Technicien-ne en récolte, fractionnement et analyse de rhizodépôts

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité sur le site INRAE de Le Rheu, au sein de l'équipe Écologie et Génétique des interactions Plantes-Microbiotes-Bioagresseurs (PMB) qui appartient à l'Institut de Génétique, Environnement et Protection des Plantes du centre INRAE Bretagne-Normandie. L’équipe PMB rassemble un collectif de 20 agents ayant pour objectifs de produire des connaissances sur :
(i) la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés d'organismes associées aux racines des plantes (microbiotes (bactéries, champignons, protistes) et nématodes)
(ii) les bases fonctionnelles des interactions entre plantes-microbiotes et différents bioagresseurs racinaires
(iii) les bases génétiques et d'adaptation des interactions plante-microbiotes-bioagresseurs.
Vous serez sous la responsabilité directe d'une chargée de recherche et travaillerez en interaction étroite avec un ingénieur en analyse chimique travaillant sur l’écologie chimique des interactions dans le sol.
Vos missions principales consisteront à :
- optimiser les conditions de production et de collecte des rhizodépôts selon les substances à analyser et les questions de recherche associées. Vous vous attacherez à cultiver des plantes travaillées dans l’unité dans des conditions amenant à un fonctionnement aussi proche que possible de celui de conditions de culture naturelles, tout en permettant une collecte des rhizodépôts préservant leur intégrité chimique. Une attention particulière sera portée aux microflores associées, ayant un rôle clef dans le processus d’exsudation des plantes. Ce travail de développement expérimental sera réalisé en collaboration avec plusieurs scientifiques et techniciens de l'équipe ayant des compétences en science du vivant ainsi qu’avec un ingénieur de l'équipe en sciences chimiques ;
- analyser les rhizodépôts collectés via l'utilisation de plateformes analytiques disponibles dans l'unité (LC-(HR)MS, GC-MS notamment) ;
- mettre en œuvre des protocoles de fractionnement des échantillons notamment via l'utilisation d'une chaine UHPLC semi-préparative, qui permettra de purifier des métabolites d'intérêt en vue de leur identification, mais également de tester leur activité biologique d'intérêt (fractionnement-bio-guidé).
A l’échelle de l’unité, vous participerez à l'organisation collective du laboratoire de biochimie ainsi qu’à la gestion des exsudats produits et conservés.
Vous serez en charge des activités de collecte, de fractionnement et d'analyse des rhizodépôts en lien avec les travaux en écologie chimique développées dans l’équipe (entre autres via des approches de métabolomique). Vous serez notamment en charge de la maintenance et de l’utilisation de l’équipement permettant de réaliser ce fractionnement et serez amené-e dans le cadre de vos activités, à utiliser les équipements de la plateforme de profilage métabolique et de métabolomique (P2M2) qui travaille sur l'analyse, ciblée ou non, de produits du métabolisme végétal, hébergée au sein de l’IGEPP ( Institut de Génétique Environnement et Protection des Plantes).
Vos activités consisteront à :
- participer à la mise en place en serre / chambre climatique des plantes utilisées, effectuer les collectes et la préparation des échantillons ;
- réaliser des purifications, concentrations, fractionnements et analyses de rhizodépôts, voire à terme d’autres matrices végétales d’intérêt ;
- participer à l’étude de l'effet des principales molécules mises en évidence dans les expériences précédentes sur l’activité microbienne et sur les traits d’histoire de vie de bioagresseurs telluriques travaillés dans l’équipe ;
- assurer le fonctionnement et la maintenance de premier niveau sur l’équipement de fractionnement ;
- vous pourrez également participer à la mise en place et à la gestion d'une collection de rhizodépôts nécessaires aux projets de l’équipe d’un point de vue tant quantitatif que qualitatif.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée dans le domaine de la chimie analytique.
Connaissances et compétences souhaitées :
- Maîtriser les techniques courantes de préparation d’échantillons (e.g. extraction liquide-liquide (LLE), purification sur phase solide (SPE)) ;
- Effectuer les analyses courantes des échantillons en couplages UHPLC-DAD et/ou UHPLC-HRMS ;
- Savoir utiliser les logiciels de traitement de texte et tableur ;
- Compréhension de la langue anglaise (niveau A2 à B1).
Aptitudes recherchées :
- Pouvoir assurer l’entretien et la maintenance de premier niveau des appareils dans l’environnement de travail ;
- Savoir collecter, rassembler et mettre en forme les données produites ;
- Tenir un cahier de laboratoire ;
- Savoir adapter un mode opératoire ;
- Appliquer et faire appliquer les règles d’hygiène et de sécurité ;
- Rendre compte et transmettre des connaissances ;
- Travailler en équipe et communiquer avec les différents personnels et étudiants ;
- Savoir organiser son temps sur différents projets ;
- Curiosité intellectuelle.
Expérience appréciée en production végétale ou intérêt pour les plantes et leur culture.