Chargé-e de recherche en physio-pathologie végétale pour l'étude de la sensibilité des plantes aux champignons

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous intégrerez l'unité BIOGER (Biologie et gestion des champignons phytopathogènes ; 44 membres permanents, une trentaine de non-permanents), une unité de référence pour l'étude des maladies aériennes des plantes de grande culture et l'analyse fonctionnelle des déterminants de la pathogenèse fongique. Vous exercerez votre activité au sein de l'équipe ‘Effecteurs et Pathogenèse chez Leptosphaeria maculans' (EPLM), composée de 4 chercheurs aux compétences complémentaires en génétique, épigénomique, métagénomique, phytopathologie et génomique fonctionnelle fongique, et 4 ITA apportant des appuis en biochimie, microbiologie, génotypage et épidémiosurveillance.
Vous bénéficierez du soutien des plateaux de cytologie et de bio-informatique, des chambres climatisées, phytotrons et laboratoires L3, et de l'ensemble des appuis techniques communs (serres, laverie, …). Vous interagirez avec les collègues de l'unité étudiant d'autres agents pathogènes des Brassicacées. BIOGER étant intégrée à l'EUR Saclay Plant Sciences, vous bénéficierez en proximité immédiate de l'expertise en biologie végétale et des plateformes de l'EUR pour explorer les fonctions des gènes/réseaux identifiés.
Vous exercerez votre activité de recherche au sein de l'équipe EPLM, qui travaille sur l'interaction Leptosphaeria maculans / colza, et a mis en évidence l'existence de familles protéiques et structurales d'effecteurs fongiques conservées entre champignons phytopathogènes. Cette découverte ouvre un nouveau front de science en permettant la recherche de cibles végétales communes à éliminer ou modifier pour obtenir une tolérance multi-maladies. Sur ces bases, vous développerez un programme de recherche visant à identifier des facteurs de sensibilité aux maladies fongiques chez les Brassicacées, en analysant les interactions moléculaires plantes/effecteurs protéiques, avec un focus sur les familles d'effecteurs conservées entre champignons pathogènes (dont L. maculans et Colletotrichum higginsianum), et en étudiant les réponses des plantes à l'infection. Vous contribuerez, grâce à votre expertise en biologie / physiologie végétale et vos connaissances des interactions plantes / agents pathogènes, à caractériser le mode d'action des effecteurs fongiques conservés et à identifier des variants alléliques de leurs cibles végétales conférant une meilleure tolérance à l'infection.
Votre connaissance de la biologie végétale et des mécanismes de défense des plantes vous permettra de développer un projet de recherche en physiologie des interactions plante-pathogène focalisé sur la manipulation de la plante par le champignon au cours de l'infection. Dans ce but, vous utiliserez des approches de génomique fonctionnelle visant à identifier les cibles végétales des effecteurs fongiques protéiques conservés entre champignons phytopathogènes ainsi que les processus cellulaires manipulés. Vous utiliserez des cribles permettant l'identification de cibles d'effecteurs fongiques chez différentes espèces de Brassicacées pour lesquelles les génomes, transcriptomes et protéomes sont disponibles (approches de double-hybride dans la levure, d'immunoprécipitation, d'affinité in vitro etc.). Le colza constituera le modèle d'étude principal. Pour L. maculans, vous pourrez également vous appuyer sur des données transcriptomiques générées au cours de l'infection de plantes sensibles, présentant une résistance totale ou quantitative, ou non hôte, et dans des conditions de présence ou absence d'effecteurs.
Vous sélectionnerez les cibles les plus pertinentes à étudier, les validerez par des approches génomiques (recherche de variants alléliques dans les génomes disponibles), moléculaires (génération et analyse de mutants, en partenariat ou sous-traitance, ou utilisation de collections de mutants déjà disponibles), cytologiques (BiFC, colocalisation) et biochimiques. Vous pourrez vous appuyer sur des collaborations déjà engagées avec des laboratoires spécialistes des interactions moléculaires plantes / champignons pathogènes (I2BC, IPS2, IGEPP, PHIM, CBS, France ; Universités d'Amsterdam et de Wageningen, Pays Bas ; Université de Melbourne, Australie ; Massey University, Nouvelle Zélande), ainsi que sur des partenariats avec des sélectionneurs de la filière colza et l'institut interprofessionnel Terres Inovia.

Formations et compétences recherchées

Vous êtes titulaire d'un doctorat / PhD en biologie / physiologie végétale appliquée aux interactions plantes - microorganismes. 
Une expertise en biologie / physiologie végétale et une connaissance des interactions plantes / micro-organismes sont indispensables. Une expertise en génomique fonctionnelle est recommandée.
Enfin, des connaissances en biologie cellulaire végétale seraient appréciées.

Votre futur poste expliqué en vidéo

 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats 2026 pdf - 3.59 Mo
2. Je note le numéro du profil CR26-SPE-6
3. Je postule Espace d'inscription