Génétique et génomique de l’attractivité du tournesol pour les pollinisateurs

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Nature et objet du projet de recherche à développer et activités associées
Dans les écosystèmes agricoles, le tournesol est une ressource nutritive majeure pour les pollinisateurs, notamment pour les abeilles mellifères et participe à réduire leurs pathogènes (LoCascio et al. 2019, Schmitt et al. 2021). Cependant l'attractivité des variétés et leur capacité mellifère est très variable (Pham-Delègue et al. 1984, Vear et al. 1990) et les bases génétiques de celle-ci sont quasi-inconnues. Il est donc important de développer au-delà de la productivité, qui reste un enjeu majeur, du profil de résistance aux bio-agresseurs et de la tolérance aux stress abiotiques, un concept de phénotype étendu pour le tournesol qui inclut l'attractivité et la valeur nutritive des nectars et pollen (sucre et protéines notamment) pour les pollinisateurs et de produire les connaissances génétiques, physiologiques et phénomiques nécessaires à l'amélioration de ce phénotype étendu. Pour cela, vous exploiterez et développerez les ressources présentent au CRB Tournesol-Soja pour étudier le contrôle génétique de l’attractivité pour les pollinisateurs. Une grande diversité génétique permettant des approches de GWAS est présente dans la core-collection publique de tournesol (Mandel et al., 2011). Celle-ci comprend des variations de teneur en sucres, du nectar, de couleurs de ligules ou de profondeurs de corolle. Ce panel est en cours d’augmentation grâce au projet PEPR AgroDiv et sera mobilisé pour étudier la composition métabolomique du nectar, la profondeur des fleurons (Prasifka et al., 2017), la couleur des ligules (Todesco et al., 2022) et les taux de visite des hyménoptères, diptères et lépidoptères, principaux pollinisateurs du tournesol. De plus, au-delà de l’attractivité, la qualité nutritive du pollen/nectar revêt une importance capitale. La teneur en protéines est un facteur déterminant dans la qualité des colonies d’abeilles. Aussi la variabilité des teneurs en protéines sera analysée sur les ressources génétiques. Une forte variation entre les espèces est connue, mais la variabilité génétique intra-spécifique n’a encore pas été évaluée.
Par une approche de génétique et génomique fonctionnelle, la personne recrutée développera le matériel génétique pour valider les polymorphismes causaux pour ces composantes de l’attractivité et de la nutrition (si une variabilité existe). Sur les aspects méthodologiques, vous participerez au développement de méthodes de phénotypage des caractères d'attractivité, comme la durée de floraison, la production de pollen, la reconnaissance des pollinisateurs et de leurs comportements à partir d’images et de vidéos en lien avec la plateforme de Phenotoul et en collaboration avec les spécialistes des abeilles présents à Toulouse (INRAE GenPhySE, DYNAFOR, CNRS CRCA) et au niveau national (INRAE UE APIS). Enfin, dans le prolongement de ces travaux, vous participerez à la mise en place de critères pour le développement d'un phénotype étendu de tournesol incluant le service aux pollinisateurs dans le cadre du CTPS.

Nature et objet du projet d’enseignement
Le projet d’enseignement est construit en partenariat avec Toulouse INP-ENSAT. Ces enseignements contribueront à mieux intégrer le LIPME dans le tissu d’enseignement supérieur toulousain conformément à l’Orientation de Politique Générale 2 de INRAE. Vous interviendrez à plusieurs niveaux dans le cursus des étudiants ingénieurs agronomes pour une charge de 64h/an. En tronc commun, l’agent pourra participer à l’Unité d’Enseignement (UE) « Ressources Génétiques et Biodiversité » (1ère année) ou à l’UE « Sciences Agronomique dans un contexte de Transition » (2e année). Au second semestre de 2e année, vous pourrez participer à la mise en place d’une UE thématique spécifique autour de la génétique et des interactions génotype-phénotype-environnement ou participer aux enseignements des UE thématiques « Plante dans son environnement » ou « Biodiversité et Agriculture ». Au niveau de la 3e année, vous renforcerez l’équipe enseignante autour de la génétique et l’amélioration des plantes dans le cadre de la spécialisation « Agrobiosciences Végétales ». Dans un politique d’ouverture des enseignements spécialisés de l’ENSAT à l’international, les enseignements de 2e et 3e année pourront être proposés en langue anglaise. Le service d’enseignement pourra être complété par des interventions ponctuelles dans les Masters Biologie Végétale (parcours Biologie des Plantes et Microorganismes Associés) et Functional Biology and Ecology (parcours TULIP GS).

Financement et moyens associés :
Package ANR : 200 000€
Package INRAE : 220 000€
Total : 440 000€

Vous participerez à des réseaux d’expérimentation et des collaborations nécessitant des déplacements réguliers en France, en Europe et au niveau international (USA, Canada, Argentine, Inde)

Formations et compétences recherchées

Doctorat en génétique et génomique quantitative et des populations, connaissances de base de la biologie végétale. 
Compétences : 
• Mettre en œuvre et participer au développement des modèles statistiques pour la génétique quantitative et la génomique végétale 
• Animer un groupe de travail, coordonner un projet et travailler en équipe 
• Encadrer et former des ingénieurs et étudiants 
• Pédagogie, utilisation des outils pédagogiques et expression orale en français et anglais 
• Rédiger des articles, assurer une veille bibliographique 
• Connaissance du langage R ou python, 
• Anglais écrit et parlé courant 
 

Votre qualité de vie à INRAE

En rejoignant INRAE, vous bénéficiez :

- de 30 jours de congés + 15 RTT par an (pour un temps plein)
- d'un soutien à la parentalité : CESU garde d'enfants, prestations pour les loisirs ;
- de dispositifs de développement des compétences : formation, conseil en orientation professionnelle ;
- d'un accompagnement social : conseil et écoute, aides et prêts sociaux ;
- de prestations vacances et loisirs : chèque-vacances, hébergements à tarif préférentiel ;
- d'activités sportives et culturelles ;
- d'une restauration collective.

Consultez notre guide pour faciliter la venue et le séjour des scientifiques internationaux à INRAE

Nature du contrat

Les chaires de professeur junior permettent de recruter des scientifiques sur projet de recherche et d’enseignement pendant une durée de 3 ans. Puis, à l’issue de cette période et après évaluation de votre valeur scientifique et de votre aptitude professionnelle, vous pouvez accéder à un emploi de titulaire dans le corps des directeurs et directrices de recherche de 2e classe (DR2).

Une convention de recherche et d’enseignement précisera le parcours de titularisation que vous suivrez afin de vous permettre d'acquérir une qualification en rapport avec les missions du corps dans lequel vous avez vocation à être titularisé-e.

Les inscriptions sont ouvertes jusqu'au 12 avril 2024. Seuls seront convoqués à l’audition les candidats et les candidates préalablement sélectionné-es sur dossier par la commission de sélection.