Bio-informaticien-ne pour la génomique des arthropodes vecteurs

Retour à la liste des postes de la campagne

Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli-e au sein de l'Unité mixte de recherche (UMR) INRAE-CIRAD ASTRE (Animal, Santé, Territoires, Risques et Ecosystèmes) qui comprend plus de 100 agents permanents et se structure en différentes entités dont un « Collectif Vecteurs » comprenant 13 agents. Ceux-ci travaillent dans les différents sites de l'UMR dont une majorité à Montpellier sur des thématiques ou modèles d'entomologie médicale et vétérinaire, prioritaires pour le Sud et à risque pour le Nord : culicoides, moustiques, tiques et glossines. L'UMR ASTRE est basée sur le campus de Baillarguet à Montpellier dans un environnement scientifique performant avec 500 scientifiques sur le campus et des locaux et plateformes de qualité.
L'objectif de l'UMR ASTRE est d'améliorer la santé animale, la santé publique et la sécurité alimentaire au Sud notamment dans le cadre des changements globaux et des transitions des socio-écosystèmes. L'enjeu majeur est de développer une approche intégrative de la santé. Les maladies à transmission vectorielle constituent une thématique prioritaire pour l'UMR ASTRE dans le cadre des changements globaux et des émergences. Outre ces activités de recherche, le Collectif Vecteurs a pour mission de répondre à des sollicitations à la fois intra-unité ou extérieures, tels des besoins d'expertise, d'analyse ou de diagnostic. Le Collectif Vecteurs développe des recherches sur la caractérisation des interactions hôte-vecteur-microbiote pour mieux comprendre l'épidémiologie de maladies prioritaires.
Vous serez encadré-e dans ces activités par un directeur de recherche INRAE et une chercheuse du Cirad. Vous travaillerez en étroite interactions avec les deux bio-informaticiens de l'unité.
Vous serez également en étroite interaction :
- au sein de l'UMR, avec le Collectif Vecteurs, le Collectif Microbiologie, les chercheurs, ingénieurs et techniciens entomologistes, virologistes et épidémiologistes mais surtout avec le groupe de bio-infomaticiens de l'unité ;
- en dehors de l'unité, avec les bio-informaticiens travaillant sur le site du Cirad à Montpellier, les partenaires les partenaires du Vectopole Sud et d'autres partenaires de l'UMR.
Vous interviendrez au sein d'un collectif travaillant sur les arthropodes vecteurs sur des projets portant sur la dynamique et l'expansion de populations invasives, la compétence vectorielle, les agents pathogènes et le microbiome portés par les arthropodes. Ces études font appel à des approches de génomique, de génomique des populations, de métagénomique, métatranscriptomique et de métabarcoding. Avec vos compétences en bio-informatiques vous contribuerez aux choix et développements méthodologiques nécessaires à l'analyse des résultats. Les modèles d'arthropodes cibles sont les tiques dures, les tiques molles les culicoïdes et les moustiques d'intérêt vétérinaire/zoonotique en Méditerranée-Europe et dans les zones tropicales.
Vos activités principales seront :
- Aider à la conception et organisation de la collecte et le traitement de données issues de la recherche en sciences du vivant au sein de l'unité.
- Analyser et aider à la résolution des problèmes bio-informatiques et/ou de traitement de données dans le cadre des projets et programmes de recherche de l'unité, si nécessaire à travers de la conception, développement et déploiement des outils de traitement automatisés.
- Conseiller sur le choix de méthodologies lors de l'élaboration d'un projet scientifique et dans leur mise en œuvre, et contribuer à la rédaction des protocoles d'utilisation des outils, des méthodes mises en place, ainsi que des sections spécialisées des articles ou de demandes de financement.
- Assurer et organiser la veille scientifique et technologique ainsi que le transfert et l'actualisation de connaissances, pratiques, outils et méthodes bio-informatiques par les membres de l'unité.
- En lien avec les autres bio-informaticiens de l'unité, vous participerez à la formation des agents des collectifs de l'unité aux outils et méthodes informatiques utilisés.

Les activités feront appel à du travail sur écran (>4h/jour).

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée :
- Formation en génomique/bio-informatique ;
- Connaissances et/ou expérience en biologie/écologie/entomologie ;
- Permis B recommandé.
Les compétences recherchées sont :
- Connaissances approfondies en recueil, analyse et traitement des données ;
- Connaissances approfondies en bio-informatique et en analyses bio-statistiques ;
- Maîtrise des langages Bash, R et Python ;
- Maîtrise des systèmes d'exploitation Unix, avec connaissance des architectures client/serveur ;
- Connaissance des méthodologies de modélisation (UML) et des systèmes de gestion de bases de données (SGBD) ;
- Connaissance des approches de gestion et traitement des « big data » ;
- Capacité de conception, développement et mise en œuvre de programmes de formation en bioinformatique ;
- Connaissances générales en biologie ;
- Connaissances souhaitées en génétique de populations ou en phylogéographie ou phylogénie ;
- Sens critique ;
- Capacités à interagir avec des biologistes et des informaticiens ;
- Capacités à transmettre des connaissances ;
- Rigueur et sens de l'organisation.