’accroissement de la valorisation des données de OLA sont une priorité de l’unité CARRTEL.  
Dans ce contexte, l’unité CARRTEL se doit de : 
1) maintenir sa capacité à alimenter le SI OLA et accompagner ses évolutions, 
2) être en capacité d’accueillir un nombre croissant de données (multi lacs et données haute fréquence) et accroitre l’interopérabilité des données, 
3) accroitre la valorisation des données bancarisées par de nouvelles approches mobilisant des outils d’analyses pour de grands jeux de données et des outils de modélisation existants (modélisations numériques et statistiques). 
Il s’agit pour vous d’accompagner les scientifiques dans l’utilisation d’outils d’analyses des données (données du SI OLA ou autres données lacustres) et dans l’implémentation de modèles pour diverses questions écologiques relatives aux processus physico-chimiques et biologiques en lacs (ex. modélisation du cycle du carbone, du régime thermique des lacs et de leur dynamique écologique).

Vous participerez d’une part à la gestion du SI OLA et à son évolution (sous forme de modification de fichiers de configuration) et assurerez avec les scientifiques de l’unité l’intégration des données dans le SI. Vous serez donc en charge du lien avec la cellule référente des SI INRAE pilotant le développement des SI. 
Certaines approches nécessiteront de mettre en place des procédures de stockage de données et de calculs à réaliser sur des calculateurs à distance (HPC). Vous devrez maîtriser le concept de SI et du cycle de vie des données mais aussi des méthodes applicables à la modélisation : maitrise des outils de programmation (e.g. Python, C++, SQL, R), et analyses de données.
D’autre part, vous participerez : 
- à l’analyse de ces données lacustres, y compris en intégrant des approches de machine learning si pertinent, 
- à leur intégration dans des modèles numériques existants concernant le fonctionnement des lacs. 
L’agent contribuera aux exercices d’exploration des données limnologiques et de simulations numériques, de manière encadrée par les chercheurs concernés. 

Avec votre aide, l’unité cherchera plus particulièrement à se positionner dans trois domaines : 
1) l’intégration disciplinaire en s’appuyant sur les modèles et les expertises de l’unité centrées sur les différents compartiments des lacs (i.e. pélagique, benthique, littoral), 
2) le couplage des échelles temporelles, particulièrement les échelles de temps long en lien avec les suivis de l’observatoire, les données paléolimnologiques et les scénarios climatiques futurs, 
3) l’ouverture vers des outils de type machine learning (analyse de réseaux) potentiellement pertinents pour explorer l’évolution des systèmes biologiques sous l’effet des pressions environnementales, et/ou, l’ouverture vers des approches de modélisation 3D pour intégrer des processus spatialisés s’opérant dans les lacs. 

De nombreuses interactions sont donc à prévoir avec les chercheurs de l’unité pour participer à la validation des données et leur gestion dans le SI, les analyser et alimenter les modèles utilisés (ou nouvellement utilisables pour les lacs). 

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste.

Formations et compétences recherchées

Globalement de solides compétences souhaitées en gestion de données, simulation et statistiques, avec un intérêt (voire des connaissances) pour les systèmes biologiques et milieux naturels.
- La maitrise d'au moins un langage de programmation et une familiarité avec des plateformes de calcul, stockage et bases de données sont nécessaires.
- Connaissances en programmation Python, C++, javascript et outils d'assimilation de données ;
- Maîtrise d'un ou plusieurs outils logiciels : R, MatLab, et outils de calibration de modèle ;
- Connaissance de SGBDR (Postgresql en particulier) et notion de NoSQL ;
- Maitrise de SQL ;
- Bagage scientifique en science de la vie ou de la terre, ou hydrodynamique ou chimie des milieux aquatiques ;
- Connaissances en méthodes d'apprentissage automatique et/ou d'assimilation de données appréciées ;
- Maîtrise de l'anglais ;
- Capacité à contribuer à la diffusion des résultats ;
- Capacités d'initiatives, d'organisation et de gestion ;
- Une bonne aptitude au travail en équipe pluridisciplinaire est essentielle.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez  :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Ce poste est à pourvoir par voie de concours internes

Ces concours sont ouverts aux agents (fonctionnaires et contractuels en CDD/CDI) des 3 versants de la fonction publique (État, territoriale, hospitalière), des établissements publics qui en dépendent, aux militaires, aux magistrats, aux agents en fonction dans une organisation internationale intergouvernementale ou qui justifient d’une durée de services accomplis dans une administration, un organisme ou un établissement d’un État membre de la Communauté européenne ou d’un État partie à l’accord sur l’Espace économique européen.

Les candidats doivent être :
- en fonction à la date de clôture des inscriptions ;
- et remplir les conditions d'ancienneté requises (voir guide des candidats).