Ingénieur-e en analyses bioinformatiques

Retour à la liste des postes de la campagne

Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité au sein de l'équipe de la plateforme "SIGENAE" (https://www.sigenae.org/). Cette équipe, composée exclusivement de bioinformaticien-ne-s, apporte son soutien à divers projets de recherche des départements de génétique animale (GA), santé animale (SA), physiologie animale et systèmes d’élevage (PHASE) et mathématiques et numérique (MATHNUM). Pour le développement des compétences en analyse des données épigénomiques vous travaillerez en étroite collaboration avec l’équipe GENESIS, spécialiste de ce champ de recherche dans l’unité GenPhySE (Génétique Physiologie et Systèmes d'Elevage). Cette équipe, composée de 8 scientifiques, 5 ingénieurs et techniciens et de doctorants et post-doctorants contribue notamment à de multiples projets d’envergure tels que le projet Européen H2020 GEroNIMO ou le programme de recherche France 2030 ADAAPT qui seront la base des premiers développements. Cet ancrage scientifique permettra une meilleure compréhension des contraintes des projets de recherche ainsi que votre dans un réseau professionnel national et international.
Vous aurez la charge d'apporter de nouvelles compétences à l'équipe SIGENAE, plus particulièrement sur l’épigénomique. Vous contribuerez aux projets scientifiques de différentes équipes des unités INRAE et plus spécifiquement aux équipes de recherche travaillant sur les espèces animales. Dans un premier temps, en étroite collaboration avec les membres de l'équipe GENESIS de l'unité GenPhySE, vous devrez mettre en place les outils bioinformatique nécessaires à l’analyse de la méthylation de l’ADN, puis plus largement, devrez développer du code informatique nécessaire aux analyses génomiques et épigénomiques. Vous élaborerez des pipelines pour l’analyse des données produites dans le cadre des projets de recherche et assurez une veille scientifique sur les développements d’outils et de méthodes innovantes pour l’analyse de données sur l'épigénome. Vous soutiendrez l’ambition des équipes de recherche à suivre les principes de la science ouverte (principes FAIR par exemple) tant pour l’accès aux données publiques que pour la mise à disposition des données produites par les équipes. Enfin vous vous intégrerez dans la communauté bioinformatique nationale (CATI) et internationale (par exemple nf-core) en contribuant à la diffusion des pipelines d’analyses au plus grand nombre.
Vous serez en charge:
- de la mise en place, l’ajustement des pipelines d’analyses spécifiques bioinformatiques et des analyses nécessaires aux projets des équipes du département GA et des autres départements travaillant sur les espèces animales ;
- de l’évaluation de nouveaux outils pour assurer un choix pertinent dans l’analyse des données ;
- de la mise à disposition des pipelines bioinformatiques développés dans les projets de recherche à la communauté au sens large (nationale et internationale) ;
- de contribuer à la formation en bioinformatique des membres des unités et de potentiels stagiaires, doctorants, CDD ;
- du soutien de proximité aux chercheurs dans l’utilisation des pipelines développés ;
- de la gestion des données brutes et processées ;
- de la mise à disposition des données produites dans les projets de recherche sur des répertoires publics dédiés ;
- de l’accès à des données publiques pour les projets de l’équipe.

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat-e retenu-e réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Formations et compétences recherchées

Vous avez une formation en bioinformatique.
Aptitudes recherchées:
- Connaissance des données génomique et épigénomique ;
- Connaissance des outils de gestion de workflow (nextflow) ;
- Connaissance des outils de versionning (github) ;
- Intérêt pour le développement de pipelines d’analyse ;
- Intérêt pour l’épigénétique, la génétique et la science des données ;
- Capacité à réaliser une analyse bibliographique des outils informatiques ;
- Capacité à communiquer en anglais dans le cadre d’un groupe de travail ;
- Rigueur, autonomie, organisation, goût pour le travail en équipe.