lntégration multi-échelle des données biologiques par des outils d’IA dans une démarche de biologie des systèmes pour l’adaptation du blé à la transition agroécologique et climatique

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Contexte et partenariats 
L’Unité GDEC développe, sur le blé, un projet de double ambition, (1) acquérir des connaissances fondamentales sur les processus biologiques de l’adaptation des blés aux contraintes environnementales et (2) exploiter ces connaissances pour la conception de variétés innovantes face au changement climatique et à la transition agroécologique. 

Ces recherches nécessitent l’exploitation de données numériques multi-échelles et hétérogènes (génomique, transcriptomique, métabolomique, phénomique, écophysiologique) caractérisant la réponse de la plante dans un environnement fluctuant. Cette chaire, avec de fortes compétences en statistiques, mathématiques et intelligence artificielle (IA) appliquées, permettra d’intégrer toutes les informations publiques et produites dans les différentes équipes, pour exploiter la variabilité génétique de plasticité du blé et apporter des solutions à l’amélioration de la résilience face aux environnements de demain. 

L’unité mixte de recherche génétique diversité écophysiologie des céréales (UMR GDEC) et la thématique « compréhension du fonctionnement des systèmes biologiques et prédiction-modélisation de leur comportement » sont largement visibles dans le paysage national et international. Au niveau national, le GDEC participe activement au méta-programme INRAE DIGIT-BIO qui finance des thèses et des projets attractifs. Au sein de l’UCA, le GDEC est reconnu grâce aux Fédérations de Recherche en Environnement et des Systèmes Microbiens, au CIR1 et l’axe « BigDATA » de l’ISITE CAP-2025 ainsi qu’à travers ses partenariats (Carnot Plant2Pro, Chaire industrielle avec Limagrain). 

Au sein du site Universitaire Clermontois, vous vous intègrerez pleinement dans les priorités stratégiques et réseaux des Cluster IA et de la future fédération de recherche et son Master associé. Enfin, au niveau international, vous bénéficierez des collaborations établies avec des instituts reconnus dans le domaine de l’analyse multiscalaire des données biologiques (Angleterre, Allemagne, USA, Chine). 

Nature et objet du projet de recherche à développer et activités associées 

Vous développerez un projet de recherche intégrant des données multi-scalaires « omiques » produites dans l’unité par des outils d’IA dans une approche de biologie des systèmes. Avec les équipes, Vous expliquerez et prédirez la réponse du blé - en termes de rendement et ses composantes (équipe PRESAGE), stabilité du rendement (VISTA), immunité naturelle (IPM, BIOSTIM), qualité des produits (QUALIGRAIN) - aux données environnementales actuelles (PRESAGE) et passées (PALEO-EVO). Vous devrez formaliser les questions biologiques, en interagissant avec les chercheurs en mathématique appliquée du site Clermontois, et définir la meilleure exploitation de l’IA pour gérer le niveau de complexité à différentes échelles spatiales et temporelles. Vos travaux participeront à identifier les marqueurs et signatures biologiques impliqués dans l’adaptation du blé aux multi-contraintes en prenant en compte des compromis entre traits, et à les exploiter pour l’optimisation des schémas de sélection. Nature et objet du projet d’enseignement L'enseignement sera exercé à l'UFR Biologie, composante de l'Institut Sciences de la vie, santé, agronomie, environnement (SVSAE) de l'Université Clermont Auvergne, en interaction avec l’équipe pédagogique de biostatistiques et bioinformatique et de la fédération de recherche data4ia@clermont de l’i-SITE CAP 20-25. Vous vous impliquez dans l’enseignement en Statistiques-Mathématiques-IA appliquées à la biologie en Licence Sciences de la vie, en Master international « Plant science facing new challenges », composante de la Graduate School « Changing Environment », et particulièrement dans les UEs de Biostatistiques, d’Analyses exploratoires de données et d’Intégration de données biologiques. L’enseignement couvrira les bases en statistiques assurant un socle de connaissances aux étudiants de ces formations, mais aussi les formera aux nouveaux outils et approches des statistiques-mathématiques-IA appliqués à la biologie à l’aide de cas concrets sur des objets agronomiques et des données expérimentales. 

Financement et moyens associés : 
Package ANR : 200 000€ 
Package INRAE : 70 000€ 
Autres financements : 60 000€ 
Total : 330 000€

Formations et compétences recherchées

Les compétences attendues concernent l’intégration des données biologiques multi-scalaires dans une approche de biologie des systèmes par des méthodologies combinant statistiques, mathématiques et outils d’intelligence artificielle. Au-delà de ces compétences « métiers », vous aurez en charge la gestion de projets, la constitution de réseaux de collaborations aux échelles nationales et internationales, la participation aux initiatives et formations locales, ainsi que l’animation de collectifs de recherche.

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE

Nature du contrat

Les chaires de professeur junior permettent de recruter des scientifiques sur projet de recherche et d’enseignement pendant une durée de 3 ans. Puis, à l’issue de cette période et après évaluation de votre valeur scientifique et de votre aptitude professionnelle, vous pouvez accéder à un emploi de titulaire dans le corps des directeurs et directrices de recherche de 2e classe (DR2).

Une convention de recherche et d’enseignement précisera le parcours de titularisation que vous suivrez afin de vous permettre d'acquérir une qualification en rapport avec les missions du corps dans lequel vous avez vocation à être titularisé-e.

Les inscriptions sont ouvertes jusqu'au 22 juin 2026. Seuls seront convoqués à l’audition les candidats et les candidates préalablement sélectionné-es sur dossier par la commission de sélection.

Modalités pour postuler

1. Je télécharge le guide Guide des candidats pdf - 4.07 Mo
2. Je note le n° du profil CPJ26-BAP-1
3. Je postule Espace d'inscription