Ingénieur-e en gestion de données éco-moléculaires

Retour à la liste des postes de la campagne

Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous rejoindrez l’unité RiverLy (Fonctionnement des hydrosystèmes) du site INRAE de Lyon-Villeurbanne (https://riverly.inrae.fr/). RiverLy allie des compétences en hydrologie, hydraulique, chimie environnementale, écologie, écotoxicologie et microbiologie pour appréhender la qualité, le fonctionnement et la dynamique des hydrosystèmes.
Vous exercerez votre activité au sein de l’équipe EcoFlowS qui déploie des approches expérimentales (terrain et laboratoire), des approches taxonomiques et génétiques, et des modèles statistiques, à différentes échelles biologiques et spatiales pour répondre aux nombreuses questions de l’écologie appliquée à la gestion et à la restauration des cours d’eau. Ainsi, l’équipe produit et mobilise des données environnementales et surtout biologiques très diversifiées.
La démocratisation des outils moléculaires dans le domaine de l’écologie et des sciences de la biodiversité élargit considérablement le champ des études et la précision des connaissances. Toutefois, ces nouvelles données représentent un défi considérable pour les équipes de recherche en terme de gestion, de bancarisation , d’accessibilité et interopérabilité avec les autres bases de données disponibles en libre accès (ex : INPN, NCBI, BOLD, Naïades…), et ce d’autant plus pour être en accord avec la politique de science ouverte portée par INRAE et les programmes nationaux de recherche en coordination avec les pôles de données nationaux (IR Data Terra, IR PNDB, Plateforme OneWaterData, Eaufrance).
Intégré-e dans l’équipe d’écohydrologie « EcoFlowS » de l’unité RiverLy, vous serez un élément moteur de la démarche FAIR appliquée aux données écologiques (génétiques et taxonomiques). En collaboration avec les membres d’EcoFlowS, vous aurez à organiser la gestion FAIR des nombreuses données produites (pérennisation des bases existantes, création sur les données moléculaires) et utilisées en définissant l'architecture matérielle et logicielle nécessaire. Vous assurerez la bancarisation, la vérification et la mise à disposition des données. Vous réaliserez et/ou encadrerez des développements et maintenance des logiciels et interfaces correspondant aux besoins. Enfin, vous accompagnerez la mise en place des plans de gestion de données pour les différents projets.
Vous serez en charge :
- d’assurer la récupération, la bancarisation, la mise à jour, les tests d’intégrité et les traitements de premier niveau des données biologiques (moléculaires, taxonomiques) et environnementales produites et utilisées par EcoFlows ;
- d’organiser la mise à disposition de ces données et métadonnées, et d’assurer l’interopérabilité entre les bases de données internes (ex : base data.ecoflows, GOTIT-ecoflows) et externes permettant de maximiser l’information taxonomique (ex : IRBAS, INPN, COL, ITIS), génétique (ex : Genbank, BOLD), biogéographique (ex : GBIF) et de traits d’histoire de vie (i.e. Disperse, Fishbase, freshwaterecology.org,) ... ;
- d’assurer ou coordonner la création d’interfaces de programmation d’application (API), et d’interfaces graphiques de saisie, consultation et extraction des données en interne et externe (gestion de droit d’accès), ainsi que les corrections et développements de nouvelles fonctionnalités ;
- d’assurer l’administration et la maintenance des bases de données, des API et interfaces graphiques,
- d’assurer des tâches de référent-e FAIR pour les « données génétiques et taxonomiques » au sein de l’équipe et plus généralement de l’unité, et à ce titre guider et coordonner les bonnes pratiques de gestion et d’utilisation des données.
En particulier, au sein de l’Unité, vous serez amené-e à collaborer également avec l’équipe Ecotox pour les accompagner dans la gestion FAIR de leurs données et métadonnées (protéomique, transcriptomique, toxicocinétique, contaminations in situ…).
Plus généralement, vous contribuerez à l’animation interdisciplinaire de RiverLy (groupe FAIR) et du département AQUA en matière de Science Ouverte.
En complément, vous serez sollicité-e pour participer ponctuellement à des campagnes d’échantillonnage sur le terrain.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée en bio-informatique appliquée aux données génétiques et taxonomiques.
Vos connaissances et compétences :
- Compétences en administration de bases de données, programmation.
- Maîtrise des bonnes pratiques de développement collaboratif, de déploiement d’interface de programmation d’application (API) et d’interface graphiques de saisie/export et visualisation des données et métadonnées bancarisées.
- Connaissance des concepts et outils de l’open data et des données FAIR.
- Connaissances en données moléculaires pour les sciences de la biodiversité/l’écologie/taxonomie, et expérience d'application de la gestion de données de ce type.
- Bonnes capacités à comprendre la nature des données manipulées et les traitements envisagés par les chercheurs.
- Appétence pour l’écologie et les sciences de la biodiversité.
- Bon relationnel, enthousiasme, autonomie et capacité d’être force de proposition, bonne capacité au travail en équipe (interactions avec des collègues issues de disciplines variées).