Assistant-e ingénieur-e en bioinformatique

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l'unité mixte de recherche (UMR0454) Microbiologie, environnement digestif, santé (MEDIS) du centre INRAE Clermont-Auvergne-Rhône-Alpes (CARA). L'Unité mixte de recherche (UMR) est composée d'une soixantaine d'agents (titulaires et non-titulaires) répartis sur deux sites, (i) Theix (affectation principale), et (ii) le site de Dunant (Université Clermont Auvergne, faculté de médecine/pharmacie).

En mission principale, vous participerez aux traitements biostatistiques et bioinformatiques de données omiques, à leur analyse et à leur exploitation, en particulier des données de génomiques et méta-génomiques microbiennes, ainsi que de transcriptomiques et protéomiques. Il s'agira notamment de participer au traitement des données de séquençage ADN/ARN pour des analyses comparatives à des bases de données (agents zoonotiques, facteurs de virulence et de colonisation, voies métaboliques, résistances aux antibiotiques) par plusieurs méthodes statistiques pour évaluer la validité des résultats sous la supervision d'un chargé de recherche (CR) écologiste microbien et bioinformaticien. Vous serez associé-e à des travaux de recherche dans les domaines des zoonoses, de la sécurité alimentaire et de la santé humaine. Vous aurez en charge la gestion des données séquençages de nouvelle génération (NGS), et participerez au traitement, l'analyse statistique et le rendu des résultats. Vous aurez à travailler sous un environnement Linux, Galaxy, à traiter certaines données sur des logiciels liés au langage de programmation R, à travailler sur des serveurs externes (mésocentre, plateforme MIGALE), voire à déployer des outils.

En mission complémentaire transversale, vous participerez à la maintenance et la gestion des équipements informatiques de l'UMR (site de Theix et de Dunant) et collaborerez avec des personnes ressources en informatique (PRI) et informaticiens de proximité du Pôle Informatique Mutualisé (PIM) sur le site de Theix (INRAE CARA) ; ce collectif assure la maintenance, support et soutien informatique de proximité en intervenant auprès d'autres unités du centre INRAE CARA (12 Unités à ce jour).

Outre le directeur d'unité (DU) et le PIM, vous serez également en lien avec le réseau des référents de données opérationnelles du département MICA.

La réussite à ce concours vaut qualification informatique. Le poste ouvre droit à une prime informatique en qualité d'analyste.

Déplacements éventuels.

Formations et compétences recherchées

Langages de programmation (notion de base) ;
Systèmes de gestion de base de données ;
Techniques statistiques et informatiques de collecte et de traitement de données ;
Contrôler la qualité des données ;
Capacité d'adaptation ;
Curiosité intellectuelle ;
Respect du secret statistique ou professionnel dans le cadre législatif existant ;
Permis B vivement recommandé.
Le poste nécessité la maîtrise de la langue anglaise (oral et écrit).

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez  :

-  jusqu'à 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Ce poste est à pourvoir par voie de concours internes

Ces concours sont ouverts aux agents (fonctionnaires et contractuels en CDD/CDI) des 3 versants de la fonction publique (État, territoriale, hospitalière), des établissements publics qui en dépendent, aux militaires, aux magistrats, aux agents en fonction dans une organisation internationale intergouvernementale ou qui justifient d’une durée de services accomplis dans une administration, un organisme ou un établissement d’un État membre de la Communauté européenne ou d’un État partie à l’accord sur l’Espace économique européen.

Les candidats doivent être :
- en fonction à la date de clôture des inscriptions ;
- et remplir les conditions d'ancienneté requises (voir guide des candidats).