Technicien-ne biologie moléculaire des interactions plantes-microorganisme

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous exercerez votre activité au sein de l'Institut Jean Pierre Bourgin (IJPB), une unité INRAE-AgroParisTech de 300 agents située sur le site de Versailles. L'IJPB regroupe 27 équipes de recherches, 6 services communs et 6 plateformes technologiques au service de l'unité et ouvertes sur l'extérieur. L'IJPB est un des plus grands centres de recherche européens en biologie végétale, qui mobilise un vaste ensemble de ressources et de compétences pluridisciplinaires en biologie, chimie et mathématiques unique en France.
Vous serez affecté-e à l'équipe SYNAPS (Acquisition d'Azote dans les Systèmes Symbiotiques Plantes-Microbes). Vos missions principales consisteront à participer à la conception, la planification et la mise en place et l'analyse des expérimentations des programmes de recherche de l'équipe SYNAPS. Vous serez sous la responsabilité hiérarchique du Directeur de recherche SYNAPS. L'équipe SYNAPS travaille sur la caractérisation des mécanismes moléculaires et physiologiques qui gouvernent les effets bénéfiques de microorganismes associés aux plantes cultivées (plus particulièrement le maïs) sous bas niveaux d'intrants azotés dans le but de diminuer l'usage de ces intrants tout en maintenant les rendements.
En effet, la réduction de l'utilisation des nitrates en agriculture est une urgence environnementale. Environ 50% de l'azote apporté aux cultures n'est pas utilisé par la plante, conduisant à une pollution de l'environnement. Un enjeu majeur en agroécologie est d'exploiter l'effet du microbiote qui peut améliorer l'utilisation de l'azote fourni. Les mécanismes moléculaires et physiologiques par lesquels les plantes valorisent mieux l'azote grâce au microbiote sont mal connus. Une approche multi-omiques permettra de mieux comprendre ces interactions et proposer des applications en sélection variétale ou en biofertilisation.
Il s'agira de contribuer à la caractérisation des mécanismes de la nutrition azotée de la plante et des microorganismes lorsqu'elle interagit avec son microbiote racinaire parmi lesquels on retrouve les champignons microrhizien à arbuscule (CMA) et des bactéries diazotrophes. Ces travaux mettront à profit l'importante diversité génétique du maïs, les processus de nutrition azotée en contexte lié à l'hétérosis et la flore microbienne du sol. Des approches biologie des systèmes du continuum microbiote-plante seront développées avec un focus sur une interaction particulière (CMA, bactéries ou les deux associés par ex.)
Cette nouvelle thématique a un fort potentiel scientifique et partenarial.
Vos missions seront :
- Conception, développement, exploitation et adaptation d'un ensemble de techniques expérimentales in vivo et in vitro sur les végétaux en serre, aéroponie, hydroponie ;
- Etude du système racinaire en association avec le microbiote, microscopie ;
- Microbiologie, bactériologie et mycologie : mise au point de conditions de cultures et conservation, travail en milieu axénique, communautés synthétiques ;
- Mesure d'activités enzymatiques en lien avec la nutrition azotée de la plante (biochimie) ;
- Etude de l'expression de gènes de la plante ou des microorganismes associés par qRT-PCR (biologie moléculaire), analyses omiques ;
- Outils de base d'analyse de séquences (BLAST, Primer 3) ;
- Exploitation des données expérimentales et présentation des résultats (excel, powerpoint, word, R) ;
- Planification et contrôle des différentes expérimentations.
Votre deuxième mission principale sera de contribuer à la vie du collectif (participation à des activités transversales au sein de l'équipe et de l'unité, gestion des stocks de produits et des milieux de culture, encadrement de nouveaux arrivants...).
L'Institut Jean Pierre Bourgin est facilement accessible par le RERC (à 10 min de la gare de Saint-Cyr) et est desservi par 4 lignes de bus et une piste cyclable. Le centre bénéficie d'un service de restauration collective et propose à ses agents des activités sportives et culturelles diversifiées.

Poste ouvert uniquement aux fonctionnaires et aux agents en CDI de la Fonction Publique.
L'expérimentation sur des modèles végétaux tels que le maïs peut comprendre des périodes d'échantillonnage au champ en période estivale. Le suivi d'expérimentation sur les plantes peut s'étaler sur plusieurs mois, impliquant une organisation concertée des congés des personnels impliqués dans ces expériences.

Formations et compétences recherchées

Formation/savoir : Connaissances générales en biologie (microbiologie, physiologie, biologie moléculaire et biochimie).
Savoir-faire :
- Transmission et communication des connaissances et des résultats expérimentaux ;
- Maîtrise des outils informatiques de traitement de données (statistiques) et des logiciels dédiés (pack Office à minima) ;
- Conception, planification et contrôle des différentes expérimentations ;
- Développement, mise en oeuvre, exploitation et adaptation d'un ensemble de techniques expérimentales in vivo et in vitro sur les végétaux et/ou sur les microorganismes (une formation sera possible pour compléter les compétences en l'un ou l'autre des organismes) ;
- Exploitation des données expérimentales et présentation des résultats ;
- Gestion d'un grand nombre d'échantillons, sens de l'organisation.
Savoir être :
- Rigueur scientifique, fort sens de l'organisation ;
- Capacité de travail en équipe.