Bioinformaticien-ne sur plateforme de génomique

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité dans l'unité EPGV (Etude du Polymorphisme des Génomes Végétaux), unité INRAE située dans les locaux du CEA-IbFJ-Genoscope à Evry-Courcouronnes (91). L'EPGV est une plateforme de génomique dont les missions sont : 1) assurer la veille et les développements technologiques dans les domaines de la génomique et du génotypage ; 2) mettre à la disposition des équipes de recherche des outils de production de données à très haut débit, et d'analyse pour l'étude du polymorphisme des génomes dans le cadre de projets divers développés par les équipes INRAE ; 3) animer, valoriser et diffuser l'expertise technologique ; 4) fournir un appui bio-informatique aux équipes de recherche pour l'analyse des données produites sur la plateforme. L'unité compte 6 agents permanents dont deux ont des compétences en bioinformatique, vous viendrez renforcer cette expertise et contribuer à la valorisation des données NGS.
Votre mission principale sera d'assurer les développements bio-informatiques menés par l'unité EPGV, associés aux évolutions technologiques et méthodologiques. Vous contribuerez à l'analyse et à la valorisation des données de séquençage courtes et longues lectures produites par la plateforme de génomique. Votre activité sera centrée sur l’analyse du polymorphisme ponctuel et structurel des génomes. Les analyses et l’interprétation des résultats se feront en interaction avec les biologistes moléculaires de l’unité et en collaboration avec les chercheurs coordinateurs de projets ; vous en assurerez le reporting.
Vous réaliserez une veille technologique et scientifique pour identifier les approches innovantes que vous implémenterez. Votre travail s'inscrira dans la politique FAIR INRAE en faveur du partage, de l'accès, et de la réutilisation de l'information, de la donnée et de la connaissance scientifique. Vous développerez des solutions communes ou inter-opérables entre les 5 entités de l’infrastructure INRAE Genomics et également le Genoscope. Vous communiquerez vos résultats et activités au travers de différents réseaux métiers et conférences.
Vous travaillerez dans l'environnement du CEA-IbFJ Genoscope localisé à Evry-Courcouronnes, et bénéficierez des nombreuses ressources disponibles localement (HPC, machines virtuelles, etc).
Vous serez en charge de l'analyse des données de NGS (séquençage Illumina, Nanopore et PacBio, génotypage, autres) générées au sein de la plateforme. En interaction avec l'équipe de biologie moléculaire, vous développerez, implémenterez et utiliserez de nouvelles approches méthodologiques pour l'étude des génomes, leur organisation et leur diversité. Ces développements seront réalisés en pipelines afin d'assurer leur reproductibilité selon les principes FAIR, et leur déploiement opérationnel au sein des environnements informatiques du Genoscope, et le cas échéant de INRAE Genomics. Vous participerez à la mise en place des procédures d'analyses pour les projets à leur démarrage et réaliserez les analyses une fois les données de séquences disponibles. Vous serez force de proposition pour approfondir l'expertise de l'unité dans les domaines stratégiques liés à la génomique. Vous rédigerez les compte-rendus de vos analyses et les présenterez aux porteurs de projets, en collaboration avec les intervenants de l'unité. Vous participerez activement à la valorisation de vos résultats sous forme d'articles scientifiques, de présentations en conférences et dans les réseaux métiers adaptés.
Vous serez en charge de l'encadrement de stagiaires/CDD dont les sujets correspondent aux projets dont vous avez la charge.
Vous participerez à la rédaction de demandes de financements, de recrutements (CDD/stagiaires) et de collaboration liées à vos missions et développements en cours ou à venir.
Vous participerez à l'animation scientifique de l'unité via la présentation de vos développements lors de séminaires.

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat-e retenu-e réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée : master bioinformatique / école d'ingénieur ou équivalent.
Une double compétence biologie/bioinformatique et une première expérience en environnement HPC seraient appréciées.
Connaissances souhaitées :
- Algorithmique de la bioinformatique ;
- Nouvelles Générations de Séquençage-NGS ;
- Langages informatiques Python, R ;
- Création et gestion de pipelines (Snakemake, Nextflow) ;
- Notions de biostatistique ;
- Rédaction de procédures, comptes-rendus ;
- Anglais écrit/parlé.
Aptitudes recherchées :
- Autonomie / confiance en soi ;
- Capacité d'adaptation ;
- Rigueur / fiabilité ;
- Sens du relationnel.