Ingénieur-e en traitement d'images biologiques

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli-e au sein du Laboratoire de Physiologie et Génomique des Poissons (LPGP). L'unité regroupe 70 personnes au sein de 3 équipes de recherches qui étudient les grandes fonctions physiologiques des poissons (croissance, reproduction, comportement). Elle produit des connaissances visant à soutenir les évolutions et la durabilité de la filière piscicole. Ces équipes s'appuient sur des services communs de bioinformatique, des installations expérimentales d'élevage, un plateau technique d'histologie et un plateau d'imagerie 3D.
Vous intégrerez le plateau technique d'histologie et imagerie composé d'une assistante ingénieure responsable du plateau et d'un ingénieur de recherche référent scientifique. Vous serez sous la responsabilité de l'ingénieur de recherche. Vous travaillerez également en étroite collaboration avec le plateau d'imagerie 3D composé d'une technicienne de recherche et d'un chercheur responsable du plateau.
Vous aurez pour principale mission d'assurer la mise en oeuvre de méthodes de traitements d'images au sein du plateau technique afin de répondre aux demandes des équipes de recherche. Vos principales activités seront de mettre en oeuvre et développer des processus de traitement d'image et gérer les outils logiciels et matériels pour réaliser ces analyses. Vous devrez notamment réaliser des segmentations d'image 2D et 3D afin de quantifier les objets biologiques d'intérêts (noyaux, cellules, ...), quantifier des marquages, réaliser des classifications et proposer des outils de visualisation 3D. Pour cela vous utiliserez des méthodes classiques ou plus récentes comme celles basées sur l'intelligence artificielle. Vous devrez rationaliser la gestion des fichiers images et mettre en place une base de données afin de proposer aux utilisateurs des plateaux d'imageries une méthode de sauvegarde, partage et d'archivage fiable (données FAIR).
Comme pour l'ensemble des agents, une mission transversale secondaire vous sera confiée au sein de l’unité ; celle-ci correspondra aux activités d'un-e personne ressource en informatique.
Vous contribuerez également à des missions transversales pour l'Institut au sein du Cati (Centre Automatisé de Traitement de l'Information) SICPA (Systèmes d'Informations et Calcul pour le Phénotypage Animal).

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat-e retenu-e réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Le poste requiert un goût pour le travail sur un plateau technique et inclut des contraintes liées aux écrans (posture, luminosité...).
Des déplacements occasionnels (1-2 fois/an) seront parfois programmés pour des besoins de réunions ou valorisations (congrès).

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée en méthodes de traitements d'image avec une expérience dans le domaine de l'imagerie en microscopie.
Une expérience préalable significative au sein d'un laboratoire de recherche est souhaitée.
Savoirs :
- Mathématiques adaptées au traitement d'image ;
- Bibliothèques logicielles d'analyse d'image ;
- Algorithmique ;
- Outils de traitement d'image ;
- Intelligence artificielle ;
- Méthodes de segmentation des images ;
- Architectures techniques, outils, progiciels ;
- Maîtrise de l'anglais.
Savoir-faire :
- Apporter des réponses à des besoins spécifiques ;
- Programmer dans différents environnements informatiques ;
- Rédiger une documentation technique ;
- Accompagner et conseiller ;
- Assurer une veille.
Savoir-être :
- Sens du relationnel ;
- Autonomie ;
- Capacité d'adaptation ;
- Rigueur / Fiabilité ;
- Travail en équipe.