Ingénieur-e en traitement de données génomiques

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez vos missions dans l'équipe « DEBI » qui s’intéresse à l’évolution (structurale et fonctionnelle) des génomes de Brassica et à son rôle dans la diversification des traits associés à la résistance aux stress (a)biotiques ou dans la dérégulation de la recombinaison. Cette équipe est constituée de 18 permanents, avec des compétences en génomique comparative, (épi)génétique quantitative et fonctionnelle, cytogénétique, métabolomique. Vous serez amené-e à travailler sur différents projets de l’équipe ou de l’IGEPP (Institut de Génétique Environnement et Protection des Plantes) sur les Brassica, au sein desquels diverses données (épi)génomiques ont été ou vont être produites. Vous travaillerez avec la diversité présente chez les Brassica dont des mutants CRISPR pour des gènes impliqués dans des mécanismes épigénétiques. Au sein de l’IGEPP, vous compléterez les compétences déjà présentes en transcriptomique, génomique et bioinformatique et participerez aux différents projets d’assemblage ou de comparaison de génomes.
Vous intègrerez l’équipe « Diversité, évolution, et génomique des interactions BIotiques » (DEBI) qui s'intéresse à la diversité et à la dynamique évolutive (structurale et fonctionnelle) des génomes dupliqués de Brassica et à leur rôle dans la réponse aux stress ou dans la régulation de la recombinaison méiotique. Vous viendrez compléter les compétences du collectif Brassica de l'UMR et conduirez des travaux portant sur la diversité (épi)génomique et son rôle dans la variation de l'expression de différents caractères d'intérêt. Dans ce cadre, vous serez amené-e à identifier les protocoles les plus appropriés pour l’obtention de diverses données NGS épigénomiques (BS-Seq, ATAC-Seq, ChIP-Seq, …) puis à les mettre en place avec l’aide de techniciens en biologie moléculaire dans l’équipe. Par la suite, vous serez en charge de l’analyse de ces données en étroite collaboration avec les scientifiques de l’équipe. Vous participerez aussi à la préparation des échantillons et à l'analyse d'autres données omiques (ex: issus de séquençage long reads pour l'assemblage de génomes ou l'étude de détection de variants), pour lesquels il existe des compétences en interne. Enfin, vous serez amené-e à étudier plus finement le rôle de certaines variations (épi)génomiques dans l'expression ou la régulation de divers traits d'intérêts chez les Brassica.
Dans le cadre de vos fonctions, vous serez responsable de la préparation des échantillons pour l'obtention de données (épi)génomiques faisant appel à diverses technologies puis de leur analyse après séquençage à haut débit.
Vous devrez réaliser une veille technologique en lien avec la production de données « omiques » (en particulier épigénomique) et au suivi de l’évolution des outils d’analyse.
Vous conseillerez les chercheurs sur les méthodologies et technologies les plus adaptées pour répondre à leurs questions et devrez former d’autres utilisateurs à ces différents techniques et outils omiques.
Plus précisément, vous devrez mettre en place les procédures de recueil et de contrôle des données, réaliser leurs traitements et organiser leur mise en forme.
Vous adapterez vos analyses aux besoins du projet et au matériel d’étude complexe (hybrides interspécifiques et de niveaux de ploïdie différents).
Vos données/analyses épigénomiques pourront être mises au regard d'autre données omiques (génomiques, transcriptomiques, métabolomiques, ou phénotypiques) sur le même matériel biologique, permettant d'améliorer les connaissances sur les mécanismes et les régions génomiques impliquées dans la diversification des traits, et notamment dans la réponse à des stress (a)biotiques ou dans la dérégulation de la recombinaison.
Une validation complémentaire de vos résultats en épigénomique pourra être réalisée par d’autres membres de l’équipe via d’autres approches, tels que l'hybridation in situ ou l'immunomarquage (cf plateforme de cytogénétique moléculaire disponible dans l’équipe).

Formations et compétences recherchées

Vous avez une formation en biologie et en génomique.
Vous avez de solides compétences et connaissances en analyses de données de séquençage à haut débit, en particulier en épigénomique.
Vous travaillerez sur un modèle végétal mais vous pourrez avoir acquis vos compétences sur un autre type d’organisme.
Les connaissances et compétences suivantes sont souhaitées :
- Utiliser des pipelines, programmer, et réaliser des analyses statistiques ;
- Compétences en (épi)génomique ;
- Etre rigoureux-se, organisé-e et savoir présenter l’analyse de ses données ;
- Garantir la qualité et la pertinence des analyses et des résultats ;
- Réaliser une veille scientifique et technologique, notamment sur le suivi de l’évolution des outils d’analyse (participation à des réseaux dans le domaine ; ex. INRAe Genomics, France Génomique) ;
- Travailler en équipe, interagir avec des biologistes et des (bio)informaticiens ;
- Conseiller ou former des agents aux techniques et outils développés ;
- Bonne compréhension de l’anglais (niveau B2).