Chargé-e de recherche en métabolomique et agroécologie

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

L'UMR Biologie du Fruit et Pathologie offre un environnement pluridisciplinaire (compréhension des mécanismes sous-jacents au développement des plantes ou de leur interaction avec les pathogènes ou avec l'environnement jusqu'à l'application de ces connaissances dans la recherche translationnelle). L'unité possède un ensemble d'installations expérimentales dédiées à la culture et au phénotypage des plantes. MéTA est une équipe fortement pluridisciplinaire qui utilise des approches combinant expérimentation et modélisation pour étudier le métabolisme des plantes. Cette équipe anime en outre la plateforme Bordeaux Metabolome qui fournit les outils requis pour l'exploration de la diversité métabolomique. Vous bénéficierez également de son rattachement aux réseaux des INBS MetaboHUB (métabolomique) et PHENOME (phénomique et phénotypage).

Le métabolome rassemble de l'information sur le fonctionnement du métabolisme qui est au cœur de tous les processus du vivant. Ainsi, des analyses métabolomiques de biodiversité combinées à l'intelligence artificielle montrent le caractère hautement prédictif du métabolome, notamment lors de l'adaptation à des habitats extrêmes. La métabolomique a été utilisée pour prédire le rendement et en comprendre les bases, étudier des interactions plante/bioagresseur, des réponses multi-stress. Votre rôle sera de d'étudier des agroécosystèmes à l'aide d'approches combinant métabolomique et modélisation afin de mettre à jour des mécanismes qui régissent les relations entre organismes (plantes, insectes, microbiotes…) et/ou conditionnent des services écosystémiques, avec pour finalité la construction de modèles prédictifs au service de la transition écologique de l'agriculture.
Le projet étend la compréhension des liens entre programmation du métabolisme et compromis de performance des plantes à l'agroécologie, passant de l'échelle de la plante à celle de l'écosystème.

Vos objectifs à court-terme seront de formuler une stratégie en s'appuyant sur la bibliographie et la mise en place d'un réseau de collaborations nationales et internationales pour identifier des agroécosystèmes performants et adaptés à différents contextes ou au contraire des agroécosystèmes déséquilibrés. Cette étape sera essentielle pour affiner les objectifs du projet. Il s'agira notamment d'identifier les services écosystémiques qui seront ciblés par la modélisation. 

Vos objectifs à moyen terme seront de mettre en œuvre des expérimentations sur des agroécosystèmes, comprenant des compartiments variés (plantes, micro-organismes, sol, air, etc.) afin d'obtenir des données climatiques et physiologiques, d'évaluer des services écosystémiques et de collecter des échantillons de chaque compartiment. Des données reproductibles et interopérables des métabolomes et phénomes des organismes pourront être obtenues grâce aux nombreuses possibilités offertes par la Plateforme Bordeaux Metabolome, en particulier le haut débit combiné à la spectrométrie de masse haute-résolution. Des analyses statistiques et des modèles prédictifs pourront être élaborés pour établir des liens entre métabolisme et services écosystémiques.
Vos objectifs à long-terme seront de comprendre les mécanismes métaboliques et physiologiques impliqués dans la dynamique des systèmes agroécologiques. Des approches de génomique fonctionnelle pourront être menées pour valider des hypothèses fortes issues de la modélisation grâce à des collaborations avec d'autres chercheurs de l'équipe et de l'Unité. La finalité du projet sera de proposer de nouvelles stratégies pour l'agriculture, comme par exemple des outils d'aide à la décision s'appuyant sur la métabolomique prédictive.

Ce poste nécessite d’exercer tout ou partie des fonctions en zone à régime restrictif (ZRR). Ceci implique l’obtention d’une autorisation d’accès délivrée après avis favorable des instances compétentes du Ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche. Un avis ministériel défavorable pour un poste affecté dans une unité ZRR aurait pour conséquence l’annulation du recrutement envisagé.

Formations et compétences recherchées

Doctorat ou équivalent.
Vous possédez une bonne connaissance du métabolisme primaire et spécialisé. Vous maitrisez les bases de la métabolomique (génération, utilisation et annotation de données de spectrométrie de masse). Vous maitrisez l'utilisation d'outils de statistiques multivariées et de combinaison de données hétérogènes, et de statistiques prédictives (modélisation linéaire multivariée, régression des moindres carrés partiels, machine learning…). 
Vous savez susciter et développer des synergies dans un contexte pluridisciplinaire.
Enfin, vous aurez un intérêt pour l'agronomie ou l'écologie.

Votre futur poste expliqué en vidéo

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats 2026 pdf - 3.59 Mo
2. Je note le numéro du profil CR26-BAP-1
3. Je postule Espace d'inscription