Bioinformaticien-ne

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez accueilli-e au sein de l'Unite mixte de recherche (UMR) INRAE-CIRAD ASTRE qui comprend plus de 100 agents permanents et se structure en différentes entités dont un « Collectif Vecteurs » comprenant 13 agents. Ceux-ci travaillent dans les différents sites de l'UMR dont une majorité à Montpellier sur des thématiques ou modèles d'entomologie médicale et vétérinaire, prioritaires pour le Sud et à risque pour le Nord : Culicoides, moustiques, tiques et glossines. L'UMR ASTRE est basée sur le campus de Baillarguet à Montpellier dans un environnement scientifique performant avec 500 scientifiques sur le campus et des locaux et plateformes de qualité.
L'objectif de l'UMR ASTRE est d'améliorer la santé animale, la santé publique et la sécurité alimentaire au Sud notamment dans le cadre des changements globaux et des transitions des socio-écosystèmes. L'enjeu majeur est de développer une approche intégrative de la santé. Les maladies à transmission vectorielle constituent une thématique prioritaire pour l'UMR ASTRE dans le cadre des changements globaux et des émergences. Outre ces activités de recherche, le Collectif Vecteurs a pour mission de répondre à des sollicitations à la fois intra-unité ou extérieures, tels des besoins d'expertise, d'analyse ou de diagnostic. Le Collectif Vecteurs développe des recherches sur la caractérisation des interactions hôte-vecteur-microbiote pour mieux comprendre l'épidémiologie de maladies prioritaires. Ces études sur la dynamique et l'expansion de populations invasives, la compétence vectorielle et les agents pathogènes et le microbiome portés par les arthropodes font appel à des approches de génomique, de génomique des populations, de métagénomique et de métabarcoding. Les modèles d'arthropodes cibles sont les tiques dures, les tiques molles, les culicoïdes et les moustiques d'intérêt vétérinaire/zoonotique en Méditerranée-Europe et dans les zones tropicales.
Vous travaillerez en étroite interactions avec les deux bioinformaticiens de l'unité.
Vous serez basé-e au Cirad sur le Campus de Baillarguet à Montpellier et vous participerez aux activités de recherche, d'expertise, de formation développées et coordonnées par le Collectif Vecteur de l'UMR ASTRE. Vos activités principales seront :
- Aider à la conception et organisation de la collecte et le traitement de données issues de la recherche en sciences du vivant au sein de l'unité ;
- Analyser et aider à la résolution des problèmes bio-informatiques et/ou de traitement de données dans le cadre des projets et programmes de recherche de l'unité, si nécessaire à travers de la conception, développement et déploiement des outils de traitement automatisés ;
- Conseiller sur le choix de méthodologies lors de l'élaboration d'un projet scientifique et dans leur mise en oeuvre, et contribuer à la rédaction des protocoles d'utilisation des outils, des méthodes mises en place, ainsi que des sections spécialisées des articles ou de demandes de financement ;
- Assurer et organiser la veille scientifique et technologique ainsi que le transfert et l'actualisation de connaissances, pratiques, outils et méthodes bio-informatiques par les membres de l'unité ;
- En lien avec les autres bioinformaticiens de l'unité, vous participerez à la formation des agents des collectifs de l'unité aux outils et méthodes informatiques utilisés.
Vous serez encadré-e dans ces activités par deux chargés de recherche.
Vous serez également en étroite interaction :
- au sein de l'UMR, avec le Collectif Vecteurs, le Collectif Microbiologie, les chercheurs, ingénieurs et techniciens entomologistes, virologistes et épidémiologistes mais sutout avec le groupe de bioinfomaticiens de l'unité ;
- en dehors de l'unité, avec les bioinformaticiens travaillant sur le site du Cirad à Montpellier, les partenaires les partenaires du Vectopole Sud et d'autres partenaires de l'UMR.

Poste ouvert uniquement aux fonctionnaires et aux agents en CDI de la Fonction Publique.
Travail sur écran > 4h/jour.

Formations et compétences recherchées

Compétences :
- Recueil, analyse et traitement des données (connaissance approfondie) ;
- Biologie (connaissance générale) ;
- Traiter des données ;
- Interagir avec des biologistes et des informaticiens ;
- Garantir la qualité et la pertinence des outils d'analyse et des résultats ;
- Transmettre des connaissances ;
- Sens critique ;
- Sens de l'organisation.
Connaissances, expérience :
- Connaissances approfondies en bio-informatique et en analyses bio-statistiques ;
- Maîtrise des langages Bash, R et Python ;
- Maîtrise des systèmes d'exploitation Unix, avec connaissance des architectures client/serveur ;
- Connaissance des méthodologies de modélisation (UML) et des systèmes de gestion de bases de données (SGBD) ;
- Connaissance des approches de gestion et traitement des « big data » ;
- Capacité de conception, développement et mise en oeuvre de programmes de formation en bioinformatique ;
- Connaissances souhaitées en génétique de populations ou en phylogéographie ou phylogénie.