Chargé-e de recherche en microbiologie de l'agressivité bactérienne chez les plantes

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité de recherche à l'Institut de Recherche en Horticulture et Semences (UMR INRAE/Institut Agro/Univ Angers), dédié à l'étude de la qualité et de la santé des plantes et semences. Vous intégrerez l'équipe ResPom (résistance du pommier aux bioagresseurs) composée de pathologistes, généticiens et écophysiologistes (7 scientifiques INRAE des départements SPE, BAP et AES et 5 enseignants-chercheurs), et plus largement le groupe opérationnel « BONUS-MALUS » composé de 7 autres équipes/plateformes de l'IRHS et de l'Unité Expérimentale Horticole, fédérées autour de la qualité et de la santé du pommier et regroupant des expertises en (épi) génétique, microbiologie, biologie moléculaire, phénotypage haut-débit, bioinformatique et conduite du verger. Vous aurez à disposition toutes les infrastructures locales nécessaires au développement de votre programme de recherche (laboratoires L2 et serres S2/3, plateformes de phénotypage, génomique et serveurs de calcul).
Les moyens de lutte contre les phytobactérioses sont limités et d'un ratio coût/efficacité souvent défavorable. Mobiliser les défenses de l'hôte par des moyens divers (stimulateurs de défense des plantes, génétique) est une stratégie prometteuse mais nos recherches sur le modèle Erwinia amylovora (Ea)/pommier (feu bactérien) montrent qu'elle ne limite pas systématiquement l'agressivité de la bactérie dans certaines conditions de culture qui favorisent probablement des facteurs de sensibilité (ou d'accueil) chez la plante. A ceci s'ajoute une variabilité d'agressivité inter-souches, malgré l'uniformité génétique quasi-clonale d'Ea. Votre mission principale sera d'identifier les déterminants bactériens responsables de cette agressivité variable d'Ea et de comprendre leur régulation dans un contexte d'interaction avec la plante placée dans des environnements variés.
Pour cela :
- Vous intégrerez les connaissances acquises sur le pathosystème pour formaliser et adresser des questions de recherche.
- Vos travaux contribueront à conforter le positionnement central de l'équipe, et plus largement de l'unité, sur l'immunité du pommier.
- Vous exercerez les missions génériques attendues pour un.e Chargé.e de Recherches (production, valorisation et diffusion des connaissances, définition de collaborations, encadrement et formation à/par la recherche, recherche de financements).
Les facteurs clés du pouvoir pathogène d'Ea et les étapes de la colonisation du pommier sont identifiés, mais les déterminants bactériens du niveau d'agressivité et leur régulation in planta restent mal connus. Vous serez en charge de leur identification et de leur caractérisation en vous basant à la fois sur une diversité de souches, des conditions de culture de l'hôte contrastées et à plus long terme une diversité génétique de l'hôte.
Vous vous focaliserez dans un premier temps sur un seul génotype hôte et vous vous intéresserez particulièrement aux étapes infectieuses susceptibles d'exercer un effet ‘goulet d'étranglement' sur la bactérie, au cours de sa progression dans la plante. Pour initier votre projet, vous vous baserez sur les résultats et designs expérimentaux de l'équipe révélant des comportements variables d'Ea en terme de capacité à coloniser les tissus. Pour identifier les déterminants d'agressivité et leur régulation, vous utiliserez des approches de génétique inverse et de transcriptomique en exploitant vos compétences en génétique bactérienne et pathologie végétale. Vous explorerez la régulation épigénétique de la plasticité phénotypique bactérienne en développant des collaborations avec le Centre INRAE de Toulouse.
En interaction avec les végétalistes de l'équipe, vous construirez un projet visant à identifier les facteurs de sensibilité végétaux favorisant l'agressivité bactérienne. Ces travaux abordant le front de science de l'agressivité nutritionnelle serviront, en collaboration avec des modélisateurs, à définir les réseaux biologiques bactériens de l'infection. A plus long terme et en collaboration avec les généticiens de l'équipe, vous ferez évoluer ces connaissances vers plus de généricité en étudiant l'effet des traits d'agressivité identifiés sur une gamme de génotypes de pommier de sensibilité différentielle au feu bactérien.
Des expérimentations sous serre en confinement S2/S3 sont à prévoir, impliquant des produits phytosanitaires.

Formations et compétences recherchées

Doctorat en microbiologie, spécialité phytopathologie. Le CertiPhyto niveau décideur sera nécessaire mais pourra être acquis après le recrutement.
Vous aurez des connaissance en physiologie et génétique bactérienne, dans les interactions plante-bactérie phytopathogène. Vous aurez des notions en immunité végétale (qui seront ensuite développées au contact des membres de l'équipe) et en analyse bioinformatique et statistique de données.
Il sera apprécié que vous ayez une expérience en design et exploitation d'une banque de mutants, en acquisition et exploitation de données omiques, éventuellement en intégration de données multi-omiques. Enfin, des expériences en reconstruction de réseaux métaboliques et en épigénétique bactérienne seront utiles.
Vous avez la capacité à analyser des jeux de données, des aptitudes pour la conception et le suivi d'expérimentations en serres et in vitro. Vous appréciez le travail collaboratif et l'encadrement d'étudiants ; vous avez la capacité à communiquer et à participer à des groupes de travail ; et un esprit de synthèse. Enfin, des capacités avérées de rédaction scientifique sont nécessaires.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE

#LI-FG1

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats 2026 pdf - 3.59 Mo
2. Je note le numéro du profil CR26-SPE-2
3. Je postule Espace d'inscription