Ingénieur-e en calcul scientifique pour les systèmes dynamiques

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Présentation d'INRAE

L’Institut national de recherche pour l’agriculture, l’alimentation et l’environnement (INRAE) est un établissement public de recherche placé sous la double tutelle du ministère en charge de l’agriculture et du ministère en charge de la recherche. 

C'est un acteur majeur de la recherche et de l’innovation créé le 1er janvier 2020. Institut de recherche finalisé issu de la fusion entre l’Inra et Irstea, INRAE rassemble une communauté de 12 000 personnes, avec 268 unités de recherche, de service et expérimentales, implantées dans 18 centres sur toute la France. 

L’institut se positionne parmi les tout premiers leaders mondiaux en sciences agricoles et alimentaires, en sciences du végétal et de l’animal, et se classe 11ème mondial en écologie-environnement. Face à l’augmentation de la population, au changement climatique, à la raréfaction des ressources et au déclin de la biodiversité, INRAE construit des solutions pour des agricultures multi-performantes, une alimentation de qualité et une gestion durable des ressources et des écosystèmes.

Environnement de travail, missions et activités

L'unité MISTEA (Mathématiques Informatique et Statistiques pour l'Environnement et l'Agronomie), dont l'effectif compte 55 personnes, est structurée en trois axes : « Systèmes Dynamiques », « Probabilités-Statistique » et « Informatique ».
Vous serez intégré-e dans l'axe « Systèmes dynamiques » (11 personnes) qui regroupe les scientifiques dont les travaux de recherche portent sur la modélisation, la simulation et l'analyse des agro-écosystèmes au moyen de systèmes dynamiques déterministes et stochastiques. Ces scientifiques contribuent également au développement de méthodes mathématiques pour l'optimisation et la commande des agro-écosystèmes. L'axe s'intéresse depuis longtemps à l'écologie microbienne (fermentation alcoolique, traitement des eaux, populations algales), et s'investit également dans le domaine de l'agroécologie (systèmes d'élevage et/ou de culture) pour lequel il est de plus en plus sollicité (#DigitAg, #3Perf).
Vous viendrez compléter et renforcer les compétences en calcul scientifique dans l'axe. Plus précisément, vos missions consisteront à :
1) gérer, mutualiser, partager et valoriser des résultats de travaux de recherche sous une forme logicielle diffusable, c'est-à-dire : maintenable, disposant d'une interface utilisateur, déployable, etc. Vous devrez mener une réflexion sur la stratégie de diffusion et de partage des données et codes, en concertation avec les scientifiques de l'axe et de l'unité. En interne, la mise en place d'une base de données de scripts est une solution qui pourrait être envisagée. En externe, la diffusion des codes et outils se fera via le développement de packages, ou d'interfaces graphiques « user-friendly » utilisables par nos partenaires applicatifs (écologues, agronomes, biologistes...). S'ils ont vocation à être réutilisés régulièrement, les codes et outils numériques devront être génériques et pérennes et feront l'objet d'une maintenance (corrective, adaptative et évolutive) que vous effectuerez.
2) développer des codes de calculs performants et pérennes dans des langages tels que Python, JAVA, C++. Les codes devront notamment avoir des temps d'exécution raisonnables, ce qui passe par l'optimisation et la parallélisation mais aussi par la transcription dans des langages plus performants (passage de R, matlab, python, à C++ ou fortran notamment). La création de packages fera aussi partie de vos missions.
3) développer des codes et outils de calcul scientifique de qualité dédiés à l'implémentation de modèles, la simulation ou encore l'optimisation. Il s'agira d'implémenter des méthodes déjà opérationnelles, classiques ou issues de travaux de recherche récents développés dans l'axe ou ailleurs et de les mettre en oeuvre. La création de codes pour l'installation et l'utilisation de logiciels de simulation spécifiques fera également partie de vos missions.
4) assurer l'appui et la mise en oeuvre des outils et techniques du calcul intensif notamment dans des grilles de calcul au profit de l'axe mais aussi plus largement dans l'unité. Cela inclut la containérisation des codes, et de certains logiciels de simulation.

Le poste ouvre droit à une prime informatique dont le niveau sera déterminé en fin de campagne, sous réserve que le/la candidat(e) retenu(e) réponde aux conditions d'attribution de ladite prime.

Poste ouvert uniquement aux fonctionnaires et aux agents en CDI de la Fonction Publique.
Travail sur ordinateur.
Potentiels déplacements possibles en France ou à l'étranger.

Formations et compétences recherchées

Vous êtes familier-ère avec les outils informatiques de diffusion (applis web, docker, versioning etc....). Une bonne maîtrise des langages de programmation utilisés en calcul scientifique (python, C++, JAVA) et de l'anglais est requise. Vous êtes capable de comprendre les méthodes de calcul scientifique et de les appliquer sur des exemples concrets. Vous travaillerez en équipe, en partenariat avec des scientifiques d'autres disciplines ; vous faites preuve de pédagogie pour présenter de manière vulgarisée votre travail. Un goût pour les sciences appliquées et la recherche finalisée serait un plus.
Autonomie, prise de responsabilités et adaptabilité sont nécessaires.