Chargé-e de recherche interactions microbiote-hôte, importance de l'équilibre protéolytique en santé

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité de chercheur permanent dans l'unité Micalis, composée de 22 équipes, qui a pour objectif de développer des recherches novatrices dans le champ de la Microbiologie de l'Alimentation au service de la Santé.
Le poste est à pourvoir au sein de l'équipe MIHA (Interactions du Microbiote avec l'Homme et l'Animal), qui s'intéresse à l'étude des interactions entre le microbiote intestinal et son hôte et à leur rôle dans l'inflammation digestive.
L'équipe est composée de deux directeurs de recherche INRAE permanents, de 2 enseignants chercheurs Oniris et de personnels d'appui. Miha a redéfini son projet de recherche autour de l'homéostasie protéolytique intestinale en condition d'inflammation digestive avec des ouvertures qui pourront être saisies par le(la) lauréat(e) du concours pour construire son propre positionnement de recherche sur des questions concernant les relations entre alimentation et équilibre protéolytique ou encore l'importance de cet équilibre dans d'autres pathologies chroniques impliquant un déséquilibre des relations hôte-microbiome. L'équipe est impliquée dans des projets nationaux et internationaux avec des partenaires publics et privés.
Vous réaliserez vos activités de recherche dans les locaux de MICALIS qui sont classés en Zone à Régime Restrictif (ZRR), ce qui impose une autorisation à exercer au préalable par le Haut Fonctionnaire Sécurité Défense.
Vous contribuerez aux travaux de l'équipe sur l'homéostasie protéolytique intestinale visant à comprendre les modes d'action des protéases et anti-protéases microbiennes et alimentaires sur l'holobionte/la santé intestinale, une question d'intérêt au vu des résultats obtenus en modèles pré-cliniques dont les mécanismes restent à élucider. Vous serez en charge de construire les réponses à 2 questions scientifiques : 1/ quel est l'impact des protéases microbiennes impliquées dans les Maladies Inflammatoires Chroniques de l'Intestin (MICI) sur l'holobionte (homme+microbiome)? et 2/ quels aliments peuvent contribuer à réduire l'inflammation intestinale en rééquilibrant la symbiose homme-microbiome?
Vous determinerez avec les modèles précliniques in vitro et in vivo et les approches omiques appropriés les réponses de l'hôte à i) des protéases microbiennes induissant l'inflammation pour identifier les voies de signalisation activées et ii) des antiprotéases microbiennes et alimentaires afin de caractériser leurs effets sur ces voies.
Vous assurerez le pilotage de projets existants dans ce domaine et l'encadrement du personnel affecté à ces projets, prendrez progressivement en charge la rédaction de projets dans ce domaine et des publications associées. Vous contribuerez aux collaborations internationales en cours et veillerez à leur efficacité. Vous contribuerez aux échanges sur les orientations stratégiques et serez force de propositions pour les évolutions scientifiques.
Vous serez en charge de développer une thématique de recherche visant à répondre dans un premier temps à deux questions de recherches (cf missions) au sein de l'unité Micalis et de l'équipe MIHA avec toutes les activités attendues d'un chargé de recherche : veille scientifique, encadrement, pilotage de tâche(s) / workpackage(s) dans le cadre de projets, collaborations, intégration et développement de réseaux, rédaction de rapports, de publications et de réponses à appel à projets, contribution à l'animation scientifique de l'équipe, participation et contribution à l'organisation d'événements scientifiques, renforcer la visibilité de l'équipe, faire évoluer les problématiques scientifiques en fonction des connaissances… Ces activités seront développées progressivement en fonction de l'expérience du candidat avec le soutien et en concertation avec les responsables d'équipe.

Ce poste nécessite d’exercer tout ou partie des fonctions en zone à régime restrictif (ZRR). Ceci implique l’obtention d’une autorisation d’accès délivrée après avis favorable des instances compétentes du Ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche. Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une unité ZRR aurait pour conséquence l’annulation du recrutement envisagé.

Formations et compétences recherchées

Vous êtes titulaire d'un doctorat d'université ou équivalent.
Vous avez travaillé sur des questions scientifiques concernant les interactions microorganismes-hôte notamment dans un contexte de pathologies chroniques. Vous avez étudié et/ou êtes interessé(e)s par le fonctionnement d'holobiontes animal ou humain, le microbiote intestinal, sa symbiose avec l'hôte et les études fonctionnelles. A ce titre vous avez une expérience en modèles précliniques tels que des systèmes organ on chip , SHIME et modèles animaux et avez contribué à caractériser les réponses du microbiome et de l'hôte. Des connaissances en biochimie seront également nécessaires pour le projet. Vous appréciez le travail en équipe, avez déjà une expérience d'encadrement et d'élaboration de projets que vous souhaitez renforcer et appréciez les interactions scientifiques et humaines.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats 2026 pdf - 3.59 Mo
2. Je note le numéro du profil CR26-MICA-1
3. Je postule Espace d'inscription