Ingénieur-e en caractérisation de levures

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Le CIRM-Levures est un CRB (Centre de Ressources Biologiques) microbien dédié à la conservation des levures d'origine alimentaire et environnementale. Il fait partie du GIS CIRM, distribué sur 5 sites, composante de l'infrastructure INRAE RARe et l'infrastructure Européenne MIRRI. Ce poste est situé à Montpellier, dans l'unité de recherche (UMR) SPO, une unité leader pour ses travaux sur les fermentations oenologiques et de panification. Cette unité comprend également deux plateformes, l'une de métabolomique des polyphénols, et la seconde de culturomique attachée à l'unité Ferments du Futur.
Les CRB microbiens font face à un tournant de leur activité face à (i) l'essor de la caractérisation génomique des ressources microbiennes des collections, (ii) le développement des approches de culturomique associées à l'exploration des microbiotes, (iii) la caractérisation taxonomique haut débit des ressources et (iv) la nécessité de disposer de données physiologiques pour répondre aux demandes des utilisateurs.
Votre mission première sera de prendre en charge l'organisation et la mise en oeuvre de la caractérisation génomique et phénotypique des ressources du CRB, et ce, à haut débit. Cela inclut aussi la logistique d'acquisition des données, leur traitement et la mise à disposition au travers du système d'information du CIRM-Levures. Un soin particulier sera accordé à la mise en place de la FAIRisation des données. Cette activité sera menée en lien avec les plateformes de génomique, de métabolomique et de phénomique INRAE, et avec l'appui de l'expertise bioinformatique eucaryote présente à SPO. Vous participerez au développement de l'expertise taxonomique phylogénomique du CRB. Enfin, vous participerez à l'enrichissement des ressources du CIRM au travers d'activités de culturomique appliquée aux levures.
A terme, vous deviendrez le responsable du CIRM-Levures. A ce titre, vous serez la personne référente sur les ressources levures dans le GIS CIRM et l'unité SPO, et serez le point focal pour les collaborations internationales et nationales sur ce sujet. Le CIRM-Levures fonctionne aujourd'hui avec 2 personnes à temps plein (1 assistant ingénieur et 1 technicien) dont vous assurerez le management.

Poste ouvert uniquement aux fonctionnaires et aux agents en CDI de la Fonction Publique.

Formations et compétences recherchées

Microbiologiste de formation, vous disposez d'une double compétence en biochimie des fermentations, ainsi qu'en bioinformatique vous permettant de concevoir et mettre en oeuvre des projets multi-omiques.
- Connaissances en taxonomie souhaitées ;
- Bonnes connaissances en biologie moléculaire ;
- Capacité à travailler en équipe ;
- Techniques de culture des levures ; culturomique, phénomique ;
- Connaissances en enzymologie appréciées ;
- Connaissance des centres de ressource biologique microbien appréciée ;
- Maitrise de l'anglais scientifique vous permettant de vous impliquer dans le réseau Européeen du CIRM ;
- Notions de base sur les concepts de qualité dans le contexte de la certification ISO souhaitées.