Chargé-e de recherche sur l'effet du microbiote sur la santé des arbres

Retour à la liste des postes de la campagne

Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez recruté(e) au sein de l'Unité Mixte de Recherche (UMR) 1136 Interactions Arbres - Microorganismes (IAM), qui regroupe environ 90 agents dont 46 permanents répartis dans trois équipes (INRAE et Université de Lorraine).
Les recherches de l'UMR IAM ont pour thème central la biologie et l'écologie des interactions entre microorganismes et arbres forestiers. Elles visent à améliorer notre compréhension des interactions qui s'établissent entre les arbres, les champignons (pathogènes, symbiotiques et saprotrophes) et les bactéries rhizosphériques, et qui contribuent au fonctionnement et à la durabilité des écosystèmes forestiers. L'équipe d'accueil (Ecologie des Champignons Pathogènes Forestiers), composée de 3 chercheurs, 2 ingénieurs, 2 assistants ingénieurs et 3 techniciens, développe des recherches sur la biologie des populations des champignons pathogènes forestiers.
Vous serez en charge de développer une thématique émergente au sein de l'Unité, qui portera sur le rôle du microbiote dans le développement des maladies des arbres. Les arbres hébergent un ensemble de microorganismes (bactéries, archées, champignons, oomycètes et virus), communément appelé le microbiote. Ce microbiote colonise les différentes niches écologiques de l'arbre, comme la phyllosphère, la rhizosphère et l'endosphère, et, avec la plante-hôte, il constitue l'holobionte végétal.
Le rôle régulateur du microbiote des arbres sur le développement de maladies a été démontré dans certains cas et constitue un front de recherche innovant. Des travaux récents de l'équipe d'accueil ont mis en évidence le rôle du microbiote dans la régulation de la chalarose du frêne. Cependant les connaissances restent lacunaires, notamment sur les autres pathosystèmes étudiés dans l'équipe.
A court terme, votre mission sera d'étudier le rôle du microbiote dans le développement d'une des maladies forestières étudiées dans l'équipe, le Sphaeropsis des pins. Dans ce pathosystème, l'agent pathogène est présent sous forme endophyte dans les arbres longtemps avant l'apparition des symptômes. Il a été montré que le microbiote du bois intervient dans le déclenchement de la maladie en modifiant la composition en métabolites clés dans les tissus. Vous aurez en charge les études visant à élucider le rôle du microbiote endophyte dans le cycle épidémiologique de l'agent pathogène.
Dans un premier temps, vous caractériserez le microbiote des tiges de pins symptomatiques ou non, en conditions naturelles, et sa relation avec l'apparition de symptômes par des approches de métabarcoding et/ou de métagénomique. Dans un deuxième temps, vous développerez des approches innovantes de manipulation du microbiote (consortia microbiens synthétiques) en serre, afin de valider fonctionnellement son rôle. Ces approches expérimentales pourront intégrer la simulation de différents scénarios de changement climatique afin d'étudier les interactions plante x agent pathogène x microbiote x climat.
Par ailleurs, l'étude du microbiote rhizosphérique des arbres, en particulier les communautés de champignons ectomycorhiziens et de bactéries associées, est une thématique largement étudiée dans l'Unité, ce qui favorisera une dynamique collective. Vous bénéficierez ainsi des infrastructures et outils adaptés disponibles localement et des expertises en analyse de données de métabarcoding et de métagénomique déjà présente dans l'Unité, et plus largement sur le site lorrain.
Plus largement, vous serez amené(e) à participer à des réseaux d'animation scientifique nationaux (Département ECODIV, Métaprogramme Holoflux, réseaux RisqFor, SymbiPhyt et PhytoMic, Groupe Francophone de Pathologie Forestière, PEPR Forestt) et internationaux (réseaux transfrontaliers, projets européens, groupes de travail IUFRO, Phytobiome Alliance) dans le domaine du microbiote des plantes et de la santé des forêts.
Des déplacements sur plusieurs jours avec découcher en France et en Europe sont à prévoir.

Formations et compétences recherchées

Vous avez une formation solide en écologie des communautés microbiennes associées aux plantes et une expérience pratique dans l'utilisation de techniques de métabarcoding et/ou métagénomique et les analyses associées. Vos éventuelles compétences complémentaires en phytopathologie et/ou en biologie des champignons seront vivement appréciées, mais ne sont pas indispensables.
La maîtrise de l'anglais est souhaitée ainsi qu'une expérience internationale de longue durée : les lauréats qui n'en auraient pas encore eu devront réaliser un séjour à l'étranger à l'issue de l'année de stage.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats 2026 pdf - 3.59 Mo
2. Je note le numéro du profil CR26-ECODIV-3
3. Je postule Espace d'inscription