Assistant-e en écologie microbienne appliquée aux bioprocédés environnementaux

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Présentation d'INRAE

INRAE, Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement, est un organisme public de recherche qui réunit 12 000 collaborateurs au sein de 272 unités réparties sur 18 centres en France. Premier organisme mondial spécialisé sur l’ensemble agriculture – alimentation – environnement, INRAE joue un rôle clé pour accompagner les transitions nécessaires face aux grands défis planétaires.

Face à l’augmentation de la population, aux enjeux de sécurité alimentaire, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE s’engage à développer des solutions scientifiques et à accompagner l’évolution des pratiques agricoles, alimentaires et environnementales.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité au sein de l’unité de recherche (UR) PROSE (Procédés biotechnologiques au Service de l'Environnement) située à Antony (92) et qui comporte 22 agents permanents. L'activité de l'unité PROSE porte sur la compréhension et l'optimisation des procédés de biotechnologie environnementale (stations de traitement et de valorisation des eaux usées et méthanisation de déchets). Elle porte également sur la conception et l'évaluation de procédés innovants tels que les procédés bioélectrochimiques. L’UR PROSE développe depuis des méthodes originales couplant chimie analytique et biologie moléculaire et plus récemment des approches métaomiques, afin d’approfondir notre connaissance du fonctionnement des écosystèmes microbiens complexes impliqués dans les biotechnologies environnementales. Vous serez inséré-e dans cette dynamique en ayant pour mission d’optimiser et de réaliser des analyses d’écologie microbienne appliquée aux procédés de biotechnologie environnementale.
Vous travaillerez en étroite collaboration avec les porteurs de projets de l’unité, le responsable du pôle analytique (7 agents), qui regroupe les activités analytiques chimiques et microbiologiques, ainsi que la responsable technique du laboratoire de microbiologie de l’unité, dans lequel vous serez intégré-e.
L’activité du laboratoire repose sur l’utilisation de techniques variées de microbiologie et de biologie moléculaire, allant de la culture cellulaire et l’observation microscopique (technique FISH) à la préparation d’échantillons pour l’extraction d’acides nucléiques (ADN et ARN) ou de protéines, en vue de leur analyse via des approches telles que la PCR et le fingerprinting, la qPCR, le metabarcoding, la métagénomique, la métatranscriptomique et la métaprotéomique.
Le laboratoire est notamment équipé d’une hotte à flux laminaire, d’étuves de culture, d’un microscope confocal et d’un microscope à épifluorescence, de thermocycleurs, d’un séquenceur de paillasse (MiSeq, Illumina), de séquenceurs portatifs (MinIon, Oxford Nanopore) et d’une ultracentrifugeuse.
Vous serez en charge de :
1) Conduire, en adaptant les conditions expérimentales et les protocoles, un ensemble de techniques de biologie moléculaire et microbiologie (parmi PCR, qPCR, RT-qPCR, microscopie FISH, séquençage, cytométrie en flux, culture aérobie et anaérobie…) :
- choisir le protocole d'analyse et l'adapter en concertation avec les demandeurs ;
- préparer les échantillons en vue de l'analyse à effectuer ;
- extraire les résultats bruts, les mettre en forme et les présenter, en garantir la qualité ;
- rédiger le cahier de laboratoire, les procédures expérimentales, les notes techniques, les rapports d'analyse.
2) Participer à la gestion des moyens techniques du laboratoire :
- détecter les dysfonctionnements et réaliser les opérations d'entretien, de maintenance et les dépannages de premier niveau ;
- initier les utilisateurs aux techniques et leur transférer vos compétences ;
- gérer l'approvisionnement en matériel et en produits ;
- suivre et se former à l'évolution des techniques d'analyse ;
- suivre l'évolution des règles d'hygiène et de sécurité et veiller à leur application en liaison avec l'assistant de prévention ;
- superviser les plannings d'utilisation des ressources.
3) Communiquer et gérer les relations avec les interlocuteurs internes et externes sur les aspects techniques en lien avec les responsables scientifiques de projets.

Formations et compétences recherchées

Formation recommandée en microbiologie, biologie moléculaire, biotechnologies.
Une première expérience en analyse de matrices environnementales serait un plus.
Connaissances et compétences opérationnelles :
- Biologie et étude des microorganismes (connaissance générale) ;
- Appareillages spécifiques : culture des microorganismes, pipettes, centrifugeuse, thermocycleur ;
- Techniques de préparation d'échantillons (extraction acides nucléiques…) ;
- Techniques d'analyse de biologie moléculaire (PCR) ;
- Concepts de qualité appliqués aux techniques d'analyse chimique (notions de base) ;
- Outils informatiques nécessaires à l'exploitation des résultats ;
- Réglementation en matière d'hygiène et de sécurité ;
- Langue anglaise niveau B1.
Qualités et savoirs être :
- Sens de l'initiative ;
- Sens critique ;
-Sens de l'organisation ;
-Sens relationnel ;
-Rigueur / fiabilité.