Bioinformaticien-ne en analyse de omiques microbiennes

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

Vous serez recruté-e dans l'unité de recherche MaIAGE («Mathématiques et Informatique Appliquées du Génome à l'Environnement ») d'INRAE qui développe des méthodes mathématiques et informatiques originales de portée générique ou motivées par des problèmes biologiques précis. MaIAGE héberge la plateforme de bioinformatique Migale, une des Infrastructures Scientifiques Collectives membre de l'Infrastructure de Recherche INRAE BioinfOmics. Certifiée ISO9001, elle fait aussi partie de l'Institut Français de Bioinformatique (IFB) et compte près de 800 utilisateurs identifiés.
Migale a vocation à fournir des services à la communauté des sciences de la vie à travers 4 niveaux de service : (1) la mise à disposition d'une infrastructure informatique dédiée au traitement des données des sciences de la vie, (2) la diffusion d'un savoir-faire en (bio)informatique et biostatistique,(3) la conception et développement d'applications, (4) l'analyse de données (méta)génomiques.
L'équipe en charge de ces missions est composée de 10 permanents.
La démocratisation rapide des technologies de séquençage a permis de générer à grande échelle des données omiques sur les écosystèmes microbiens. À travers son service d'analyse de données omiques, Migale travaille sur des écosystèmes variés (alimentaires, environnementaux, holobiontes, ...) par des approches nombreuses et complémentaires (génomique, génomique comparée, transcriptomique, métabarcoding, métagénomique, métatranscriptomique, métaviromique, etc...). D'autres types de données (métabolomique, protéomique...) deviennent de plus en plus courant, élargissant ainsi le spectre des données à analyser.
Les projets sont menés sous forme de collaboration (la plateforme mène les analyses et les restitue à l'équipe demandeuse) ou d'accompagnement (la plateforme conseille, oriente et encadre les analyses faites par un membre de l'équipe demandeuse). La plateforme développe ou contribue au développement de workflows ou outils d'analyse dans ses thématiques d'intérêt. Migale a également une forte activité de formation en bioinformatique et biostatistique.
Au sein de la plateforme Migale, vous viendrez renforcer l'équipe en charge des projets d'analyse. Vos missions seront (1) d'aider les demandeurs à formaliser leur demande d'analyse, (2) de choisir, adapter ou développer, et appliquer les méthodes, outils et workflows d'analyses bioinformatiques afin de répondre à la question posée, (3) d'assurer la traçabilité et la reproductibilité des analyses, (4) de mettre à disposition les résultats à travers des interfaces adaptées au demandeur, (5) d'accompagner et former à la compréhension et l'utilisation des workflows. Vous travaillerez en étroite collaboration avec les membres de l'équipe en charge des projets d'analyse (5 personnes).
Une activité de veille scientifique sera également nécessaire afin de maintenir une expertise indispensable dans le domaine de l'analyse bioinformatique et l'intégration de données omiques hétérogènes dans un contexte de rapide évolution des technologies de production de données.
Comme tous les scientifiques de la plateforme, vous participerez aux réunions de l'équipe de recherche StatInfOmics de l'unité MaIAGE. Vous serez de plus intégré-e à différents réseaux métiers de bioinformatique (PEPI IBIS, CATI BOOM).

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat(e) retenu(e) réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Poste ouvert uniquement aux fonctionnaires et aux agents en CDI de la Fonction Publique.

Formations et compétences recherchées

Vous avez une formation en bioinformatique ou en biologie avec une forte expérience en analyse bioinformatique de données omiques. Des compétences en programmation (Python, R,...), en gestion de projets d'analyses, dans l'utilisation d'outils de gestion de pipelines (Snakemake, Nextflow) sont fortement souhaitées car indispensables à la gestion efficace de multiples projets d'analyse. Une bonne connaissance des données (méta-)omiques sera fortement appréciée. Vous aimez collaborer, expliquer, former, accompagner des utilisateurs dans leurs demandes. Vous êtes sensible aux questions d'ouverture et de mise à disposition des données de recherche. Le poste demandera de plus de solides facultés d'organisation (gestion du temps, capacité à travailler sur de multiples projets multi-interlocuteurs en parallèle), une capacité à travailler en équipe, une ouverture vers l'extérieur, un bon relationnel, de la rigueur et la capacité à former/encadrer du personnel (collègues/étudiants).