Ingénieur-e en modèles cellulaires innovants de l'allergie alimentaire

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Le poste est à pourvoir dans l'unité BIA qui vise à améliorer la santé du consommateur par l'alimentation. Vous travaillerez au sein de l'équipe Allergie qui cherche à comprendre comment la transition alimentaire, notamment l'utilisation de nouvelles sources de protéines ou de nouveaux procédés de transformation des aliments, peut impacter les risques d'allergies alimentaires et aider au développement de nouvelles stratégies pour prévenir ces risques. Pour réaliser ces recherches, il est nécessaire d'utiliser des modèles d'études robustes, pérennes et représentatifs des mécanismes in vivo tels que les modèles cellulaires in vitro (lignées) mais aussi ex vivo (issus des organismes vivants). Ils permettent de tester beaucoup de variables, dans des délais courts et de réduire l'expérimentation animale en accord avec la politique européenne.
L'objectif du poste est de mettre en place des modèles cellulaires physiologiques traduisant la complexité physiologique des différents acteurs (cellules immunes et intestinales, microbiote) pour mieux appréhender l'impact des procédés de formulation d'un aliment sur le développement des allergies alimentaires. En interne, vous collaborerez avec la plateforme BIBS pour obtenir les caractéristiques structurales des protéines alimentaires que vous étudierez. Ces modèles auront un intérêt majeur pour d'autres équipes de BIA travaillant sur les nouvelles sources de protéines (ISD), les polyphénols (PRP), les aliments fermentés (ISD) et les matériaux biosourcés (ELIPS, MC2) pour évaluer leurs effets sur la santé humaine.
Vos missions : vous développerez, adapterez et mettrez en oeuvre de nouveaux modèles cellulaires in vitro/ex vivo pour évaluer l'impact de l'aliment sur la santé. Il s'agit de partir des modèles cellulaires actuelles ciblant les cellules de la réaction d'allergie alimentaire depuis l'absorption des protéines au niveau de l'intestin jusqu'à l'interaction avec les cellules immunes et le déclenchement des symptômes pour aller vers des modèles plus physiologiques et intégratifs. Pour réaliser ces modèles, vous utiliserez des lignées d'origine humaine et murine et des tissus ou des organes prélevés sur l'animal.
Vos activités :
- Faire évoluer les modèles cellulaires simples de l'intestin (Caco-2, HT-29) et du système immunitaire existants (basophiles de rat, lymphocytes) vers des modèles :
. plus représentatifs de l'homme (lignée humaine de mastocytes LAD2, cellules M,
. prenant en compte la physiologie humaine (organoïdes, gut-on chip),
. plus complexes (co-culture, culture sous flux) ;
- Développer et améliorer des méthodes in vitro/ex vivo alternatives à l'expérimentation animale (culture d'organoïdes murins/humains d'origine intestinale en co-culture avec le microbiote et/ou les cellules immunes) ;
- Réaliser les protocoles en expérimentation animale pour valider les modèles ;
- Réaliser des analyses biologiques sur des échantillons issus des études in vivo/in vitro/ex vivo (immunochimie, physiologie, cytométrie en flux) ;
- Mettre en place les collaborations nationales et internationales adaptées ;
- Participer à l'élaboration et à la conduite de projets ;
- Valoriser les travaux dans les journaux scientifiques ;
- Gérer des moyens techniques dans le cadre d'un projet, rédaction de rapports ;
- Encadrer et former des techniciens -nes), des personnels non permanents et des étudiants ;
- Participer aux activités transversales pour l'équipe et/ou l'unité.

Poste ouvert uniquement aux fonctionnaires et aux agents en CDI de la Fonction Publique.
Manipulation de tissus, organes, liquides biologiques d'origine animale.
Astreintes pour l'animalerie.

Formations et compétences recherchées

Formation, spécialité : Biologie cellulaire.
- Avoir des connaissances approfondies en biologie cellulaire, immunologie et physiologie ;
- Connaître les fondements théoriques et les techniques en biologie cellulaire, immunochimie et structure des protéines, cytométrie de flux ;
- Connaitre la règlementation et les aspects administratifs de l'utilisation de matériels humain et animal ;
- Maîtriser un ensemble cohérent de techniques pour la biologie cellulaire (prolifération, cytotoxicité, dosage de molécules sécrétées) ;
- Savoir analyser des données d'expérience et interpréter les résultats ;
- Rigueur de raisonnement pour conduire les développements méthodologiques sur la base de la bibliographie et d'interactions avec des chercheurs ;
- Savoir communiquer pour rendre compte de son intervention en le situant dans une problématique de recherche ;
- Capacités d'encadrement ;
- Être capable de contribuer à la rédaction d'un article scientifique ;
- Niveau d'anglais minimum B2.